| 摘要 | 第1-9页 |
| ABSTRACT | 第9-11页 |
| 1 前言 | 第11-20页 |
| ·前人研究进展 | 第11-18页 |
| ·转录组研究概述 | 第11-13页 |
| ·转录组学及转录组概念 | 第11页 |
| ·转录组研究方法 | 第11-13页 |
| ·表达序列标签(EST) | 第12页 |
| ·cDNA-AFLP技术 | 第12页 |
| ·基因芯片 | 第12-13页 |
| ·基因表达序列分析 | 第13页 |
| ·大规模平行测序技术 | 第13页 |
| ·高通量测序技术 | 第13页 |
| ·基于新一代高通量测序技术的转录组测序（RNA-Seq） | 第13-16页 |
| ·新一代高通量测序技术平台 | 第13-14页 |
| ·转录组测序（RNA-Seq） | 第14页 |
| ·RNA-Seq在果树生物学研究中的应用 | 第14-16页 |
| ·序列获得 | 第14-15页 |
| ·基因表达模式分析 | 第15-16页 |
| ·分子标记开发和应用 | 第16页 |
| ·SSR分子标记研究进展 | 第16-18页 |
| ·SSR标记简介 | 第16-17页 |
| ·SSR标记的应用 | 第17-18页 |
| ·遗传连锁图谱的构建 | 第17页 |
| ·种质资源遗传多样性的研究 | 第17页 |
| ·比较作图 | 第17-18页 |
| ·SSR引物的通用性研究 | 第18页 |
| ·刺梨分子标记开发研究进展 | 第18页 |
| ·研究内容及目的意义 | 第18-20页 |
| ·研究的主要内容 | 第18-19页 |
| ·刺梨转录组测序与数据分析 | 第18-19页 |
| ·基于刺梨转录组的EST-SSR标记开发及验证 | 第19页 |
| ·刺梨资源的EST-SSR遗传多样性分析 | 第19页 |
| ·研究的目的意义 | 第19-20页 |
| 2 材料与方法 | 第20-36页 |
| ·试验材料 | 第20-31页 |
| ·转录组测序试材 | 第20页 |
| ·引物筛选试材 | 第20页 |
| ·遗传多样性和核心种质构建试材 | 第20-30页 |
| ·居群遗传结构分析试材 | 第30-31页 |
| ·试验设计与方法 | 第31-34页 |
| ·cDNA文库构建和测序 | 第31页 |
| ·RNA-Seq信息分析 | 第31-32页 |
| ·产量统计 | 第31页 |
| ·de novo组装 | 第31页 |
| ·Unigene的功能注释 | 第31-32页 |
| ·Unigene序列GO分类 | 第32页 |
| ·Unigene序列代谢通路分析 | 第32页 |
| ·预测编码蛋白框（CDS） | 第32页 |
| ·转录组SSR位点鉴别及SSR引物设计 | 第32-33页 |
| ·DNA提取，SSR扩增和检测 | 第33-34页 |
| ·DNA的提取 | 第33-34页 |
| ·SSR扩增 | 第34页 |
| ·电泳检测 | 第34页 |
| ·数据分析 | 第34-36页 |
| 3 结果与分析 | 第36-57页 |
| ·刺梨果实转录组文库测序及分析 | 第36-42页 |
| ·数据产量及组装结果 | 第36-37页 |
| ·Unigene的功能注释 | 第37页 |
| ·Unigene的GO分类 | 第37-39页 |
| ·Unigene的代谢通路分析 | 第39页 |
| ·CDS预测 | 第39-42页 |
| ·果实发育成熟相关的转录调控因子 | 第42页 |
| ·SSR信息分析及分子标记开发 | 第42-47页 |
| ·转录组中SSR的分布及结构特点 | 第42-43页 |
| ·转录组SSR基序重复类型和频率特征 | 第43页 |
| ·EST-SSR引物的有效性及通用性检测 | 第43-45页 |
| ·EST-SSR标记的多态性 | 第45-47页 |
| ·SSR标记在刺梨与蔷薇属种质资源研究中的应用 | 第47-57页 |
| ·SSR扩增结果 | 第47-48页 |
| ·基于SSR标记的蔷薇属种质资源的聚类 | 第48-49页 |
| ·居群遗传多样性 | 第49-51页 |
| ·居群遗传结构 | 第51-52页 |
| ·居群聚类结果 | 第52-54页 |
| ·刺梨核心种质构建 | 第54-57页 |
| 4 讨论与结论 | 第57-64页 |
| ·讨论 | 第57-62页 |
| ·刺梨转录组数据及其生物学信息 | 第57-58页 |
| ·果实发育成熟相关的转录调控因子 | 第58-59页 |
| ·刺梨SSR信息分析及其分子标记开发 | 第59-60页 |
| ·刺梨与蔷薇属种质资源遗传多样性分析 | 第60-61页 |
| ·刺梨野生自然居群遗传结构分析 | 第61-62页 |
| ·刺梨核心种质构建 | 第62页 |
| ·结论 | 第62-64页 |
| 致谢 | 第64-65页 |
| 参考文献 | 第65-73页 |
| 缩略词表 | 第73-74页 |
| 在读硕士期间发表的论文 | 第74-75页 |
| 附录 | 第75-87页 |