| 缩略词表 | 第4-5页 |
| 摘要 | 第5-7页 |
| Summary | 第7-9页 |
| 第一章 绪论 | 第15-29页 |
| 1.1 青稞概述 | 第15页 |
| 1.2 青稞根腐病的研究进展 | 第15-17页 |
| 1.2.1 青稞根腐病的发生与危害 | 第15-16页 |
| 1.2.2 青稞根腐病的病原 | 第16-17页 |
| 1.2.3 青稞根腐病的防治 | 第17页 |
| 1.3 微生物全基因组的测序概况 | 第17-20页 |
| 1.3.1 测序意义 | 第17-18页 |
| 1.3.2 研究进展 | 第18-19页 |
| 1.3.3 植物病原菌全基因组测序进展 | 第19-20页 |
| 1.4 木贼镰刀菌研究概况 | 第20-23页 |
| 1.4.1 木贼镰刀菌简介 | 第20-21页 |
| 1.4.2 木贼镰刀菌国内外研究进展 | 第21-23页 |
| 1.5 根腐病对植物根际土壤微生态的影响 | 第23-27页 |
| 1.5.1 根腐病对植株根际土壤理化性质及酶活性的影响 | 第23-24页 |
| 1.5.2 根腐病对植物根际土壤微生物的影响 | 第24-25页 |
| 1.5.3 高通量测序技术在土壤微生物中的研究应用 | 第25-27页 |
| 1.6 本研究的目的意义及内容 | 第27-29页 |
| 1.6.1 本研究的目的及意义 | 第27页 |
| 1.6.2 本研究的主要内容与技术路线 | 第27-29页 |
| 1.6.2.1 主要研究内容 | 第27-28页 |
| 1.6.2.2 技术路线 | 第28-29页 |
| 第二章 青稞根腐类病害的调查与采样 | 第29-34页 |
| 2.1 调查与采样方法 | 第29-30页 |
| 2.1.1 青稞苗期根腐类病害的调查 | 第29页 |
| 2.1.2 青稞成株期根腐类病害的调查 | 第29页 |
| 2.1.3 采样方法 | 第29-30页 |
| 2.2 调查与采样 | 第30-31页 |
| 2.2.1 青稞苗期根腐类病害调查采样 | 第30页 |
| 2.2.2 青稞成株期根腐类病害调查采样 | 第30-31页 |
| 2.3 调查结果 | 第31-33页 |
| 2.3.1 调查采样区基本情况 | 第31-32页 |
| 2.3.2 发病率 | 第32-33页 |
| 2.4 小结 | 第33-34页 |
| 第三章 青稞根腐类病害 | 第34-94页 |
| 3.1 材料与方法 | 第35-43页 |
| 3.1.1 菌株的分离纯化 | 第35-36页 |
| 3.1.1.1 预处理 | 第35页 |
| 3.1.1.2 PDA平板的制作 | 第35页 |
| 3.1.1.3 菌株分离 | 第35页 |
| 3.1.1.4 菌株纯化 | 第35-36页 |
| 3.1.2 菌株纯化 | 第36-37页 |
| 3.1.3 菌株鉴定 | 第37-39页 |
| 3.1.3.1 形态鉴定 | 第37-38页 |
| 3.1.3.2 分子鉴定 | 第38-39页 |
| 3.1.4 致病性测定 | 第39页 |
| 3.1.5 菌株再分离 | 第39页 |
| 3.1.6 根部放线菌的分离 | 第39页 |
| 3.1.7 土壤中放线菌的分离 | 第39页 |
| 3.1.8 拮抗放线菌菌株初筛 | 第39页 |
| 3.1.9 拮抗放线菌复筛 | 第39-40页 |
| 3.1.10 拮抗放线菌生防效果测定 | 第40-41页 |
| 3.1.11 鉴定 | 第41-43页 |
| 3.1.11.1 DNA的提取 | 第41页 |
| 3.1.11.2 PCR扩增 | 第41-42页 |
| 3.1.11.3 PCR产物回收 | 第42页 |
| 3.1.11.4 测序 | 第42-43页 |
| 3.1.11.5 序列比对及系统发育树的构建 | 第43页 |
| 3.1.12 青稞品种对由燕麦镰刀菌引起茎基腐病的抗性测定 | 第43页 |
| 3.1.13 数据处理与分析 | 第43页 |
| 3.2 结果与分析 | 第43-87页 |
| 3.2.1 病原组成 | 第43-46页 |
| 3.2.1.1 甘南州青稞苗期根腐病植株所分离病原菌组成分析 | 第44页 |
| 3.2.1.2 甘南州青稞成株期根腐病植株所分离病原菌组成分析 | 第44-45页 |
| 3.2.1.3 青海省青稞苗期根腐病植株所分离病原菌组成分析 | 第45页 |
| 3.2.1.4 青海省青稞成株期根腐病植株所分离病原菌组成分析 | 第45-46页 |
| 3.2.2 青稞茎基腐病 | 第46-57页 |
| 3.2.2.1 分布 | 第46页 |
| 3.2.2.2 发生症状 | 第46-48页 |
| 3.2.2.3 病原 | 第48-57页 |
| 3.2.3 青稞微座孢根腐病 | 第57-60页 |
| 3.2.3.1 分布 | 第57页 |
| 3.2.3.2 植株症状 | 第57-58页 |
| 3.2.3.3 病原 | 第58-60页 |
| 3.2.4 青稞丛赤壳根腐病 | 第60-62页 |
| 3.2.4.1 分布 | 第60页 |
| 3.2.4.2 植株症状 | 第60-61页 |
| 3.2.4.3 病原 | 第61-62页 |
| 3.2.5 病原菌的致病性 | 第62-64页 |
| 3.2.5.1 分布 | 第62页 |
| 3.2.5.2 植株症状 | 第62-63页 |
| 3.2.5.3 病原 | 第63-64页 |
| 3.2.6 病原菌的致病性 | 第64-83页 |
| 3.2.6.1 甘南州青稞苗期根腐病植株中所分离菌株的致病性 | 第64-72页 |
| 3.2.6.2 甘南州青稞成株期根腐病植株中所分离菌株的致病性 | 第72-77页 |
| 3.2.6.3 青海省青稞苗期根腐病植株中所分离菌株的致病性 | 第77-81页 |
| 3.2.6.4 青海省青稞成株期根腐病植株中所分离菌株的致病性 | 第81-83页 |
| 3.2.7 拮抗放线菌的筛选 | 第83-85页 |
| 3.2.8 拮抗放线菌的防效 | 第85页 |
| 3.2.9 拮抗放线菌的鉴定 | 第85-87页 |
| 3.3 讨论 | 第87-93页 |
| 3.3.1 青稞根腐病病原多样性与鉴定方法 | 第87-88页 |
| 3.3.2 致病性测定方法与算法 | 第88-89页 |
| 3.3.3 两种有待进一步确认的青稞根腐类病害 | 第89-93页 |
| 3.3.3.1 三线镰刀菌根腐病 | 第89-91页 |
| 3.3.3.2 链格孢根腐病 | 第91-93页 |
| 3.3.4 酸疮痂链霉菌 | 第93页 |
| 3.4 小结 | 第93-94页 |
| 第四章 木贼镰刀菌D25-1 全基因组的测定 | 第94-116页 |
| 4.1 材料与方法 | 第94-99页 |
| 4.1.1 菌株培养及基因组DNA提取 | 第94页 |
| 4.1.2 PCR检测 | 第94-95页 |
| 4.1.3 基于Illumina Hiseq4000平台的组装 | 第95页 |
| 4.1.3.1 测序 | 第95页 |
| 4.1.3.2 数据过滤及组装 | 第95页 |
| 4.1.4 基于PacBio平台的组装 | 第95-99页 |
| 4.1.4.1 测序 | 第95-96页 |
| 4.1.4.2 生物信息学分析 | 第96-99页 |
| 4.2 结果与分析 | 第99-114页 |
| 4.2.1 DNA样品检测结果 | 第99页 |
| 4.2.2 基于Illumina Hiseq4000平台组装结果 | 第99-101页 |
| 4.2.2.1 测序数据 | 第99-100页 |
| 4.2.2.2 基因组大小判断 | 第100页 |
| 4.2.2.3 组装结果 | 第100-101页 |
| 4.2.3 基于PacBio平台组装结果 | 第101-102页 |
| 4.2.3.1 测序数据 | 第101-102页 |
| 4.2.3.2 组装统计 | 第102页 |
| 4.2.4 基因组组分 | 第102-104页 |
| 4.2.4.1 基因成分 | 第102-103页 |
| 4.2.4.2 非编码RNA | 第103-104页 |
| 4.2.4.3 重复序列 | 第104页 |
| 4.2.5 基因功能注释 | 第104-111页 |
| 4.2.5.1 CAZy数据库注释 | 第104-105页 |
| 4.2.5.2 COG数据库注释 | 第105-106页 |
| 4.2.5.3 GO数据库注释 | 第106-107页 |
| 4.2.5.4 KEGG数据库注释 | 第107-109页 |
| 4.2.5.5 KOG数据库注释 | 第109-110页 |
| 4.2.5.6 NOG数据库注释 | 第110-111页 |
| 4.2.6 比较基因组学 | 第111-114页 |
| 4.2.6.1 共有基因和特有基因 | 第111-113页 |
| 4.2.6.2 基因家族 | 第113-114页 |
| 4.3 讨论 | 第114-115页 |
| 4.3.1 组装平台 | 第114页 |
| 4.3.2 基因功能注释 | 第114-115页 |
| 4.3.3 比较基因组分析 | 第115页 |
| 4.4 小结 | 第115-116页 |
| 第五章 青稞根腐类病害对其根际土壤特性的影响 | 第116-136页 |
| 5.1 材料与方法 | 第116-118页 |
| 5.1.1 土壤理化性质测定 | 第116-117页 |
| 5.1.2 土壤酶活性的测定 | 第117页 |
| 5.1.3 土壤微生物数量测定 | 第117页 |
| 5.1.4 土壤微生物生物量测定 | 第117-118页 |
| 5.1.4.1 微生物生物量碳 | 第117页 |
| 5.1.4.2 微生物生物量氮 | 第117-118页 |
| 5.1.4.3 微生物生物量磷 | 第118页 |
| 5.1.5 数据处理与分析 | 第118页 |
| 5.2 结果与分析 | 第118-132页 |
| 5.2.1 青稞根腐类病害的发生对其根际土壤理化性质的影响 | 第118-121页 |
| 5.2.2 青稞根腐类病害的发生对其根际土壤酶活性的影响 | 第121-126页 |
| 5.2.2.1 甘南州临潭县青稞苗期根腐类病害对其根际土壤酶活性的影响 | 第121-123页 |
| 5.2.2.2 甘南州卓尼县青稞苗期根腐类病害对其根际土壤酶活性的影响 | 第123-125页 |
| 5.2.2.3 甘南州青稞成株期根腐类病害对其根际土壤酶活性的影响 | 第125-126页 |
| 5.2.3 青稞根腐类病害的发生对其根际土壤三大微生物数量 | 第126-128页 |
| 5.2.3.1 甘南州临潭县青稞苗期根腐类病害对其根际土壤微生物数量的影响 | 第126-127页 |
| 5.2.3.2 甘南州卓尼县青稞苗期根腐类病害对其根际土壤微生物数量的影响 | 第127-128页 |
| 5.2.4 青稞根腐类病害的发生对其根际土壤微生物生物量的影响 | 第128-130页 |
| 5.2.5 根腐类病害对青稞根际土壤特性影响分析 | 第130-132页 |
| 5.2.5.1 对土壤理化性质的影响分析 | 第130页 |
| 5.2.5.2 对土壤酶活性的影响分析 | 第130-131页 |
| 5.2.5.3 对土壤酶活性及三大微生物数量的影响分析 | 第131-132页 |
| 5.2.5.4 对土壤酶活性、三大微生物数量及微生物生物量的影响分析 | 第132页 |
| 5.3 讨论 | 第132-135页 |
| 5.3.1 青稞根腐病植株根际土壤酶活性的变化特征 | 第133-134页 |
| 5.3.2 青稞根腐病植株根际土壤微生物的变化特征 | 第134页 |
| 5.3.3 青稞根腐病植株根际土壤微生物生物量的变化特征 | 第134-135页 |
| 5.4 小结 | 第135-136页 |
| 第六章 青稞根腐类病害对其根际土壤微生物多样性的影响 | 第136-199页 |
| 6.1 材料与方法 | 第136-138页 |
| 6.1.1 土壤总DNA的提取与检测 | 第136-137页 |
| 6.1.2 数据处理与分析 | 第137-138页 |
| 6.1.2.1 数据预处理 | 第137页 |
| 6.1.2.2 OTU分类与注释 | 第137页 |
| 6.1.2.3 物种系统发育树状图的构建 | 第137页 |
| 6.1.2.4 alpha多样性分析 | 第137-138页 |
| 6.1.2.5 beta多样性分析 | 第138页 |
| 6.2 结果与分析 | 第138-196页 |
| 6.2.1 各样品总DNA检测结果 | 第138-139页 |
| 6.2.2 OTU分类注释及系统发育树 | 第139-144页 |
| 6.2.2.1 青稞苗期根际土壤微生物系统进化树 | 第139-141页 |
| 6.2.2.2 青稞成株期根际土壤微生物系统进化树 | 第141-144页 |
| 6.2.3 alpha多样性分析 | 第144-158页 |
| 6.2.3.1 青稞苗期根际土壤微生物alpha多样性分析 | 第144-151页 |
| 6.2.3.2 成株期青稞根际土壤微生物alpha多样性分析 | 第151-158页 |
| 6.2.4 beta多样性分析 | 第158-196页 |
| 6.2.4.1 苗期青稞根际土壤微生物beta多样性分析 | 第158-178页 |
| 6.2.4.2 成株期青稞根际土壤微生物beta多样性分析 | 第178-196页 |
| 6.3 讨论 | 第196-197页 |
| 6.4 小结 | 第197-199页 |
| 第七章 结论与展望 | 第199-203页 |
| 7.1 结论 | 第199-200页 |
| 7.2 展望 | 第200-201页 |
| 7.3 本研究的创新点 | 第201-203页 |
| 参考文献 | 第203-221页 |
| 导师简介 | 第221-222页 |
| 作者简介 | 第222-224页 |
| 致谢 | 第224-226页 |
