| 摘要 | 第1-9页 |
| ABSTRACT | 第9-16页 |
| 第一章 绪论 | 第16-27页 |
| ·课题的背景及研究的意义 | 第16-19页 |
| ·系统生物学的研究任务 | 第16页 |
| ·蛋白质相互作用的研究意义 | 第16-17页 |
| ·复杂网络理论的研究进展 | 第17页 |
| ·蛋白质相互作用网络的研究 | 第17-18页 |
| ·集成基因表达数据来研究蛋白质相互作用网络 | 第18-19页 |
| ·研究的现状及存在的问题 | 第19-22页 |
| ·蛋白质的度与蛋白质的进化速率之间的关系 | 第19页 |
| ·共表达与蛋白质复合物之间的关系及蛋白质复合物的进化约束 | 第19-20页 |
| ·蛋白质的度与基因重要性之间的关系 | 第20-21页 |
| ·蛋白质相互作用网络的动态模块化组织模式 | 第21-22页 |
| ·论文的主要研究内容、创新点和结构 | 第22-27页 |
| ·论文的主要研究内容 | 第22-24页 |
| ·论文的创新点 | 第24-25页 |
| ·论文的结构 | 第25-27页 |
| 第二章 网络的拓扑概念 | 第27-32页 |
| ·引言 | 第27页 |
| ·网络的拓扑概念 | 第27-32页 |
| ·蛋白质相互作用网络的图表示 | 第27-28页 |
| ·蛋白质的度 | 第28页 |
| ·蛋白质对之间的最短路径长度 | 第28页 |
| ·蛋白质的介数 | 第28页 |
| ·蛋白质的聚集系数 | 第28-29页 |
| ·蛋白质相互作用网络的特征路径长度 | 第29页 |
| ·蛋白质相互作用网络的主成分大小 | 第29页 |
| ·蛋白质相互作用网络的度分布 | 第29页 |
| ·蛋白质相互作用网络的层次化组织结构 | 第29-30页 |
| ·蛋白质相互作用网络的模块化组织结构 | 第30页 |
| ·蛋白质相互作用网络的度相关 | 第30-32页 |
| 第三章 集成基因表达和蛋白质相互作用来理解进化速率 | 第32-71页 |
| ·引言 | 第32-33页 |
| ·材料和方法 | 第33-37页 |
| ·蛋白质相互作用网络数据 | 第33-34页 |
| ·相关性和主成分回归分析所需的数据 | 第34-35页 |
| ·基因表达数据 | 第35页 |
| ·基因共表达网络的构建 | 第35-36页 |
| ·蛋白质的共表达度的定义与蛋白质的分类 | 第36页 |
| ·人的相关数据 | 第36-37页 |
| ·结果和讨论 | 第37-70页 |
| ·有争议的蛋白质的度与蛋白质的进化速率之间的关系 | 第37-44页 |
| ·蛋白质的共表达度比蛋白质的度能更好地预测蛋白质的进化速率 | 第44-51页 |
| ·瞬态的蛋白质相互作用对预测蛋白质的进化速率的影响 | 第51-54页 |
| ·全面研究蛋白质的共表达度和其他基因组变量 | 第54-60页 |
| ·共表达的蛋白质比不共表达的蛋白质进化地较慢 | 第60-64页 |
| ·蛋白质的共表达度能帮助理解结构相互作用网络中蛋白质的进化速率 | 第64-69页 |
| ·蛋白质的共表达度也能更好地预测人的蛋白质的进化速率 | 第69-70页 |
| ·本章小结 | 第70-71页 |
| 第四章 共表达对蛋白质复合物进化的约束 | 第71-83页 |
| ·引言 | 第71页 |
| ·材料和方法 | 第71-72页 |
| ·蛋白质复合物和进化速率数据 | 第71-72页 |
| ·复合物共表达密度的定义和蛋白质复合物的分类 | 第72页 |
| ·结果和讨论 | 第72-81页 |
| ·蛋白质复合物和共表达之间的关系 | 第72-78页 |
| ·共表达的蛋白质复合物中的蛋白质倾向于进化地较慢 | 第78-79页 |
| ·共表达的蛋白质复合物中的蛋白质对倾向于以更相似的速率进化 | 第79-81页 |
| ·本章小结 | 第81-83页 |
| 第五章 细分中心节点来理解基因重要性 | 第83-97页 |
| ·引言 | 第83页 |
| ·材料和方法 | 第83-86页 |
| ·蛋白质相互作用网络和基因重要性数据 | 第83-84页 |
| ·功能模块的获取 | 第84页 |
| ·中心节点的分类 | 第84-86页 |
| ·"Updated-HC"网络模块化的计算 | 第86页 |
| ·功能一致性度量的定义 | 第86页 |
| ·结果和讨论 | 第86-96页 |
| ·"Updated-HC"网络的结构特征 | 第86-87页 |
| ·四类中心节点的拓扑特性 | 第87-90页 |
| ·四类中心节点的功能一致性 | 第90-92页 |
| ·四类中心节点的重要性 | 第92-96页 |
| ·本章小结 | 第96-97页 |
| 第六章 细分中心节点来理解蛋白质的动态模块化组织 | 第97-120页 |
| ·引言 | 第97页 |
| ·材料和方法 | 第97-100页 |
| ·蛋白质相互作用网络数据 | 第97-98页 |
| ·蛋白质复合物数据 | 第98页 |
| ·中心节点的分类 | 第98-100页 |
| ·蛋白质相互作用网络的可视化 | 第100页 |
| ·结果和讨论 | 第100-118页 |
| ·把中心节点分为date和party中心节点可能存在的缺陷 | 第100-102页 |
| ·"Updated-HC"网络的组织结构 | 第102-109页 |
| ·四类中心节点的拓扑特性 | 第109-110页 |
| ·四类中心节点的度相关 | 第110-113页 |
| ·四类中心节点的移除所产生的影响 | 第113-114页 |
| ·四类中心节点的功能一致性 | 第114-116页 |
| ·四类中心节点与单界面和多界面中心节点的对应关系 | 第116-117页 |
| ·本章四类中心节点与第五章四类中心节点的对应关系 | 第117-118页 |
| ·本章小结 | 第118-120页 |
| 第七章 全文总结 | 第120-124页 |
| ·主要结论 | 第120-121页 |
| ·研究展望 | 第121-124页 |
| 参考文献 | 第124-134页 |
| 附录一 中英文短语对照表 | 第134-139页 |
| 附录二 英中文短语对照表 | 第139-144页 |
| 附录三 英文短语缩写对照表 | 第144-146页 |
| 攻读博士学位期间已发表或录用的论文 | 第146-147页 |
| 致谢 | 第147页 |
