| 摘要 | 第1-6页 |
| Abstract | 第6-13页 |
| 第1章 绪论 | 第13-27页 |
| ·蛋白质折叠问题 | 第13-14页 |
| ·蛋白质折叠能量地貌理论 | 第14-17页 |
| ·蛋白质结合问题 | 第17-20页 |
| ·蛋白质柔性结合的能量地貌理论 | 第20-21页 |
| ·分子动力学模拟 | 第21-25页 |
| ·分子动力学模拟基础 | 第21-23页 |
| ·基于结构的粗粒化模型 | 第23-25页 |
| ·论文的选题和意义 | 第25-27页 |
| 第2章 漏斗状能量地貌的拓扑结构决定着蛋白质折叠的热力学和动力学 | 第27-51页 |
| ·引言 | 第27-28页 |
| ·折叠理论 | 第27-28页 |
| ·研究思路 | 第28页 |
| ·模型和方法 | 第28-38页 |
| ·基于结构的不包含能量阻挫的模型 | 第28-29页 |
| ·模拟方法 | 第29-31页 |
| ·计算折叠温度（folding temperature）和玻璃态转变温度（glass transition temperature） | 第31-33页 |
| ·基于结构的包含能量阻挫的模型 | 第33-34页 |
| ·折叠序参量和动力学温度的选择 | 第34-35页 |
| ·模拟中蛋白质的选择 | 第35-37页 |
| ·温度对蛋白质折叠速率的影响 | 第37-38页 |
| ·结果和讨论 | 第38-48页 |
| ·态密度和蛋白质折叠的能量地貌 | 第38-39页 |
| ·能量漏斗的大小，倾斜度和粗糙度 | 第39-42页 |
| ·蛋白质折叠的自由能 | 第42-44页 |
| ·能量地貌的拓扑结构决定着折叠的热力学 | 第44-45页 |
| ·能量地貌的拓扑结构决定着折叠的动力学 | 第45-48页 |
| ·结论 | 第48-51页 |
| 第3章 量化柔性分子识别內禀能量地貌的拓扑结构 | 第51-81页 |
| ·引言 | 第51-54页 |
| ·识别机制 | 第51-52页 |
| ·识别能量地貌理论 | 第52-53页 |
| ·研究思路 | 第53-54页 |
| ·模型和方法 | 第54-65页 |
| ·模型 | 第54页 |
| ·模拟方法 | 第54-60页 |
| ·结合-折叠的热力学温度 | 第60-61页 |
| ·模拟中同源二聚体的选择 | 第61-63页 |
| ·相关术语 | 第63-65页 |
| ·结果和讨论 | 第65-73页 |
| ·量化內禀能量地貌 | 第65-68页 |
| ·全局结合-折叠能量地貌 | 第66-67页 |
| ·个体有效结合和折叠能量地貌 | 第67-68页 |
| ·有效的內禀能量地貌的拓扑形状控制着分子识别的机制 | 第68-71页 |
| ·非天然相互作用通过內禀能量地貌调节着结合和折叠的相互关系 | 第71-73页 |
| ·总体全局的能量地貌的拓扑结构决定着结合-折叠的热力学和动力学 | 第73-75页 |
| ·依赖温度的结合-折叠动力学是內禀能量地貌的反映 | 第75-77页 |
| ·结论 | 第77-81页 |
| 第4章 静电相互作用在组蛋白伴侣 Chz1 与其目标组蛋白H2A.Z-H2B 结合中的重要性研究 | 第81-107页 |
| ·引言 | 第81-83页 |
| ·研究体系 | 第81-82页 |
| ·研究思路 | 第82-83页 |
| ·模型和方法 | 第83-90页 |
| ·基于结构的粗粒化模型 | 第83-86页 |
| ·模拟细节 | 第86页 |
| ·Chz.core-H2A.Z-H2B 的序列信息 | 第86-87页 |
| ·结合过程中的温度效应 | 第87-90页 |
| ·结果和讨论 | 第90-103页 |
| ·Chz.core 在结合过程中发生无序到有序的转变 | 第90-91页 |
| ·限速（rate-limiting）步的过渡态发生在早期的结合过程中 | 第91-94页 |
| ·Chz.core 通过两条平行路径发生结合 | 第94-98页 |
| ·动力学依赖于盐浓度 | 第98-101页 |
| ·坍缩降低了结合速率 | 第101-103页 |
| ·结论 | 第103-107页 |
| 第5章 总结与展望 | 第107-111页 |
| 参考文献 | 第111-139页 |
| 作者简介 | 第139-141页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文与研究成果 | 第141-143页 |
| 致谢 | 第143页 |
