新德里金属-β-内酰胺酶-1抑制剂的虚拟筛选
| 摘要 | 第6-7页 |
| Abstract | 第7页 |
| 缩略语表 | 第8-9页 |
| 1 前言 | 第9-25页 |
| 1.1 新德里金属-β-内酰胺酶-1 | 第9-10页 |
| 1.2 NDM-1 的研究进展 | 第10-17页 |
| 1.2.1 NDM-1“超级细菌”的流行病学 | 第10-11页 |
| 1.2.2 NDM-1 的作用机理 | 第11-14页 |
| 1.2.3 NDM-1 的抑制剂 | 第14-17页 |
| 1.3 与本文相关的计算机辅助药物设计方法 | 第17-24页 |
| 1.3.1 药效团 | 第17-18页 |
| 1.3.2 分子对接 | 第18-21页 |
| 1.3.3 分子动力学 | 第21-24页 |
| 1.4 研究目的及意义 | 第24-25页 |
| 2 NDM-1 抑制剂药效团模型的建立 | 第25-32页 |
| 2.1 数据与方法 | 第25-26页 |
| 2.1.1 晶体结构分析 | 第25-26页 |
| 2.1.2 药效团构建 | 第26页 |
| 2.2 结果与讨论 | 第26-30页 |
| 2.2.1 晶体结构分析结果 | 第26-30页 |
| 2.2.2 药效团构建结果 | 第30页 |
| 2.3 小结 | 第30-32页 |
| 3 NDM-1 抑制剂的虚拟筛选 | 第32-48页 |
| 3.1 数据与方法 | 第32-36页 |
| 3.1.1 蛋白及数据库预处理 | 第33-34页 |
| 3.1.2 药效团筛选 | 第34页 |
| 3.1.3 分子对接 | 第34-36页 |
| 3.1.4 目筛 | 第36页 |
| 3.2 结果与讨论 | 第36-47页 |
| 3.2.1 药效团筛选 | 第36页 |
| 3.2.2 分子对接 | 第36-42页 |
| 3.2.3 目筛 | 第42-47页 |
| 3.3 小结 | 第47-48页 |
| 4 分子动力学模拟 | 第48-65页 |
| 4.1 数据与方法 | 第48-51页 |
| 4.1.1 体系预处理 | 第48-49页 |
| 4.1.2 分子动力学模拟 | 第49-50页 |
| 4.1.3 轨迹分析与自由能计算 | 第50-51页 |
| 4.2 结果与讨论 | 第51-63页 |
| 4.2.1 分子动力学轨迹分析 | 第51-54页 |
| 4.2.2 结合自由能分析 | 第54-63页 |
| 4.3 小结 | 第63-65页 |
| 5 总结与展望 | 第65-66页 |
| 参考文献 | 第66-71页 |
| 附录一 图表索引 | 第71-73页 |
| 附录二 发表论文 | 第73-74页 |
| 致谢 | 第74页 |
