| 摘要 | 第1-7页 |
| ABSTRACT | 第7-16页 |
| 导言：干细胞基因组学——基因组舞台上发育与进化的关联 | 第16-58页 |
| ·干细胞生物学中的基本概念和关键问题 | 第16-21页 |
| ·干细胞基因组学：基因组尺度上的干细胞研究 | 第21-22页 |
| ·基因组尺度上的“标准问题”：干细胞表达谱的高通量分析 | 第22-27页 |
| ·基因组尺度上的“条件问题”：干细胞分化过程中染色质变构研究 | 第27-32页 |
| ·总结：在基因组尺度上研究干细胞的问题：考虑结构属性 | 第32-34页 |
| ·基因组学：进化的舞台 | 第34-36页 |
| ·发育对进化研究的贡献 | 第36页 |
| ·干细胞基因组学：以干细胞分化系统为模型的基因组学研究 | 第36-37页 |
| ·本文采用的干细胞分化模型 | 第37-38页 |
| ·在干细胞分化模型中定义“与发育阶段相关的基因表达模式”和“发育阶段相关基因” | 第38-40页 |
| ·本文的结构组织 | 第40-41页 |
| 表格 | 第41-42页 |
| 图板 | 第42-45页 |
| 参考文献 | 第45-58页 |
| 第一章：发育阶段相关基因的分子特征 | 第58-140页 |
| ·科学问题：与发育相关的基因表达模式与基因分子特征的关系 | 第58-59页 |
| ·研究背景：哺乳动物的密码子偏好 | 第59-63页 |
| ·实验设计：我们的研究策略和本章的组织结构 | 第63-64页 |
| ·材料和方法 | 第64-71页 |
| ·干细胞分化模型中基因表达量与密码子偏好的相关性 | 第71-75页 |
| ·干细胞分化模型中基因富集度与密码子偏好的相关性 | 第75-79页 |
| ·密码子偏好机制的“细胞力”模型 | 第79-90页 |
| ·发育阶段相关的基因表达模式与每一个同义密码子RSCU 的关联 | 第90-93页 |
| ·干细胞分化模型对于密码子偏好分析的重要性 | 第93-96页 |
| ·干细胞在进化中的特殊地位初探 | 第96-98页 |
| ·本章总结 | 第98-99页 |
| 表格 | 第99-130页 |
| 图板 | 第130-133页 |
| 参考文献 | 第133-140页 |
| 第二章：发育阶段相关基因的基因组特征 | 第140-214页 |
| ·科学问题：发育阶段相关基因的基因组组分和基因组排布 | 第140-141页 |
| ·研究背景：哺乳动物基因组的结构特征和基因排布模式 | 第141-151页 |
| ·实验设计：我们的研究策略和本章的组织结构 | 第151-152页 |
| ·材料和方法 | 第152-155页 |
| ·发育阶段相关基因所在基因组区域的GC 含量 | 第155-156页 |
| ·发育阶段相关基因同Isochore 的关系 | 第156-158页 |
| ·发育阶段相关基因在染色体间的分布 | 第158-161页 |
| ·发育阶段相关基因在染色体上的成簇分布 | 第161-164页 |
| ·成簇分布基因与非成簇基因在分子特征上的差异 | 第164-165页 |
| ·分析发育阶段相关的基因组排布特征对于理解干细胞分化的帮助 | 第165-166页 |
| ·本章小结 | 第166-167页 |
| 表格 | 第167-205页 |
| 图板 | 第205-206页 |
| 参考文献 | 第206-214页 |
| 第三章：发育阶段相关基因的起源和进化 | 第214-302页 |
| ·科学问题：发育阶段相关基因的年龄和其分子特征的进化 | 第214-216页 |
| ·研究背景：哺乳动物基因的年龄和进化速率 | 第216-227页 |
| ·实验设计：我们的研究策略和本章的组织结构 | 第227-229页 |
| ·材料和方法 | 第229-230页 |
| ·发育阶段相关基因的替代率研究 | 第230-234页 |
| ·发育阶段相关基因分子特征的起源和进化 | 第234-242页 |
| ·发育阶段相关基因的起源和进化 | 第242-254页 |
| ·宏观的分析：发育阶段相关基因的变迁 | 第254-256页 |
| ·本章总结 | 第256-257页 |
| 表格 | 第257-294页 |
| 图板 | 第294-295页 |
| 参考文献 | 第295-302页 |
| 第四章：胰腺前体细胞的鉴定和对干细胞基因组学理论框架的验证 | 第302-372页 |
| ·科学问题 | 第302-304页 |
| ·研究背景：胰腺中的前体细胞 | 第304-314页 |
| ·实验设计：我们的研究策略和本章的组织结构 | 第314-316页 |
| ·材料和方法 | 第316-324页 |
| ·胰腺前体细胞基本研究模型的建立 | 第324-328页 |
| ·基本信号通路的初步分析 | 第328-330页 |
| ·应用外标记策略研究成体胰腺前体细胞的分子标志 | 第330-331页 |
| ·内标记策略 | 第331-333页 |
| ·芯片分析数据的获取和质量评估 | 第333-335页 |
| ·在胰腺前体细胞—胰岛分化对中研究与发育阶段相关的密码子偏好 | 第335-338页 |
| ·在胰腺前体细胞—胰岛分化对中研究发育阶段相关基因的基因组学特征 | 第338-340页 |
| ·在胰腺前体细胞—胰岛分化对中研究发育阶段相关基因的起源进化 | 第340-343页 |
| ·本章总结 | 第343-344页 |
| 表格 | 第344-352页 |
| 图版 | 第352-364页 |
| 参考文献 | 第364-372页 |
| 主要缩写词和定义 | 第372-374页 |
| 表格总目录 | 第374-377页 |
| 图片总目录 | 第377-380页 |
| 附录:数据处理流程对于密码子偏好分析的影响 | 第380-384页 |
| 攻读学位期间论文发表情况 | 第384-385页 |
| 致谢 | 第385-387页 |
