| 符号说明 | 第4-8页 |
| 中文摘要 | 第8-10页 |
| Abstract | 第10-12页 |
| 1 前言 | 第13-24页 |
| 1.1 肠炎沙门氏菌 | 第13-14页 |
| 1.1.1 肠炎沙门氏菌的危害性及流行性 | 第13-14页 |
| 1.1.2 肠炎沙门氏菌的控制和治疗 | 第14页 |
| 1.2 抗病育种 | 第14-17页 |
| 1.2.1 抗病育种的研究现状及进展 | 第14-16页 |
| 1.2.2 抗病育种的研究意义 | 第16-17页 |
| 1.3 基因甲基化 | 第17-22页 |
| 1.3.1 甲基化的作用机制 | 第17-18页 |
| 1.3.2 甲基化在肿瘤中的作用 | 第18-19页 |
| 1.3.3 甲基化的研究方法 | 第19-22页 |
| 1.4 TGF-β信号通路概述 | 第22-23页 |
| 1.5 本研究的目的和意义 | 第23-24页 |
| 2 材料与方法 | 第24-36页 |
| 2.1 试验材料 | 第24-26页 |
| 2.1.1 试验仪器 | 第24页 |
| 2.1.2 试验耗材 | 第24-25页 |
| 2.1.3 试验试剂 | 第25页 |
| 2.1.4 试验动物和菌种 | 第25页 |
| 2.1.5 动物试验 | 第25-26页 |
| 2.1.5.1 肠炎沙门氏菌菌种复苏 | 第25-26页 |
| 2.1.5.2 肠炎沙门氏菌的培养和菌液制备 | 第26页 |
| 2.1.5.3 动物试验处理 | 第26页 |
| 2.2 试验方法 | 第26-35页 |
| 2.2.1 基因组DNA提取及质量检测 | 第26-28页 |
| 2.2.2 全基因组甲基化水平检测 | 第28-29页 |
| 2.2.3 甲基化DNA免疫共沉淀测序(MEDIP-seq) | 第29-30页 |
| 2.2.4 PCR Array检测TGF-β信号通路表达谱 | 第30-33页 |
| 2.2.4.1 组织总RNA的提取及质量检测 | 第31-33页 |
| 2.2.5 反转录 | 第33-34页 |
| 2.2.6 qRT-PCR | 第34-35页 |
| 2.3 数据处理 | 第35-36页 |
| 3 结果与分析 | 第36-49页 |
| 3.1 全基因组整体甲基化水平检测结果 | 第36-39页 |
| 3.1.1 基因组DNA电泳结果 | 第36页 |
| 3.1.2 肠炎沙门氏菌的感染对寿光鸡全基因组甲基化的影响 | 第36-37页 |
| 3.1.3 肠炎沙门氏菌的感染对SPF鸡全基因组甲基化的影响 | 第37页 |
| 3.1.4 试验组同一时间不同品种间全基因组甲基化差异 | 第37-39页 |
| 3.1.5 对照组同一时间不同品种间全基因组甲基化差异 | 第39页 |
| 3.2 甲基化DNA免疫共沉淀测序(MEDIP-seq) | 第39-45页 |
| 3.2.1 测序质量检测及长度分布统计 | 第39-41页 |
| 3.2.2 DMRs在各个染色体和位置的分布 | 第41-43页 |
| 3.2.3 甲基化差异基因分析 | 第43页 |
| 3.2.4 甲基化差异基因的GO注释 | 第43-45页 |
| 3.3 TGF-β信号通路基因的表达分析 | 第45-49页 |
| 3.3.1 总RNA质量检测结果 | 第45-46页 |
| 3.3.2 差异基因的分析 | 第46-49页 |
| 3.3.2.1 肠炎沙门氏菌感染对TGF-β信号通路基因表达的影响 | 第46-48页 |
| 3.3.2.2 遗传背景对TGF-β信号通路基因表达的影响 | 第48-49页 |
| 4 讨论 | 第49-53页 |
| 4.1 不同遗传背景下甲基化的差异 | 第49-50页 |
| 4.2 肠炎沙门氏菌感染对甲基化的影响 | 第50-52页 |
| 4.3 TGF-β通路基因甲基化的作用 | 第52-53页 |
| 5 结论与展望 | 第53-54页 |
| 5.1 结论 | 第53页 |
| 5.2 创新与展望 | 第53-54页 |
| 5.2.1 创新之处 | 第53页 |
| 5.2.2 研究展望 | 第53-54页 |
| 参考文献 | 第54-62页 |
| 致谢 | 第62-63页 |
| 攻读学位期间发表论文情况 | 第63页 |
