生物序列中功能元件识别与发现
| 摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 第一章 绪论 | 第8-13页 |
| ·引言 | 第8-11页 |
| ·生物信息学简介 | 第8-10页 |
| ·研究背景 | 第10-11页 |
| ·论文的主要工作 | 第11页 |
| ·论文的结构 | 第11-13页 |
| 第二章 基因组和基因的表达与调控 | 第13-20页 |
| ·基因组和DNA | 第13-15页 |
| ·核苷酸 | 第13页 |
| ·DNA 的结构 | 第13-15页 |
| ·基因的表达和调控 | 第15-18页 |
| ·转录 | 第15-17页 |
| ·调控 | 第17-18页 |
| ·小结 | 第18-20页 |
| 第三章 数据库与大肠杆菌启动子的序列特征 | 第20-27页 |
| ·生物信息学中的数据库 | 第20-21页 |
| ·EMBL 和GenBank 数据库格式 | 第21页 |
| ·大肠杆菌启动子序列数据库 | 第21-22页 |
| ·序列数据集的选择 | 第22-23页 |
| ·大肠杆菌启动子的序列特征 | 第23-24页 |
| ·大肠杆菌启动子识别的研究现状 | 第24-26页 |
| ·隐马尔可夫模型在大肠杆菌启动子识别中的应用 | 第24页 |
| ·遗传算法在大肠杆菌启动子识别中的应用 | 第24-25页 |
| ·人工神经网络在大肠杆菌启动子识别中的应用 | 第25页 |
| ·其他方法在大肠杆菌启动子识别中的应用 | 第25-26页 |
| ·小结 | 第26-27页 |
| 第四章 大肠杆菌启动子的识别 | 第27-41页 |
| ·大肠杆菌启动子序列的词频分析 | 第27-29页 |
| ·核心区域在启动子识别中的作用 | 第29-34页 |
| ·保守序列的序列概率模型 | 第30-31页 |
| ·HMM 的应用 | 第31-34页 |
| ·分类器的设计 | 第34-35页 |
| ·启动子的识别结果 | 第35-39页 |
| ·非编码区结果 | 第36页 |
| ·编码区结果 | 第36-38页 |
| ·与其他方法的比较 | 第38-39页 |
| ·小结 | 第39-41页 |
| 第五章 DNA 序列中的模式发现 | 第41-57页 |
| ·模式发现问题概述 | 第41-44页 |
| ·单一模式发现问题介绍 | 第41-43页 |
| ·组合模式发现问题介绍 | 第43-44页 |
| ·模式发现的方法 | 第44-51页 |
| ·单一模式发现问题的描述 | 第44页 |
| ·模式发现到搜索图的构造 | 第44-45页 |
| ·信号相容性条件 | 第45-48页 |
| ·算法实现 | 第48-51页 |
| ·二元组合模式的发现 | 第51页 |
| ·算法测试 | 第51-56页 |
| ·仿真数据测试 | 第51-53页 |
| ·生物数据测试 | 第53-54页 |
| ·结果和讨论 | 第54-56页 |
| ·小结 | 第56-57页 |
| 第六章 总结和展望 | 第57-59页 |
| ·全文总结 | 第57-58页 |
| ·展望 | 第58-59页 |
| 致谢 | 第59-60页 |
| 参考文献 | 第60-62页 |
