浙江省地方猪群体遗传结构研究
| 摘要 | 第10-12页 |
| Abstract | 第12-13页 |
| 文章部分缩略语表 | 第14-15页 |
| 1 绪论 | 第15-35页 |
| 1.1 浙江省地方猪种概况 | 第16-21页 |
| 1.1.1 产地与分布 | 第16-18页 |
| 1.1.2 猪种表型特征 | 第18-19页 |
| 1.1.3 猪种种质特质 | 第19-20页 |
| 1.1.4 保种现状 | 第20页 |
| 1.1.5 地方品种研究现状 | 第20-21页 |
| 1.2 遗传变异检测方法 | 第21-25页 |
| 1.2.1 SNP生物芯片 | 第22-23页 |
| 1.2.2 高通量测序技术 | 第23-25页 |
| 1.3 简化基因组测序技术 | 第25-33页 |
| 1.3.1 简化基因组高通量测序平台 | 第25-27页 |
| 1.3.2 基于限制性内切酶的基因组简化方法 | 第27-33页 |
| 1.4 研究的目的与意义 | 第33-35页 |
| 2 GGRS简化基因组文库的构建 | 第35-73页 |
| 2.1 引言 | 第35-53页 |
| 2.1.1 GGRS平台技术流程 | 第35-36页 |
| 2.1.2 GGRS简化基因组文库构建 | 第36-42页 |
| 2.1.3 高通量测序 | 第42-47页 |
| 2.1.4 测序数据预处理 | 第47-53页 |
| 2.2 实验材料 | 第53-56页 |
| 2.2.1 实验动物以及样品 | 第53-54页 |
| 2.2.2 主要实验试剂及配制 | 第54-55页 |
| 2.2.3 主要实验仪器及设备 | 第55-56页 |
| 2.3 实验方法 | 第56-63页 |
| 2.3.1 限制性内切酶选择 | 第56-57页 |
| 2.3.2 Barcode设计 | 第57-58页 |
| 2.3.3 Adapter-Barcode连接 | 第58-59页 |
| 2.3.4 DNA测序文库构建 | 第59-62页 |
| 2.3.5 基因组测序 | 第62-63页 |
| 2.4 结果与分析 | 第63-69页 |
| 2.4.1 DNA测序文库构建 | 第63-64页 |
| 2.4.2 测序结果数据统计 | 第64-69页 |
| 2.5 讨论 | 第69-70页 |
| 2.5.1 数据质量 | 第69页 |
| 2.5.2 测序数量 | 第69-70页 |
| 2.5.3 测序覆盖度和测序深度 | 第70页 |
| 2.6 小结 | 第70-73页 |
| 3 基因组遗传变异检测 | 第73-85页 |
| 3.1 引言 | 第73页 |
| 3.2 实验方法 | 第73-77页 |
| 3.2.1 测序数据分析 | 第73-75页 |
| 3.2.2 分型条件选择 | 第75-77页 |
| 3.2.3 SNP在基因区间上映射 | 第77页 |
| 3.3 数据处理结果统计 | 第77-83页 |
| 3.3.1 浙江省地方猪SNP检测结果 | 第77-78页 |
| 3.3.2 SNP标记在染色体上的分布 | 第78-81页 |
| 3.3.3 SNP的在群体内的分布 | 第81-83页 |
| 3.3.4 SNP在基因区间上的映射 | 第83页 |
| 3.4 讨论 | 第83-84页 |
| 3.5 小结 | 第84-85页 |
| 4 群体结构及遗传多样性 | 第85-101页 |
| 4.1 引言 | 第85页 |
| 4.2 材料与方法 | 第85-89页 |
| 4.2.1 实验材料和数据 | 第85页 |
| 4.2.2 实验方法 | 第85-89页 |
| 4.3 结果 | 第89-98页 |
| 4.3.1 SNP筛选 | 第89页 |
| 4.3.2 遗传多样性 | 第89-90页 |
| 4.3.3 群体遗传距离 | 第90-91页 |
| 4.3.4 系统进化树 | 第91-92页 |
| 4.3.5 群体结构 | 第92-94页 |
| 4.3.6 群体分化分析 | 第94-95页 |
| 4.3.7 连锁不平衡分析 | 第95-98页 |
| 4.4 讨论 | 第98-99页 |
| 4.4.1 群体内遗传多样性 | 第98页 |
| 4.4.2 群体间遗传多样性 | 第98-99页 |
| 4.4.3 连锁不平衡分析 | 第99页 |
| 4.5 小结 | 第99-101页 |
| 5 总结 | 第101-103页 |
| 5.1 本论文主要作结果 | 第101页 |
| 5.2 主要问题及后续展望 | 第101-103页 |
| 6 参考文献 | 第103-111页 |
| 7 致谢 | 第111-112页 |
