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基于生物组学方法的纳米银细胞毒性机理研究

摘要第4-7页
ABSTRACT第7-10页
英文缩写词表第15-17页
第一章 绪论第17-74页
    1.1 生物材料及其生物相容性研究概况第17-23页
        1.1.1 生物材料概述第17页
        1.1.2 生物材料的生物相容性第17-23页
    1.2 纳米生物材料生物相容性研究第23-26页
    1.3 金属及金属氧化物纳米粒子毒性研究第26-27页
    1.4 纳米银的生物相容性研究第27-33页
        1.4.1 纳米银的制备第27-28页
        1.4.2 纳米银的应用第28-29页
        1.4.3 纳米银的生物相容性研究第29-33页
    1.5 蛋白质组学技术在生物相容性研究中的应用第33-46页
        1.5.1 蛋白质组学简介第33-34页
        1.5.2 蛋白质组学技术简介第34-42页
        1.5.3 蛋白质组学实验结果的生物信息学分析第42-44页
        1.5.4 蛋白质组学技术在生物材料生物相容性研究中的应用第44-46页
    1.6 microRNA高通量分析技术在生物材料生物相容性研究中的应用第46-53页
        1.6.1 microRNA简介第46-48页
        1.6.2 microRNA的检测方法第48-50页
        1.6.3 microRNA靶基因的研究方法第50-52页
        1.6.4 microRNA高通量分析技术在生物相容性研究中的应用第52-53页
    1.7 生物相容性研究中多种生物组学数据的联合分析第53-55页
    1.8 生物组学实验结果的验证方法第55-58页
    1.9 本论文的工作基础和研究内容第58-60页
    1.10 参考文献第60-74页
第二章 纳米银的制备和表征第74-81页
    2.1 纳米银制备方法的选取第74页
    2.2 纳米银尺寸的确定第74-75页
    2.3 纳米银的制备与表征第75-77页
        2.3.1 实验材料和仪器第75页
        2.3.2 纳米银的制备第75-76页
        2.3.3 纳米银的表征第76-77页
    2.4 实验结果与讨论第77-80页
        2.4.1 去离子水和二蒸水溶剂中纳米银的制备结果第77-79页
        2.4.2 平均粒径20 nm的纳米银制备结果第79-80页
    2.5 本章小结第80页
    2.6 参考文献第80-81页
第三章 纳米银与人皮肤成纤维细胞作用的细胞水平研究第81-102页
    3.1 纳米银细胞毒性评价第81-94页
        3.1.1 实验目的第82页
        3.1.2 实验材料和仪器第82-83页
        3.1.3 主要溶液的配制第83-84页
        3.1.4 不同浓度20nm纳米银对细胞增殖的影响第84-87页
        3.1.5 200μM纳米银作用细胞1、4、8h的细胞毒性评价第87-88页
        3.1.6 实验结果和讨论第88-94页
    3.2 纳米银对细胞周期和细胞凋亡的影响第94-98页
    3.3 纳米银在细胞中的摄取第98-100页
    3.4 本章小结第100页
    3.5 参考文献第100-102页
第四章 纳米银与人皮肤成纤维细胞作用的蛋白质组学研究第102-164页
    4.1 二维差异凝胶电泳(2D-DIGE)实验第102-109页
        4.1.1 2D-DIGE实验材料和仪器第102页
        4.1.2 2D-DIGE实验方法第102-104页
        4.1.3 实验结果与讨论第104-109页
    4.2 质谱鉴定实验第109-114页
        4.2.1 质谱鉴定实验原理第109-111页
        4.2.2 质谱鉴定实验方法第111页
        4.2.3 质谱鉴定结果第111-114页
    4.3 差异表达蛋白质的生物信息学分析第114-158页
        4.3.1 聚类分析第114-115页
        4.3.2 Gene Ontology(GO)功能分类分析第115-130页
        4.3.3 生物学通路分析第130-153页
        4.3.4 蛋白质-蛋白质相互作用网络分析第153-158页
    4.4 本章小结第158页
    4.5 参考文献第158-164页
第五章 纳米银与人皮肤成纤维细胞作用的microRNA测序研究第164-194页
    5.1 microRNA测序实验样品的制备第164-165页
        5.1.1 实验材料第164页
        5.1.2 实验仪器第164页
        5.1.3 细胞培养和处理第164-165页
        5.1.4 microRNA的提取第165页
    5.2 SOLiD测序实验第165-170页
        5.2.1 实验方法第165页
        5.2.2 实验结果与讨论第165-170页
    5.3 microRNA靶基因预测第170-171页
        5.3.1 分析方法第170-171页
        5.3.2 结果与讨论第171页
    5.4 microRNA靶基因的生物信息学分析第171-180页
        5.4.1 分析方法第171页
        5.4.2 结果与讨论第171-180页
    5.5 与氧化应激相关microRNA的筛选和分析第180-190页
        5.5.1 分析和实验方法第180-182页
        5.5.2 结果与讨论第182-190页
    5.6 本章小结第190-191页
    5.7 参考文献第191-194页
第六章 纳米银与人皮肤成纤维细胞作用的生物组学实验结果的联合分析第194-216页
    6.1 纳米银作用细胞的蛋白质组学和转录组学实验结果的比较第195-197页
        6.1.1 基因和蛋白质表达数据的获取第195页
        6.1.2 基因和蛋白质表达数据的对比第195-197页
    6.2 基因、microRNA和蛋白质表达数据的联合分析第197-212页
        6.2.1 差异表达基因、microRNA和蛋白质涉及的GO功能类别的比较第197页
        6.2.2 差异表达基因、microRNA和蛋白质参与的生物学通路的比较第197-199页
        6.2.3 匹配microRNA靶基因/靶蛋白质的筛选和分析第199-212页
    6.3 本章小结第212-213页
    6.4 参考文献第213-216页
第七章 纳米银生物组学实验结果的验证第216-240页
    7.1 蛋白质组学实验结果的Western blot验证第216-220页
        7.1.1 Western blot实验蛋白质的挑选原则第216-218页
        7.1.2 实验材料第218页
        7.1.3 实验方法第218页
        7.1.4 实验结果与讨论第218-220页
    7.2 microRNA测序实验结果的qRT-PCR验证第220-227页
        7.2.1 qRT-PCR实验microRNA的挑选原则第220-221页
        7.2.2 实验材料第221页
        7.2.3 实验仪器第221-222页
        7.2.4 qRT-PCR实验方法第222-224页
        7.2.5 结果与讨论第224-227页
    7.3 肌动蛋白细胞骨架观察第227-230页
        7.3.1 实验目的第227页
        7.3.2 实验材料第227-228页
        7.3.3 实验仪器第228页
        7.3.4 主要溶液配制第228页
        7.3.5 实验方法第228-229页
        7.3.6 实验结果与讨论第229-230页
    7.4 细胞内ATP水平测定第230-234页
        7.4.1 实验目的第230-231页
        7.4.2 实验材料第231页
        7.4.3 实验仪器第231页
        7.4.4 实验方法第231-233页
        7.4.5 实验结果与讨论第233-234页
    7.5 细胞凋亡分析第234-237页
        7.5.1 实验目的第234页
        7.5.2 实验材料第234页
        7.5.3 实验仪器第234-235页
        7.5.4 实验方法第235页
        7.5.5 实验结果和讨论第235-237页
    7.6 本章小结第237-238页
    7.7 参考文献第238-240页
第八章 纳米金与人皮肤成纤维细胞作用的microRNA测序研究和生物组学实验结果的联合分析第240-261页
    8.1 纳米金与人皮肤成纤维细胞作用的microRNA测序实验第240-248页
        8.1.1 实验材料第240-241页
        8.1.2 实验仪器第241页
        8.1.3 实验方法第241-243页
        8.1.4 实验结果与讨论第243-248页
    8.2 纳米金作用人皮肤成纤维细胞后基因、microRNA与蛋白质表达数据的联合分析第248-258页
        8.2.1 差异表达基因、microRNA和蛋白质涉及的GO功能类别的比较第249页
        8.2.2 差异表达基因、microRNA和蛋白质参与的生物学通路的比较第249-251页
        8.2.3 匹配microRNA靶基因/靶蛋白质的筛选和分析第251-258页
    8.3 本章小结第258-259页
    8.4 参考文献第259-261页
第九章 纳米银、纳米金与人皮肤成纤维细胞作用机制的比较第261-272页
    9.1 纳米银、金与人皮肤成纤维细胞作用的细胞学实验结果的比较第261-262页
    9.2 纳米银、金与人皮肤成纤维细胞作用的蛋白质组学实验结果的比较第262-265页
        9.2.1 差异表达蛋白质的比较第262页
        9.2.2 差异表达蛋白质生物信息学分析结果的比较第262-265页
    9.3 纳米银与纳米金microRNA测序实验结果的比较第265-270页
        9.3.1 差异表达microRNA及匹配到的靶基因/靶蛋白质的比较第265-266页
        9.3.2 匹配靶基因/靶蛋白质功能分类分析结果的比较第266-267页
        9.3.3 匹配靶基因/靶蛋白质生物学通路分析结果的比较第267-270页
    9.4 本章小结第270-271页
    9.5 参考文献第271-272页
第十章 总结和展望第272-277页
    10.1 全文总结第272-273页
    10.2 展望第273-274页
    10.3 本论文的创新点第274-277页
在校期间发表论文情况第277-281页
致谢第281-282页
附录第282-288页
    附录1 细胞蛋白质的二维凝胶电泳实验(上海中科新生命生物公司提供)第282页
    附录2 2D-DIGE实验方法(由上海中科新生命生物科技有限公司提供)第282-283页
    附录3 质谱实验方法(由上海中科新生命生物科技有限公司提供)第283-285页
    附录4 Western blot实验方法(由上海康成生物工程公司提供)第285-288页

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