| 摘要 | 第8-11页 |
| ABSTRACT | 第11-13页 |
| 引言 | 第14-15页 |
| 上篇 文献综述 | 第15-46页 |
| 第一章 稻瘟病菌基因组研究进展 | 第16-36页 |
| 1 稻瘟病及其致病菌研究概况 | 第16-18页 |
| 1.1 稻瘟病及稻瘟病菌的生活史循环 | 第16-18页 |
| 1.2 稻瘟病菌遗传转化体系演变 | 第18页 |
| 2 稻瘟病菌的全基因组测序 | 第18-26页 |
| 2.1 稻瘟病菌的基因组结构 | 第18-19页 |
| 2.2 参考菌株70-15全基因组序列 | 第19-21页 |
| 2.3 菌株Ina168全基因组测序 | 第21-22页 |
| 2.4 两个田间菌株P131和Y34的全基因组测序 | 第22-24页 |
| 2.5 两个田间菌株基因组比较分析 | 第24-26页 |
| 3 展望 | 第26-27页 |
| 参考文献 | 第27-36页 |
| 第二章 稻瘟病菌效应分子的研究进展 | 第36-46页 |
| 1.1 效应分子的分泌 | 第36-38页 |
| 1.2 稻瘟病菌无毒基因ACE1 | 第38页 |
| 1.3 无毒效应分子 | 第38-39页 |
| 1.4 稻瘟病菌无毒基因的遗传多样性 | 第39页 |
| 1.5 非无毒基因的效应分子 | 第39-40页 |
| 1.6 效应分子进入植物细胞和移动的机制 | 第40-41页 |
| 1.7 展望 | 第41-42页 |
| 参考文献 | 第42-46页 |
| 下篇 研究内容 | 第46-162页 |
| 第一章 稻瘟病菌株98-06的全基因组序列分析 | 第48-80页 |
| 1 材料与方法 | 第50-53页 |
| 1.1 菌株的来源与保存 | 第50页 |
| 1.2 基因组DNA的提取 | 第50-51页 |
| 1.3 基因组测序 | 第51页 |
| 1.4 基因组数据质控与组装 | 第51页 |
| 1.5 基因预测与功能注释 | 第51-52页 |
| 1.6 基因家族分析 | 第52页 |
| 1.7 重复序列分析 | 第52-53页 |
| 1.8 共线性分析 | 第53页 |
| 1.9 外泌蛋白预测与候选效应分子筛选 | 第53页 |
| 2 结果分析 | 第53-74页 |
| 2.1 稻瘟病菌98-06在单抗病基因水稻品系上的致病性 | 第53-54页 |
| 2.2 稻瘟病菌98-06全基因组测序数据组装 | 第54-55页 |
| 2.3 基因预测与注释 | 第55-56页 |
| 2.4 98-06与70-15基因组共线性分析 | 第56-64页 |
| 2.5 基因家族分析 | 第64-65页 |
| 2.6 重复序列与转座子 | 第65-69页 |
| 2.7 效应分子(effector)预测分析 | 第69-74页 |
| 3 讨论 | 第74-75页 |
| 参考文献 | 第75-80页 |
| 第二章 稻瘟菌98-06与水稻的互作转录组分析 | 第80-100页 |
| 1 材料与方法 | 第82-84页 |
| 1.1 RNA-seq样品的准备 | 第82页 |
| 1.2 测序方法 | 第82-83页 |
| 1.3 信息分析路线 | 第83-84页 |
| 1.4 定量PCR验证基因表达数据 | 第84页 |
| 1.5 基因表达数据分析 | 第84页 |
| 2 结果分析 | 第84-96页 |
| 2.1 基因检测情况与差异表达基因 | 第84-86页 |
| 2.2 水稻中SA、JA、ET信号通路在互作阶段的转录分析 | 第86-88页 |
| 2.3 致病相关基因的表达模式 | 第88-89页 |
| 2.4 稻瘟病菌胞内转运基因的表达模式 | 第89-90页 |
| 2.5 基于表达模式的效应分子预测 | 第90-92页 |
| 2.6 候选效应分子的有/无多态性分析 | 第92-96页 |
| 3 讨论 | 第96-97页 |
| 参考文献 | 第97-100页 |
| 第三章 稻瘟菌98-06中候选效应分子的功能研究 | 第100-136页 |
| 1 材料与方法 | 第102-109页 |
| 1.1 菌株的来源与保存 | 第102页 |
| 1.2 稻瘟病菌DNA、RNA的提取和cDNA的合成 | 第102-103页 |
| 1.3 基因拷贝数分析及蛋白序列分析 | 第103页 |
| 1.3 基因载体构建及敲除突变体的获得 | 第103-105页 |
| 1.4 PEX基因敲除突变体表型测定 | 第105页 |
| 1.5 致病性测定 | 第105-106页 |
| 1.6 稻瘟病菌侵入显微观察试验 | 第106页 |
| 1.7 信号肽功能验证 | 第106-107页 |
| 1.8 烟草中效应分子抑制BAX引发的HCD | 第107-109页 |
| 1.9 实时定量PCR分析 | 第109页 |
| 2 结果分析 | 第109-130页 |
| 2.1 稻瘟病菌菌株98-06特有基因 | 第109-111页 |
| 2.2 PEX基因的系统发育树 | 第111-112页 |
| 2.3 PEX基因在不同阶段的转录分析 | 第112-113页 |
| 2.4 PEX基因敲除功能研究 | 第113-119页 |
| 2.5 PEX基因多态性分析 | 第119页 |
| 2.6 PEX6、PEX9、PEX12基因信号肽功能验证 | 第119-120页 |
| 2.7 PEX基因的荧光定位观察 | 第120-123页 |
| 2.8 Pex12在烟草细胞中的定位观察 | 第123-124页 |
| 2.9 Pex6、Pex9、Pex12在烟草中抑制BAX引起的坏死 | 第124-125页 |
| 2.10 PEX6、PEX9、PEX12作为候选无毒基因的功能验证 | 第125-128页 |
| 2.11 Pex12能够抑制水稻中的抗病反应 | 第128-129页 |
| 2.12 PEX12具有有/无的多态性 | 第129-130页 |
| 3 讨论 | 第130-132页 |
| 参考文献 | 第132-136页 |
| 第四章 稻瘟病菌无毒基因AVR-PIT的分子标记定位 | 第136-148页 |
| 1 材料与方法 | 第138-140页 |
| 1.1 供试菌株和水稻品种 | 第138页 |
| 1.2 致病性测定 | 第138页 |
| 1.3 CAPS标记 | 第138-139页 |
| 1.4 遗传连锁图谱构建 | 第139页 |
| 1.5 BAC文库构建与筛选 | 第139页 |
| 1.6 Avr-Pit候选基因预测 | 第139-140页 |
| 1.7 候选基因功能验证 | 第140页 |
| 2 结果分析 | 第140-145页 |
| 2.1 CAPS标记筛选 | 第140-141页 |
| 2.2 Avr-Pit精细图谱构建 | 第141-142页 |
| 2.3 BAC文库构建与筛选 | 第142-144页 |
| 2.4 候选无毒基因预测与功能验证 | 第144-145页 |
| 3 讨论 | 第145-147页 |
| 参考文献 | 第147-148页 |
| 第五章 稻瘟病菌转录因子MOMYB1的功能分析 | 第148-162页 |
| 1 材料与方法 | 第149-151页 |
| 1.1 供试菌株 | 第149页 |
| 1.2 稻瘟病菌DNA、RNA的提取和cDNA的合成 | 第149页 |
| 1.3 酵母互补载体构建和酵母突变体功能互补分析 | 第149页 |
| 1.4 突变体孢子形态观察以及分生孢子梗乳粉棉兰染色 | 第149-150页 |
| 1.5 MoMYB1突变体根部致病性测定 | 第150页 |
| 1.6 MoMyb1亚细胞定位 | 第150页 |
| 1.7 MoMYB1突变体几丁质含量测定 | 第150-151页 |
| 1.8 原生质体释放实验 | 第151页 |
| 2 结果分析 | 第151-158页 |
| 2.1 MoMYB1在分生孢子以及侵染后期上调表达 | 第151-152页 |
| 2.2 MoMYB1敲除突变体丧失产孢能力 | 第152页 |
| 2.3 MoMYB1敲除突变体的致病性 | 第152-154页 |
| 2.4 MoMYB1定位于细胞质 | 第154-155页 |
| 2.5 MoMYB1突变体几丁质含量降低 | 第155-157页 |
| 2.6 MoMYB1影响Hog信号转导途径 | 第157页 |
| 2.7 MoMYB1与产孢相关基因的互作 | 第157-158页 |
| 3 讨论 | 第158-159页 |
| 参考文献 | 第159-162页 |
| 附表1 试验所用部分引物 | 第162-166页 |
| 附表2 水稻中SA、JA、ET信号通路相关基因表达情况列表 | 第166-170页 |
| 附表3 致病相关基因表达模式列表 | 第170-172页 |
| 附表4 细胞转运相关基因表达模式列表 | 第172-174页 |
| 附表5 试验常用培养基 | 第174-178页 |
| 攻读博士学位期间发表的研究论文 | 第178-180页 |
| 本论文创新点 | 第180-182页 |
| 致谢 | 第182页 |
