| 摘要 | 第1-7页 |
| ABSTRACT | 第7-11页 |
| 第一章 前言 | 第11-27页 |
| ·深海微生物研究进展 | 第11-17页 |
| ·深部生物圈的发现历程 | 第11-12页 |
| ·深海微生物的数量分布特征 | 第12-13页 |
| ·深海微生物的多样性 | 第13-15页 |
| ·深海微生物的能量来源 | 第15-17页 |
| ·深海微生物生态 | 第17-22页 |
| ·冷泉微生物生态 | 第17-21页 |
| ·深海热液区微生物生态 | 第21-22页 |
| ·微生物分子生态研究方法 | 第22-25页 |
| ·环境样品中核酸的直接提取 | 第22-23页 |
| ·宏基因组学 | 第23页 |
| ·宏基因组大片段文库的构建 | 第23-24页 |
| ·基于 PCR 的方法分析微生物群落结构 | 第24页 |
| ·微生物定量技术 | 第24-25页 |
| ·本研究的目的、思路和意义 | 第25-27页 |
| 第二章 材料与方法 | 第27-37页 |
| ·样品和实验材料 | 第27-30页 |
| ·样品采集区概况 | 第27-28页 |
| ·主要试剂 | 第28页 |
| ·PCR 引物 | 第28-29页 |
| ·主要仪器 | 第29-30页 |
| ·常用溶液的配置 | 第30页 |
| ·序列分析软件及网站 | 第30页 |
| ·基本方法 | 第30-37页 |
| ·环境样品总 DNA 的提取 | 第30-31页 |
| ·脉冲电泳 | 第31页 |
| ·低熔点琼脂糖回收 DNA | 第31-32页 |
| ·Fosmid 文库构建 | 第32-34页 |
| ·Fosmid 质粒的提取 | 第34页 |
| ·PCR 产物的纯化 | 第34-35页 |
| ·连接反应 | 第35页 |
| ·菌落 PCR | 第35-36页 |
| ·实时荧光定量 PCR（Real Time PCR） | 第36-37页 |
| 第三章 泥火山富集物宏基因组文库构建及微生物的代谢途径分析的研究 | 第37-72页 |
| ·样品采集与富集 | 第37页 |
| ·Fosmid 文库构建 | 第37-40页 |
| ·Fosmid 文库筛选与测序 | 第40-43页 |
| ·古菌 16S rRNA 基因 | 第40-41页 |
| ·AOM 途径中的功能基因 | 第41-43页 |
| ·MBGD 片段 6A10 的分析 | 第43-50页 |
| ·6A10 插入片段基因组注释 | 第43-47页 |
| ·6A10 插入片段 DNA 代谢分析 | 第47页 |
| ·6A10 插入片段异戊烯基化合物代谢分析 | 第47-50页 |
| ·ANME-2a 类群 fosmid 分析 | 第50-67页 |
| ·Fosmid 测序结果和基因组注释 | 第50-57页 |
| ·Fosmid 中甲烷代谢基因的 BlastP 分析 | 第57-58页 |
| ·ANME-1 和 ANME-2a 中甲烷代谢基因的进化与比较分析 | 第58-67页 |
| ·讨论 | 第67-72页 |
| ·Fosmid 文库的构建 | 第67-68页 |
| ·Fosmid 文库的筛选和测序 | 第68页 |
| ·MBGD 基因组片段信息 | 第68-70页 |
| ·ANME-1 和 ANME-2a 中甲烷代谢基因的进化与比较分析 | 第70-72页 |
| 第四章 瓜伊马斯深海热液口古菌多样性研究 | 第72-81页 |
| ·样品采集位点 | 第72页 |
| ·古菌的定量 | 第72-73页 |
| ·古菌 16S rRNA 基因文库分析 | 第73页 |
| ·古菌 16S rRNA 基因多样性 | 第73-79页 |
| ·泉古菌 16S rRNA 基因多样性 | 第74-75页 |
| ·MCG 古菌 16S rRNA 基因多样性 | 第75-77页 |
| ·广古菌 16S rRNA 基因多样性 | 第77-79页 |
| ·讨论 | 第79-81页 |
| 第五章 展望 | 第81-82页 |
| 参考文献 | 第82-92页 |
| 致谢 | 第92-93页 |
| 攻读硕士学位期间已发表或录用的论文 | 第93页 |
