基于数据驱动的非编码基因功能注释方法研究
| 提要 | 第5-6页 |
| 摘要 | 第6-8页 |
| Abstract | 第8-10页 |
| 第1章 绪论 | 第15-27页 |
| 1.1 研究背景 | 第15-19页 |
| 1.1.1 人类基因组计划 | 第15-16页 |
| 1.1.2 DNA 原件百科全书 | 第16-17页 |
| 1.1.3 非编码 RNA | 第17页 |
| 1.1.4 长非编码 RNA | 第17-19页 |
| 1.2 国内外研究现状 | 第19-23页 |
| 1.2.1 基于数据驱动的生物网络构造 | 第19-21页 |
| 1.2.2 生物网络与非编码基因功能研究 | 第21-22页 |
| 1.2.3 疾病相关非编码基因研究 | 第22-23页 |
| 1.3 研究内容及意义 | 第23-24页 |
| 1.4 论文组织结构 | 第24-27页 |
| 第2章 非编码基因特征研究 | 第27-41页 |
| 2.1 引言 | 第27-28页 |
| 2.2 非编码基因生物统计特征分析 | 第28-34页 |
| 2.2.1 lncRNA 平面构象 | 第28-31页 |
| 2.2.2 lncRNA 密码子替换频率 | 第31-32页 |
| 2.2.3 lncRNA 核苷酸三聚体分布 | 第32-33页 |
| 2.2.4 lncRNA 序列保守性分析 | 第33页 |
| 2.2.5 lncRNA 开放读码框特征 | 第33-34页 |
| 2.3 LNCRNA 功能特异性分析 | 第34-36页 |
| 2.4 鉴定 RNA | 第36-38页 |
| 2.4.1 发现新的 lncRNA | 第36-37页 |
| 2.4.2 lncRNA 与 mRNA 区别 | 第37-38页 |
| 2.5 非编码基因数据库 | 第38-39页 |
| 2.6 本章小结 | 第39-41页 |
| 第3章 基于数据驱动的编码基因功能注释 | 第41-63页 |
| 3.1 生物芯片非编码基因重注释 | 第41-48页 |
| 3.1.1 HG-U133A 芯片平台 | 第41页 |
| 3.1.2 芯片探针定义重注释 | 第41-44页 |
| 3.1.3 HG U133A 重注释结果与分析 | 第44-48页 |
| 3.2 非编码基因功能预测 | 第48-54页 |
| 3.2.1 芯片数据数据预处理 | 第48-49页 |
| 3.2.2 构建共表达网络 | 第49-53页 |
| 3.2.3 功能预测 | 第53-54页 |
| 3.3 算法性能评价 | 第54-57页 |
| 3.3.1 随机网络对比实验 | 第54页 |
| 3.3.2 预测精确度、特异性 | 第54-57页 |
| 3.4 人类非编码基因功能预测结果及分析 | 第57-60页 |
| 3.5 本章小结 | 第60-63页 |
| 第4章 基于傅立叶分析的非编码持家基因鉴定 | 第63-81页 |
| 4.1 引言 | 第63页 |
| 4.2 傅立叶谱构造 | 第63-67页 |
| 4.2.1 基因表达时序数据选择 | 第64-65页 |
| 4.2.2 时序数据预处理 | 第65-67页 |
| 4.3 鉴定持家基因 | 第67-69页 |
| 4.3.1 持家基因样本分类 | 第67-68页 |
| 4.3.2 识别和提取 HKG 谱的特征信息 | 第68-69页 |
| 4.4 持家基因鉴定结果 | 第69-71页 |
| 4.5 预测性能分析 | 第71-76页 |
| 4.5.1 利用组织表达谱评价预测性能 | 第73-74页 |
| 4.5.2 验证 HKG 预测结果与评价 | 第74-76页 |
| 4.6 预测结果分析 | 第76-78页 |
| 4.7 本章小结 | 第78-81页 |
| 第5章 总结与展望 | 第81-83页 |
| 5.1 论文工作总结 | 第81-82页 |
| 5.2 未来工作方向 | 第82-83页 |
| 参考文献 | 第83-95页 |
| 作者简介及在学期间所取得的科研成果 | 第95-96页 |
| 致谢 | 第96页 |
