| 摘要 | 第1-6页 |
| Abstract | 第6-10页 |
| 第1章 绪论 | 第10-22页 |
| ·蛋白质序列与结构关系概述 | 第10-12页 |
| ·序列与结构关系的研究现状 | 第12-19页 |
| ·蛋白质结构预测的方法和问题 | 第12-14页 |
| ·蛋白质折叠问题的理论研究 | 第14-17页 |
| ·蛋白质热稳定性研究 | 第17-19页 |
| ·序列与结构关系研究存在的问题 | 第19-21页 |
| ·序列与结构关系的隐式和显式研究 | 第21页 |
| ·课题来源 | 第21-22页 |
| 第2章 构建结构类特异的矩阵 | 第22-36页 |
| ·摘要 | 第22页 |
| ·引言 | 第22-23页 |
| ·材料和方法 | 第23-26页 |
| ·类特异矩阵的训练数据集 | 第23-24页 |
| ·BAliBASE测试集 | 第24页 |
| ·矩阵的计算 | 第24-25页 |
| ·性能检验 | 第25-26页 |
| ·结果 | 第26-33页 |
| ·类特异的矩阵 | 第26页 |
| ·类特异矩阵的测试 | 第26-29页 |
| ·空位罚分在比对性能中的效果 | 第29-31页 |
| ·类特异矩阵的应用 | 第31-33页 |
| ·讨论 | 第33-34页 |
| ·小结 | 第34-36页 |
| 第3章 蛋白质氨基酸取代模式 | 第36-50页 |
| ·摘要 | 第36页 |
| ·引言 | 第36-37页 |
| ·材料和方法 | 第37-38页 |
| ·构建氨基酸打分矩阵 | 第37页 |
| ·依据矩阵元素值的氨基酸聚类 | 第37-38页 |
| ·不同二级结构特异矩阵的符号矩阵比较 | 第38页 |
| ·结果 | 第38-46页 |
| ·不同蛋白类型的氨基酸取代模式 | 第38-43页 |
| ·不同蛋白类型取代模式的相容性 | 第43-46页 |
| ·讨论 | 第46-47页 |
| ·小结 | 第47-50页 |
| 第4章 蛋白质家族序列的耦联性 | 第50-84页 |
| ·摘要 | 第50页 |
| ·引言 | 第50-51页 |
| ·材料和方法 | 第51-56页 |
| ·SH3 和Homeodomain结构域多序列比对数据选取 | 第51-53页 |
| ·统计耦联分析方法 | 第53-56页 |
| ·统计耦联分析结果的聚类重排 | 第56页 |
| ·结果和讨论 | 第56-81页 |
| ·多序列比对数据集 | 第56-57页 |
| ·SH3 多序列比对的保守性 | 第57-59页 |
| ·SH3 多序列比对的耦联性 | 第59-69页 |
| ·SH3 耦联分析结果讨论 | 第69-71页 |
| ·Homeodomain多序列比对的保守性 | 第71页 |
| ·Homeodomain多序列比对的耦联性 | 第71-80页 |
| ·Homeodomain耦联分析结果讨论 | 第80-81页 |
| ·小结 | 第81-84页 |
| 结论 | 第84-86页 |
| 参考文献 | 第86-96页 |
| 附录A | 第96-102页 |
| 附录B | 第102-114页 |
| 附录C | 第114-136页 |
| 攻读博士学位期间所发表的学术论文 | 第136-138页 |
| 致谢 | 第138页 |