| 致谢 | 第6-8页 |
| 摘要 | 第8-11页 |
| Abstract | 第11-15页 |
| 第一章 引言 | 第19-42页 |
| 1.1 自然界氮循环与氨氧化过程概述 | 第19-22页 |
| 1.1.1 自然界氮循环过程概述 | 第19-20页 |
| 1.1.2 自然界氨氧化过程及氨氧化细菌(AOB)概述 | 第20-22页 |
| 1.2 氨氧化古菌概述 | 第22-27页 |
| 1.2.1 氨氧化古菌的发现 | 第22-23页 |
| 1.2.2 氨氧化古菌的生理特性和系统发育特征 | 第23-26页 |
| 1.2.3 氨氧化古菌的代谢机理 | 第26-27页 |
| 1.3 环境因素对氨氧化微生物的影响 | 第27-35页 |
| 1.3.1 基质浓度对氨氧化微生物的影响 | 第27-30页 |
| 1.3.2 pH对氨氧化微生物的影响 | 第30-32页 |
| 1.3.3 有机物对氨氧化微生物的影响 | 第32-33页 |
| 1.3.4 温度对氨氧化微生物的影响 | 第33-34页 |
| 1.3.5 氧气浓度对氨氧化微生物的影响 | 第34-35页 |
| 1.4 不同氧气条件下氨氧化微生物的数量、功能及影响因素 | 第35-40页 |
| 1.4.1 好氧生境中氨氧化微生物的数量、功能及影响因素 | 第35-37页 |
| 1.4.2 低氧生境中氨氧化微生物的数量、功能及影响因素 | 第37-40页 |
| 1.5 论文研究目标及基本思路 | 第40-42页 |
| 第二章 好氧生境中氨氧化微生物群落特征及其影响因素分析 | 第42-62页 |
| 前言 | 第42页 |
| 2.1 材料与方法 | 第42-47页 |
| 2.1.1 取样点设置 | 第42-43页 |
| 2.1.2 理化因子测定 | 第43页 |
| 2.1.3 DNA抽提与定量PCR扩增 | 第43-44页 |
| 2.1.4 454高通量测序和克隆库构建 | 第44-45页 |
| 2.1.5 氨氧化微生物功能基因数据库的构建 | 第45-46页 |
| 2.1.6 454高通量数据的过滤与生物信息分析 | 第46页 |
| 2.1.7 系统发育分析 | 第46-47页 |
| 2.1.8 生物统计学分析 | 第47页 |
| 2.2 结果 | 第47-57页 |
| 2.2.1 中国农田土壤样品基本理化特性 | 第47-49页 |
| 2.2.2 中国农田土壤氨氧化微生物的数量 | 第49-50页 |
| 2.2.3 中国农田土壤氨氧化微生物的多样性 | 第50-53页 |
| 2.2.4 中国农田土壤氨氧化微生物的群落结构 | 第53-57页 |
| 2.3 讨论 | 第57-61页 |
| 2.3.1 中国农田土壤理化因子对氨氧化微生物数量的影响分析 | 第57-58页 |
| 2.3.2 中国农田土壤理化因子对氨氧化微生物多样性和群落结构的影响分析 | 第58-61页 |
| 2.4 小结 | 第61-62页 |
| 第三章 低氧生境中氨氧化微生物群落特征及其影响因素分析 | 第62-78页 |
| 前言 | 第62页 |
| 3.1 材料与方法 | 第62-65页 |
| 3.1.1 取样点设置 | 第62-63页 |
| 3.1.2 理化因子测定 | 第63页 |
| 3.1.3 DNA抽提、PCR扩增和PCR产物纯化 | 第63-64页 |
| 3.1.4 克隆与测序 | 第64页 |
| 3.1.5 定量PCR | 第64页 |
| 3.1.6 系统发育分析 | 第64页 |
| 3.1.7 生物统计学分析 | 第64-65页 |
| 3.2 结果 | 第65-73页 |
| 3.2.1 钱塘江沉积物的基本理化性质 | 第65-66页 |
| 3.2.2 钱塘江沉积物氨氧化微生物的数量 | 第66-67页 |
| 3.2.3 钱塘江沉积物氨氧化微生物的多样性 | 第67-70页 |
| 3.2.4 钱塘江沉积物氨氧化微生物的群落结构 | 第70-73页 |
| 3.3 讨论 | 第73-77页 |
| 3.3.1 钱塘江沉积物理化因子对氨氧化微生物数量的影响分析 | 第73-76页 |
| 3.3.2 钱塘江沉积物理化因子对氨氧化微生物多样性和群落结构的影响分析 | 第76-77页 |
| 3.4 小结 | 第77-78页 |
| 第四章 淡水型好氧/低氧交替生境中氨氧化微生物群落特征及其影响因素分析 | 第78-96页 |
| 前言 | 第78页 |
| 4.1 材料与方法 | 第78-81页 |
| 4.1.1 取样点设置 | 第78-80页 |
| 4.1.2 理化因子测定 | 第80页 |
| 4.1.3 DNA抽提与定量PCR扩增 | 第80页 |
| 4.1.4 454高通量测序和克隆库构建 | 第80-81页 |
| 4.1.5 454高通量数据的过滤与生物信息分析 | 第81页 |
| 4.1.6 系统发育分析 | 第81页 |
| 4.1.7 生物统计学分析 | 第81页 |
| 4.2 结果 | 第81-89页 |
| 4.2.1 三峡消落带土壤的基本理化特性 | 第81-82页 |
| 4.2.2 三峡消落带土壤氨氧化微生物的数量 | 第82-84页 |
| 4.2.3 三峡消落带土壤氨氧化微生物的多样性 | 第84-87页 |
| 4.2.4 三峡消落带土壤氨氧化微生物的群落结构 | 第87-89页 |
| 4.3 讨论 | 第89-95页 |
| 4.3.1 三峡消落带土壤理化因子对氨氧化微生物数量的影响分析 | 第89-91页 |
| 4.3.2 三峡消落带土壤理化因子对氨氧化微生物多样性和群落结构的影响分析 | 第91-95页 |
| 4.4 小结 | 第95-96页 |
| 第五章 海洋型好氧/低氧交替生境中氨氧化微生物群落特征、功能及其影响因素分析 | 第96-117页 |
| 前言 | 第96页 |
| 5.1 材料与方法 | 第96-99页 |
| 5.1.1 取样点设置 | 第96-97页 |
| 5.1.2 理化因子测定 | 第97页 |
| 5.1.3 DNA抽提与定量PCR扩增 | 第97页 |
| 5.1.4 454高通量测序和克隆库构建 | 第97页 |
| 5.1.5 454高通量数据的过滤与生物信息分析 | 第97-98页 |
| 5.1.6 系统发育分析 | 第98页 |
| 5.1.7 生物统计学分析 | 第98页 |
| 5.1.8 氨氧化活性测定 | 第98-99页 |
| 5.2 结果 | 第99-112页 |
| 5.2.1 舟山潮间带沉积物基本理化特性 | 第99-101页 |
| 5.2.2 舟山潮间带沉积物氨氧化微生物的数量 | 第101-103页 |
| 5.2.3 舟山潮间带沉积物氨氧化微生物的多样性 | 第103-106页 |
| 5.2.4 舟山潮间带氨氧化微生物的群落结构 | 第106-109页 |
| 5.2.5 舟山潮间带沉积物AOA和AOB的氨氧化活性及在氨氧化过程中的相对贡献率 | 第109-112页 |
| 5.3 讨论 | 第112-116页 |
| 5.3.1 舟山潮间带沉积物理化因子对氨氧化微生物数量的影响分析 | 第112-113页 |
| 5.3.2 舟山潮间带沉积物理化因子对氨氧化微生物多样性和群落结构的影响分析 | 第113-115页 |
| 5.3.3 舟山潮间带沉积物理化因子对AOA和AOB氨氧化速率及相对贡献率影响分析 | 第115-116页 |
| 5.4 小结 | 第116-117页 |
| 第六章 不同氧气条件下氨氧化微生物群落特征和功能的演替 | 第117-139页 |
| 前言 | 第117页 |
| 6.1 材料与方法 | 第117-119页 |
| 6.1.1 模拟土柱的设计、运行及样品采集 | 第117-119页 |
| 6.1.2 理化因子测定 | 第119页 |
| 6.1.3 DNA抽提与定量PCR扩增 | 第119页 |
| 6.1.4 454高通量测序和克隆库构建 | 第119页 |
| 6.1.5 454高通量数据的过滤与生物信息分析 | 第119页 |
| 6.1.6 系统发育分析 | 第119页 |
| 6.1.7 生物统计学分析 | 第119页 |
| 6.1.8 氨氧化活性测定 | 第119页 |
| 6.2 结果 | 第119-134页 |
| 6.2.1 模拟土柱土壤样品的基本理化特性 | 第119-122页 |
| 6.2.2 模拟土柱土壤氨氧化微生物的数量 | 第122-124页 |
| 6.2.3 模拟土柱土壤氨氧化微生物的多样性 | 第124-127页 |
| 6.2.4 模拟土柱土壤氨氧化微生物的群落结构 | 第127-130页 |
| 6.2.5 模拟土柱中AOA和AOB的氨氧化活性及在氨氧化过程中的相对贡献率 | 第130-134页 |
| 6.3 讨论 | 第134-137页 |
| 6.3.1 模拟土柱理化因子对氨氧化微生物数量和多样性的影响分析 | 第134-136页 |
| 6.3.2 模拟土柱理化因子对AOA和AOB氨氧化速率及相对贡献率的影响分析 | 第136-137页 |
| 6.4 小结 | 第137-139页 |
| 第七章 结论与展望 | 第139-144页 |
| 7.1 主要结论 | 第139-143页 |
| 7.2 创新点 | 第143页 |
| 7.3 不足与展望 | 第143-144页 |
| 参考文献 | 第144-158页 |
| 个人简历 | 第158页 |
| 研究生阶段所取得的科研成果 | 第158-161页 |
| 论文发表情况 | 第158-161页 |
| 专利获得情况 | 第161页 |
| 奖励获得情况 | 第161页 |
