| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 缩略词 | 第8-12页 |
| 第一章 引言 | 第12-38页 |
| 1.1 猪繁殖与呼吸综合征的发展历史及危害 | 第12-14页 |
| 1.2 猪繁殖与呼吸综合征病毒简介 | 第14-19页 |
| 1.2.1 PRRSV的结构和分类 | 第14-15页 |
| 1.2.2 PRRSV序列的遗传多样性 | 第15-18页 |
| 1.2.3 PRRSV的理化性质 | 第18-19页 |
| 1.3 猪繁殖与呼吸综合征病毒的致病分子机制 | 第19-22页 |
| 1.3.1 PRRSV的侵入 | 第19页 |
| 1.3.2 PRRSV对天然免疫的抑制作用 | 第19-21页 |
| 1.3.3 PRRSV对体液免疫的作用 | 第21-22页 |
| 1.4 宿主对病原体感染耐受性机制研究 | 第22-28页 |
| 1.4.1 无脊椎动物对病原体感染的耐受机制 | 第23-24页 |
| 1.4.2 脊椎动物对病原体感染的耐受机制 | 第24-28页 |
| 1.5 非编码RNA (lncRNA和microRNA)参与病毒感染过程的研究 | 第28-36页 |
| 1.5.1 lncRNA的发现及作用机制研究 | 第28-33页 |
| 1.5.2 lncRNA参与调控病毒感染过程的研究 | 第33-35页 |
| 1.5.3 miRNA参与调控病毒感染过程的研究 | 第35-36页 |
| 1.6 利用二代测序的方法研究病毒与宿主间的相互作用 | 第36-37页 |
| 1.7 本研究的目的和意义 | 第37-38页 |
| 第二章 材料与方法 | 第38-49页 |
| 2.1 实验设计 | 第38页 |
| 2.2 实验材料 | 第38-39页 |
| 2.2.1 实验用猪 | 第38页 |
| 2.2.2 PRRSV毒株及细胞 | 第38页 |
| 2.2.3 主要实验仪器 | 第38-39页 |
| 2.3 实验方法 | 第39-41页 |
| 2.3.1 样品采集及肺组织RNA的提取 | 第39页 |
| 2.3.2 猪肺泡巨噬细胞的获得 | 第39页 |
| 2.3.3 细胞的培养 | 第39-40页 |
| 2.3.4 PCR体系 | 第40页 |
| 2.3.5 病毒滴度(TCID_(50))测定 | 第40-41页 |
| 2.3.6 候选基因功能验证 | 第41页 |
| 2.3.7 miRNA的定量PCR验证 | 第41页 |
| 2.4 主要数据分析方法 | 第41-49页 |
| 2.4.1 测序数据的质控 | 第41页 |
| 2.4.2 基因/miRNA表达值估计及差异表达计算 | 第41-42页 |
| 2.4.3 GO富集和KEGG富集分析 | 第42-43页 |
| 2.4.4 基因表达值CV与靶基因比例分析 | 第43-44页 |
| 2.4.5 基因共表达网络的构建 | 第44-48页 |
| 2.4.6 SNP的鉴定及分析 | 第48页 |
| 2.4.7 PRRSV基因组PhastCons Score的计算 | 第48页 |
| 2.4.8 miRNA编辑位点的鉴定 | 第48-49页 |
| 第三章 结果与讨论 | 第49-93页 |
| 3.1 通城猪和长白猪HP-PRRSV感染与对照组基因表达分析 | 第49-56页 |
| 3.1.1 感染组与对照组基因表达量计算 | 第49-50页 |
| 3.1.2 感染组与对照组差异显著基因分析 | 第50-56页 |
| 3.2 HP-PRRSV感染过程基因表达变化幅度分析 | 第56-62页 |
| 3.2.1 通城猪和长白猪的基因表达变化幅度比较 | 第56-58页 |
| 3.2.2 基因表达变异系数与miRNA靶基因相关性分析 | 第58-60页 |
| 3.2.3 病毒感染相关信号通路分析 | 第60-62页 |
| 3.3 差异表达基因共表达网络分析 | 第62-64页 |
| 3.4 抗PRRSV候选基因功能验证及关键SNP位点分析 | 第64-67页 |
| 3.5 通城猪和长白猪HP-PRRSV感染组和对照组lncRNA表达分析 | 第67-75页 |
| 3.5.1 lncRNA的鉴定及特征分析 | 第67-69页 |
| 3.5.2 lncRNA在表达模式分析 | 第69-70页 |
| 3.5.3 lncRNA附近基因分析 | 第70-75页 |
| 3.6 通城猪和长白猪HP-PRRSV感染组与对照组miRNA表达分析 | 第75-90页 |
| 3.6.1 miRNA测序数据质控及初步分析 | 第75-77页 |
| 3.6.2 miRNA差异表达情况及qRT-PCR验证 | 第77-84页 |
| 3.6.3 品种特异DEmiRNA的靶基因功能预测分析 | 第84-86页 |
| 3.6.4 PRRSV基因组保守区域miRNA结合位点预测 | 第86-88页 |
| 3.6.5 PRRSV感染组与对照组miRNA编辑位点分析 | 第88-90页 |
| 3.7 总结与讨论 | 第90-93页 |
| 3.7.1 HP-PRRSV感染引起通城猪肺组织基因表达紊乱程度小于长白猪 | 第90页 |
| 3.7.2 过表达6个抗PRRSV候选基因均可以显著抑制PRRSV复制 | 第90-91页 |
| 3.7.3 通城猪具有而长白猪没有的SNPs可能与BTG2和BID基因在两种猪中的差异表达模式有关 | 第91页 |
| 3.7.4 HP-PRRSV感染导致miRNA表达和编辑情况发生变化 | 第91-93页 |
| 第四章 结论 | 第93-94页 |
| 参考文献 | 第94-105页 |
| 致谢 | 第105-106页 |
| 附录 | 第106-121页 |
| 简历 | 第121-122页 |
