蛋白质构象运动的结构分析和动力学研究
| 摘要 | 第4-6页 |
| abstract | 第6-8页 |
| 第一章 蛋白质基本结构及其动力学 | 第14-28页 |
| 1.1 蛋白质基本结构 | 第14-18页 |
| 1.1.1 氨基酸和肽键 | 第14-16页 |
| 1.1.2 蛋白质的一级结构 | 第16页 |
| 1.1.3 蛋白质的二级结构 | 第16-17页 |
| 1.1.4 蛋白质的三级结构及四级结构 | 第17-18页 |
| 1.2 蛋白质中的相互作用 | 第18-20页 |
| 1.2.1 蛋白质内部的相互作用 | 第18-20页 |
| 1.2.2 蛋白质与周围溶剂的相互作用 | 第20页 |
| 1.3 蛋白质的研究模型 | 第20-23页 |
| 1.3.1 蛋白质结构模型 | 第20-21页 |
| 1.3.2 蛋白质模型中的相互作用 | 第21-23页 |
| 1.4 蛋白质的动力学 | 第23-26页 |
| 1.4.1 蛋白质系统的自由能面 | 第23-24页 |
| 1.4.2 不同时空尺度的蛋白质运动 | 第24-26页 |
| 1.5 本文的研究内容 | 第26-28页 |
| 第二章 利用信号网络模型识别蛋白的hinge位点 | 第28-42页 |
| 2.1 引言 | 第28页 |
| 2.2 模型和方法 | 第28-34页 |
| 2.2.1 信号传导模型 | 第28-30页 |
| 2.2.2 残基距离的定义 | 第30-31页 |
| 2.2.3 分析距离矩阵 | 第31-33页 |
| 2.2.4 测试数据集 | 第33-34页 |
| 2.2.5 作为对比的识别方法 | 第34页 |
| 2.3 计算结果 | 第34-39页 |
| 2.3.1 HAG测试组的计算结果 | 第34页 |
| 2.3.2 预测结果分类统计 | 第34-37页 |
| 2.3.3 特定蛋白内可能的hinge位点 | 第37-39页 |
| 2.4 总结 | 第39-42页 |
| 第三章 甘氨酸插入对黄色荧光蛋白氯离子通道的影响 | 第42-58页 |
| 3.1 引言 | 第42-44页 |
| 3.2 模型与方法 | 第44-46页 |
| 3.2.1 蛋白结构 | 第44页 |
| 3.2.2 模拟步骤 | 第44-46页 |
| 3.3 计算结果 | 第46-53页 |
| 3.3.1 YFP和YFP+的平衡模拟结果 | 第46-49页 |
| 3.3.2 TLES的模拟结果 | 第49-53页 |
| 3.4 总结 | 第53-58页 |
| 第四章 总结和展望 | 第58-60页 |
| 参考文献 | 第60-66页 |
| 科研成果 | 第66-68页 |
| 致谢 | 第68-69页 |
