| 致谢 | 第6-10页 |
| 摘要 | 第10-12页 |
| Abstract | 第12-13页 |
| 第一章 肠杆菌科固氮菌的研究现状及植物内生细菌的比较基因组学(综述) | 第14-27页 |
| 1.1 肠杆菌科固氮菌的研究现状 | 第14-16页 |
| 1.2 细菌系统分类方法学进展 | 第16-19页 |
| 1.3 植物内生细菌的比较基因组学 | 第19-27页 |
| 第二章 基于全基因组序列系统分类Kosakonia属细菌 | 第27-64页 |
| 2.1 研究背景和目的 | 第27-29页 |
| 2.2 材料和方法 | 第29-34页 |
| 2.2.1 菌株 | 第29页 |
| 2.2.2 基因组DNA的提取 | 第29-30页 |
| 2.2.3 基因组DNA的测序 | 第30页 |
| 2.2.4 基因组分析 | 第30-32页 |
| 2.2.5 泛基因组学分析 | 第32-33页 |
| 2.2.5.1 准备输入文件 | 第32页 |
| 2.2.5.2 安装附加程序 | 第32页 |
| 2.2.5.3 运行PGAP | 第32-33页 |
| 2.2.6 16S rRNA基因的系统发育分析 | 第33页 |
| 2.2.7 核心基因组编码氨基酸序列的系统发育分析 | 第33-34页 |
| 2.2.8 16S rRNA基因序列相似度的计算 | 第34页 |
| 2.2.9 OrthANI值的计算 | 第34页 |
| 2.2.10 POCP值的计算 | 第34页 |
| 2.3 结果与讨论 | 第34-63页 |
| 2.3.1 Kosakonia属菌株全基因组测序概况 | 第34-43页 |
| 2.3.2 Kosakonia属菌株的系统分类 | 第43-52页 |
| 2.3.2.1 Kosakonia,Enterobacter,Citrobacter和Cronobacter属菌株16S rRNA基因的系统发育分析 | 第47-50页 |
| 2.3.2.2 Kosakonia,Enterobacter,Citrobacter和Cronobacter属菌株核心基因组编码氨基酸序列的系统发育分析 | 第50-52页 |
| 2.3.3 Kosakonia属内种间菌株基因组相似度分析 | 第52-58页 |
| 2.3.3.1 Kosakonia属近缘属Enterobacter,Citrobacter和Cronobacter属间基因组相似度分析 | 第52-56页 |
| 2.3.3.2 Kosakonia属内种间菌株基因组相似度分析 | 第56-58页 |
| 2.3.4 Kosakonia属细菌促植物生长和植物致病相关基因分析 | 第58-63页 |
| 2.4 结论 | 第63-64页 |
| 参考文献 | 第64-72页 |
