| 致谢 | 第4-8页 |
| 摘要 | 第8-9页 |
| 1 文献综述 | 第9-19页 |
| 1.1 荷花概述 | 第9页 |
| 1.2 转录组测序技术 | 第9-12页 |
| 1.2.1 转录组概念 | 第9-10页 |
| 1.2.2 第一代测序Sanger技术 | 第10页 |
| 1.2.3 新一代测序技术—Roche454测序技术 | 第10-11页 |
| 1.2.4 新一代测序技术—Applied Biosystems SOLiD测序 | 第11页 |
| 1.2.5 新一代测序技术—Solexa/Illumina测序技术 | 第11-12页 |
| 1.3 转录组测序在植物中的应用 | 第12-13页 |
| 1.4 植物花开放过程中花瓣生长的研究 | 第13-17页 |
| 1.4.1 花开放过程中花瓣生理变化 | 第13-14页 |
| 1.4.2 植物花开放过程中分子调控机制研究 | 第14页 |
| 1.4.3 植物激素对植物花开放的影响 | 第14-17页 |
| 1.4.3.1 乙烯对植物花开放的影响 | 第14-15页 |
| 1.4.3.2 生长素对植物花开放的影响 | 第15-16页 |
| 1.4.3.3 细胞分裂素对植物花开放的影响 | 第16页 |
| 1.4.3.4 植物花开放过程中细胞壁的相关研究 | 第16-17页 |
| 1.5 荷花的研究进展 | 第17-19页 |
| 1.5.1 荷花的种质资源研究 | 第17页 |
| 1.5.2 荷花开花过程的生理生化研究 | 第17页 |
| 1.5.3 荷花开花相关的分子生物学研究 | 第17-19页 |
| 1.5.3.1 荷花成花基因的研究 | 第17页 |
| 1.5.3.2 荷花转录组的研究进展 | 第17-19页 |
| 2 引言 | 第19-20页 |
| 3 材料与方法 | 第20-27页 |
| 3.1 试验材料 | 第20-21页 |
| 3.1.1 植物材料 | 第20页 |
| 3.1.2 数据分析 | 第20页 |
| 3.1.3 试验试剂 | 第20页 |
| 3.1.4 试验工具与耗材 | 第20-21页 |
| 3.1.5 PCR引物 | 第21页 |
| 3.2 试验方法 | 第21-27页 |
| 3.2.1 荷花样本选择与处理 | 第21-23页 |
| 3.2.2 转录组测序和基本数据处理及生物信息分析 | 第23-25页 |
| 3.2.2.1 测序数据及其质量检测 | 第23页 |
| 3.2.2.2 转录组测序数据组装 | 第23页 |
| 3.2.2.3 转录组测序文库质量评估 | 第23-24页 |
| 3.2.2.4 Unigene功能注释 | 第24页 |
| 3.2.2.5 基因表达量分析 | 第24页 |
| 3.2.2.6 差异基因表达分析 | 第24-25页 |
| 3.2.2.7 差异表达基因功能注释和富集分析 | 第25页 |
| 3.2.3 转录组测序目的基因的数据分析 | 第25页 |
| 3.2.4 Real-time PCR验证分析 | 第25-27页 |
| 3.2.4.1 荷花RNA的提取 | 第25-26页 |
| 3.2.4.2 RNA浓度、纯度和电泳检测 | 第26页 |
| 3.2.4.3 反转录 | 第26页 |
| 3.2.4.4 PCR扩增 | 第26页 |
| 3.2.4.5 目的基因实时荧光定量Real-time PCR反应 | 第26-27页 |
| 4 结果与分析 | 第27-50页 |
| 4.1 测序数据质量分析 | 第27-28页 |
| 4.2 Illumina测序及序列组装结果 | 第28-32页 |
| 4.2.1 转录组测序数据组装与分析 | 第28-30页 |
| 4.2.2 Unigene功能分析 | 第30-32页 |
| 4.3 转录组测序不同花期差异表达基因 | 第32-39页 |
| 4.3.1 差异表达上调基因与下调基因分析 | 第32-34页 |
| 4.3.2 差异表达基因GO功能分析 | 第34页 |
| 4.3.3 差异表达基因GO功能富集分析 | 第34-37页 |
| 4.3.4 差异表达基因COG分类 | 第37-38页 |
| 4.3.5 差异表达基因KEGG代谢通路分析 | 第38-39页 |
| 4.3.6 差异表达基因KEGG代谢通路富集分析 | 第39页 |
| 4.4 影响花开放的相关目的基因分析 | 第39-42页 |
| 4.4.1 乙烯相关基因分析 | 第39页 |
| 4.4.2 生长素相关基因分析 | 第39-40页 |
| 4.4.3 细胞分裂素相关基因分析 | 第40页 |
| 4.4.4 细胞壁相关基因分析 | 第40-42页 |
| 4.5 Real-time PCR | 第42-50页 |
| 4.5.1 荷花总RNA的提取与检测 | 第42页 |
| 4.5.2 荷花目的基因序列的PCR扩增结果 | 第42-43页 |
| 4.5.3 荧光定量Real-time PCR | 第43-50页 |
| 4.5.3.1 样品的重复性和灵敏度 | 第43-46页 |
| 4.5.3.2 荧光定量Real-time PCR验证分析 | 第46-50页 |
| 5 结论与讨论 | 第50-55页 |
| 5.1 结论 | 第50-52页 |
| 5.2 讨论 | 第52-55页 |
| 5.2.1 转录组测序在植物的花开放过程研究 | 第52-53页 |
| 5.2.2 植物激素在开花过程中的影响 | 第53-54页 |
| 5.2.3 展望 | 第54-55页 |
| 参考文献 | 第55-63页 |
| ABSTRACT | 第63-64页 |
