| 中文摘要 | 第1-3页 |
| Abstract | 第3-6页 |
| 第一章 文献综述 | 第6-20页 |
| ·后基因组时代的代谢工程 | 第6-8页 |
| ·FBA 概述 | 第8-13页 |
| ·FBA 基本概念 | 第8-9页 |
| ·FBA 在理解微生物表型中的应用 | 第9-11页 |
| ·FBA 在代谢工程中的应用 | 第11-13页 |
| ·代谢途径分析 | 第13-18页 |
| ·代谢途径分析与通量平衡分析之间的关系 | 第13-14页 |
| ·基元通量模式和极端途径的概念及其应用 | 第14-15页 |
| ·途径分析目前面临的计算问题以及解决方法 | 第15-16页 |
| ·途径分析目前面临的应用问题以及解决方法 | 第16-18页 |
| ·本文拟解决的问题 | 第18-20页 |
| ·基于 FBA 的菌种改良方法 | 第18-19页 |
| ·使用基元模式的概念理解代谢通量分布 | 第19-20页 |
| 第二章 大肠杆菌代谢网络的途径优化 | 第20-33页 |
| ·大肠杆菌的代谢网络 | 第20-22页 |
| ·网络模型的特点 | 第20-21页 |
| ·网络模型对应的计量学模型 | 第21-22页 |
| ·单途径失活的模拟 | 第22-24页 |
| ·单途径通量增大的模拟 | 第24-27页 |
| ·途径抑制的组合模拟 | 第27-31页 |
| ·双途径抑制的组合模拟 | 第27-30页 |
| ·途径三重抑制的组合模拟 | 第30-31页 |
| ·本章小结 | 第31-33页 |
| 第三章 利用 FBA 识别大肠杆菌生产琥珀酸的关键基因 | 第33-41页 |
| ·问题的提出 | 第33-35页 |
| ·大肠杆菌“基因-代谢反应”关系模型的初步建立 | 第35-37页 |
| ·单基因敲除和表达的模拟 | 第37-38页 |
| ·单基因的敲除模拟 | 第37页 |
| ·单基因的表达模拟 | 第37-38页 |
| ·结果与讨论 | 第38-40页 |
| ·本章小节 | 第40-41页 |
| 第四章 使用基元模式的概念理解大肠杆菌的代谢通量分布 | 第41-56页 |
| ·问题的提出 | 第41-42页 |
| ·实验模型及数据 | 第42-46页 |
| ·使用的模型 | 第42-44页 |
| ·所使用的代谢通量分布数据 | 第44-46页 |
| ·基元模式的计算 | 第46页 |
| ·通量拟合的计算方法及结果 | 第46-51页 |
| ·使用基元模式子集重构通量 | 第46-47页 |
| ·计算RE(k)和N(k) | 第47-48页 |
| ·RE(k)和N(k)随k 的分布情况 | 第48-51页 |
| ·寻找“最适基元集” | 第51-54页 |
| ·计算方法 | 第51页 |
| ·结果统计 | 第51-53页 |
| ·结果分析 | 第53-54页 |
| ·小结与讨论 | 第54-56页 |
| ·小结 | 第54页 |
| ·讨论 | 第54-56页 |
| 第五章 结论与展望 | 第56-58页 |
| ·结论 | 第56-57页 |
| ·展望 | 第57-58页 |
| 参考文献 | 第58-62页 |
| 论文发表 | 第62-63页 |
| 附录 | 第63-77页 |
| 致谢 | 第77页 |