| 摘要 | 第8-10页 |
| Abstract | 第10-12页 |
| 第一章 基因组学和鸟类基因组学的研究概述 | 第13-30页 |
| 1.1 基因组学的研究概况 | 第13-17页 |
| 1.1.1 基因的概念 | 第13页 |
| 1.1.2 基因家族和假基因 | 第13-14页 |
| 1.1.3 直系同源(orthology)和直系同源集簇(COG) | 第14-15页 |
| 1.1.4 基因组学和基因组计划 | 第15-17页 |
| 1.2 进化基因组学简介 | 第17-23页 |
| 1.2.1 比较基因组学 | 第17-22页 |
| 1.2.2 群体基因组学 | 第22-23页 |
| 1.3 鸟类基因组学研究进展 | 第23-29页 |
| 1.3.1 鸟类线粒体基因组测序进展 | 第23-25页 |
| 1.3.2 鸟类全基因组测序研究进展 | 第25-29页 |
| 1.4 本论文的研究设想 | 第29-30页 |
| 第二章 企鹅嗅觉基因的进化研究 | 第30-53页 |
| 2.1 嗅觉作用机理及其分子进化研究 | 第30-32页 |
| 2.2 企鹅的形态特征、分类和进化历史 | 第32-36页 |
| 2.3 材料和方法 | 第36-43页 |
| 2.3.1 本研究使用的材料 | 第37页 |
| 2.3.2 基因组DNA序列的提取、PCR扩增、胶纯化 | 第37-42页 |
| 2.3.3 基因组数据和基因的鉴别 | 第42页 |
| 2.3.4 系统发育关系的重建和OR基因家族的分配 | 第42-43页 |
| 2.4 结果 | 第43-51页 |
| 2.4.1 企鹅和其它水鸟基因组中OR基因的研究 | 第43-48页 |
| 2.4.2 企鹅OR基因的假基因化 | 第48-51页 |
| 2.5 讨论 | 第51-53页 |
| 第三章 地山雀合作繁殖的群体基因组学研究 | 第53-82页 |
| 3.1 鸟类的合作繁殖研究进展 | 第53-60页 |
| 3.2 地山雀物种概述及研究现状 | 第60-62页 |
| 3.2.1 地山雀概述 | 第60页 |
| 3.2.2 地山雀的分类地位和系统进化 | 第60-62页 |
| 3.3 材料与方法 | 第62-68页 |
| 3.3.1 研究位置和野外工作 | 第63-64页 |
| 3.3.2 样品采集和基因组测序 | 第64-65页 |
| 3.3.3 基因组作图和SNP鉴别 | 第65-67页 |
| 3.3.4 鉴别插入和缺失(InDels)以及结构变异(SVs) | 第67页 |
| 3.3.5 种群结构分析 | 第67页 |
| 3.3.6 受选择基因(putatively selected genes,PSGs)的鉴别 | 第67-68页 |
| 3.3.7 功能富集分析 | 第68页 |
| 3.4 结果 | 第68-79页 |
| 3.4.1 基因组测序 | 第68页 |
| 3.4.2 SNP的鉴定 | 第68-70页 |
| 3.4.3 插入和缺失(InDels)以及结构变异(SVs) | 第70-72页 |
| 3.4.4 种群结构分析 | 第72-74页 |
| 3.4.5 受选择基因(PSGs) | 第74-79页 |
| 3.5 讨论 | 第79-82页 |
| 第四章 结论与展望 | 第82-84页 |
| 参考文献 | 第84-95页 |
| 附录 | 第95-108页 |
| 博士期间发表的论文情况 | 第108-109页 |
| 致谢 | 第109-110页 |
