| 摘要 | 第1-6页 |
| ABSTRACT | 第6-10页 |
| 引言 | 第10-12页 |
| 第一章 文献综述 | 第12-34页 |
| ·转录调控机制 | 第12-26页 |
| ·编码基因与非编码基因 | 第12-14页 |
| ·核小体的排布对于基因调控的影响 | 第14-17页 |
| ·表观修饰 | 第17-21页 |
| ·DNA甲基化 | 第17-19页 |
| ·核小体修饰 | 第19-21页 |
| ·染色体在细胞核中相对位置 | 第21-24页 |
| ·多层次协同调控 | 第24-26页 |
| ·细胞外环境 | 第24页 |
| ·模式生物基因组功能元件集(modENCODE) | 第24-26页 |
| ·第二代测序技术在研究中的发展和应用 | 第26-34页 |
| ·早期高通量转录组技术回顾 | 第26-27页 |
| ·EST表达序列标签 | 第26页 |
| ·芯片技术 | 第26-27页 |
| ·短标签技术 | 第27页 |
| ·第二代测序技术 | 第27-29页 |
| ·第二代测序技术的应用 | 第29-34页 |
| 第二章 核小体在染色体上非均衡分布对于基因表达调控的作用 | 第34-44页 |
| ·研究背景 | 第34页 |
| ·材料与方法 | 第34-38页 |
| ·材料 | 第34-35页 |
| ·实验方法 | 第35-36页 |
| ·主要试剂及试剂盒 | 第35页 |
| ·实验流程 | 第35-36页 |
| ·分析方法 | 第36-38页 |
| ·研究结果 | 第38-43页 |
| ·测序结果 | 第38页 |
| ·小鼠干细胞、大脑、睾丸的整体分布模式 | 第38-39页 |
| ·核小体密集区(HOG)与贫瘠区(LOG) | 第39-40页 |
| ·HOG与LOG内基因功能 | 第40-41页 |
| ·核小体排布差异区 | 第41-42页 |
| ·基因区域附近的核小体排布 | 第42-43页 |
| ·结果讨论 | 第43-44页 |
| 第三章 核小体排布与转录修复偶联突变 | 第44-56页 |
| ·研究背景 | 第44页 |
| ·数据来源 | 第44页 |
| ·分析方法 | 第44-46页 |
| ·基因表达界定 | 第44-45页 |
| ·功率谱分析 | 第45页 |
| ·数据拟合 | 第45-46页 |
| ·研究结果 | 第46-54页 |
| ·基因表达情况 | 第46-47页 |
| ·基因表达与碱基突变频率的关系 | 第47-48页 |
| ·转录相关突变 | 第48-49页 |
| ·SNP频率沿基因5’→3’衰减 | 第49-50页 |
| ·SNP周期 | 第50-54页 |
| ·结果讨论 | 第54-56页 |
| 第四章 组织特异性基因在人和小鼠基因组中的成簇排布 | 第56-66页 |
| ·研究背景 | 第56页 |
| ·数据与方法 | 第56-57页 |
| ·数据 | 第56-57页 |
| ·研究结果 | 第57-64页 |
| ·组织基因表达情况 | 第57-58页 |
| ·看家基因与组织特异基因 | 第58-60页 |
| ·TS基因的成簇排布 | 第60-63页 |
| ·HK基因簇与TS基因簇的比较 | 第63-64页 |
| ·结果讨论 | 第64-66页 |
| 结论 | 第66-68页 |
| 参考文献 | 第68-78页 |
| 附图 | 第78-84页 |
| 发表文章目录 | 第84-86页 |
| 致谢 | 第86-87页 |