| 致谢 | 第1-6页 |
| 摘要 | 第6-9页 |
| ABSTRACT | 第9-16页 |
| 第1章 综述 | 第16-36页 |
| 1. 生物逆境进化 | 第16页 |
| 2. 牡蛎“Crazy” ? | 第16-18页 |
| ·潮间带生境 | 第16-18页 |
| ·长牡蛎进化出了对逆境较强的适应能力 | 第18页 |
| 3. 生物的应激防御系统 | 第18-27页 |
| ·生物应激反应机制 | 第19-21页 |
| ·胞内应激网络 | 第21-26页 |
| ·应激反应中 mRNA 的生物合成降解调控 | 第26-27页 |
| 4. 生态基因组学的研究进展 | 第27-31页 |
| ·组学在海洋生态学中的应用 | 第28-29页 |
| ·防御系统基因的组学研究进展 | 第29-31页 |
| 5. 长牡蛎基因组测序、比较基因组学和转录组学研究 | 第31-34页 |
| ·为什么要启动长牡蛎基因组测序项目？ | 第31-33页 |
| ·长牡蛎基因组序列的获得 | 第33-34页 |
| ·长牡蛎的组学研究 | 第34页 |
| 6. 本研究的意义和目的 | 第34-36页 |
| ·长牡蛎适应潮间带生活的基因组序列特点 | 第35页 |
| ·长牡蛎胁迫条件下的基因表达变化 | 第35-36页 |
| 第2章 长牡蛎基因组进化与应激调控基因 | 第36-52页 |
| 1. 前言 | 第36-37页 |
| 2. 材料与方法 | 第37-39页 |
| ·长牡蛎基因家族分析 | 第37-38页 |
| ·长牡蛎基因复制机制的研究 | 第38页 |
| ·抗性基因年龄偏向性分析 | 第38-39页 |
| ·功能分化 | 第39页 |
| 3. 结果与分析 | 第39-48页 |
| ·抗性基因的扩张 | 第39-42页 |
| ·应激调控基因的年龄分析 | 第42-45页 |
| ·应激调控基因倾向于复制而来 | 第45-48页 |
| ·倍增基因的表达分化 | 第48页 |
| 4. 讨论与结论 | 第48-52页 |
| 第3章 长牡蛎全基因组防御系统基因的比较分析 | 第52-61页 |
| 1. 前言 | 第52页 |
| 2. 材料与方法 | 第52-53页 |
| ·各物种基因集来源 | 第52页 |
| ·基因预测 | 第52-53页 |
| 3. 结果与讨论 | 第53-60页 |
| ·长牡蛎防御系统相关基因的鉴定 | 第53-55页 |
| ·Scaffold 分布和进化分析 | 第55-56页 |
| ·胞内应激防御网络 | 第56-60页 |
| 4. 小结和展望 | 第60-61页 |
| 第4章 基于 RNA-seq 的胁迫转录组分析 | 第61-99页 |
| 1. 前言 | 第61页 |
| 2. 材料与方法 | 第61-70页 |
| ·样品收集 | 第61-64页 |
| ·RNA 提取 | 第64-65页 |
| ·转录组测序 | 第65-66页 |
| ·读段定位和 RPKM 计算 | 第66页 |
| ·差异基因的筛选和功能富集 | 第66-67页 |
| ·差异基因的筛选 | 第67-70页 |
| ·聚类分析 | 第70页 |
| 3. 结果与讨论 | 第70-97页 |
| ·胁迫表达谱的总体分析 | 第70-77页 |
| ·温度胁迫长牡蛎全基因组应答研究 | 第77-83页 |
| ·盐度胁迫长牡蛎全基因组应答研究 | 第83-89页 |
| ·重金属胁迫长牡蛎全基因组应答研究 | 第89-92页 |
| ·病原诱导长牡蛎全基因组应答研究 | 第92-93页 |
| ·干露胁迫长牡蛎全基因组应答研究 | 第93-97页 |
| 4. 小结和展望 | 第97-99页 |
| 第5章 TLR 基因的克隆，诱导表达和 TLR 通路的比较分析 | 第99-126页 |
| 前言 | 第99页 |
| 1. 材料与方法 | 第99-111页 |
| ·牡蛎总 RNA 的提取和 cDNA 第条链的合成 | 第99-102页 |
| ·关键基因全长的获得 | 第102-108页 |
| ·内含子-外显子结构分析 | 第108-109页 |
| ·组织分布和诱导表达分析 | 第109-111页 |
| 2. 结果与分析 | 第111-122页 |
| ·TLR 全长和预测氨基酸 | 第111-115页 |
| ·CgToll-1 的基因组序列 | 第115页 |
| ·CgToll-1 的组织特异性表达 | 第115-116页 |
| ·CgToll-1 的弧菌诱导表达 | 第116页 |
| ·TLR 通路关键基因的进化树构建 | 第116-120页 |
| ·蛋白相似性比较 | 第120页 |
| ·密码子使用偏好性 | 第120-122页 |
| 3. 讨论与结论 | 第122-126页 |
| 第6章 长牡蛎凋亡通路基因的结构和诱导表达模式 | 第126-143页 |
| 1. 前言 | 第126-127页 |
| 2. 材料与方法 | 第127页 |
| ·牡蛎总 RNA 的提取和 cDNA 第条链的合成 | 第127页 |
| ·关键基因全长的获得 | 第127页 |
| ·内含子-外显子结构分析 | 第127页 |
| ·诱导表达分析 | 第127页 |
| 3. 结果与分析 | 第127-140页 |
| ·牡蛎 EST 库凋亡系统典型结构域分析 | 第127-130页 |
| ·牡蛎基因组凋亡系统典型基因分析 | 第130页 |
| ·凋亡抑制蛋白的组织和胁迫表达模式 | 第130-133页 |
| ·四个凋亡关键基因的克隆和序列分析 | 第133-138页 |
| ·四个关键基因的基因组结构分析 | 第138-139页 |
| ·四个关键基因的诱导表达模式分析 | 第139-140页 |
| 4. 讨论与结论 | 第140-143页 |
| 第7章 总结与展望 | 第143-145页 |
| 参考文献 | 第145-153页 |
| 附录 I | 第153-155页 |
| 附录 II | 第155-156页 |
| 作者简介与攻读学位期间博士期间完成和发表的论文 | 第156-158页 |
