| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-12页 |
| 第1章 绪论 | 第12-47页 |
| ·引言 | 第12-16页 |
| ·相关工作 | 第16-45页 |
| ·蛋白质结构体系与三维结构计算模型 | 第16-22页 |
| ·层次结构体系 | 第16-17页 |
| ·三维结构计算模型 | 第17-22页 |
| ·蛋白质三维结构的直接获取 | 第22-23页 |
| ·蛋白质三维结构数据资源 | 第23-27页 |
| ·蛋白质三维结构预测 | 第27-28页 |
| ·结构基因组计划 | 第28-29页 |
| ·蛋白质结构特征的自动分析技术 | 第29-45页 |
| ·一级结构的序列相似性 | 第29-30页 |
| ·规则二级结构的自动检测 | 第30-31页 |
| ·三级结构的结构域认定 | 第31-34页 |
| ·四级结构的特征分析 | 第34-36页 |
| ·三维结构的相似性比较 | 第36-44页 |
| ·小结 | 第44-45页 |
| ·本文主要内容和组织结构 | 第45-47页 |
| 第2章 蛋白质三维结构相似性的高效检索 | 第47-62页 |
| ·问题的提出 | 第47-49页 |
| ·基于Cα骨架分布的三维结构相似性快速检索 | 第49-58页 |
| ·多准则快速相似性检索模型 | 第50-51页 |
| ·准则R_1:Cα骨架在空间走向分布的一致性 | 第51-54页 |
| ·准则R_2:Cα-Cα原子间距离信息分布的一致性 | 第54-55页 |
| ·准则R_3:Ca-Ca原子间距离矩阵径向分布的一致性 | 第55-58页 |
| ·实验与比较 | 第58-60页 |
| ·实验1:三种相似性准则对检索空间的收敛对比 | 第58-59页 |
| ·实验2:蛋白质全库查询测试 | 第59-60页 |
| ·实验3:与现有基于特征分布的相似性检索方法的比较 | 第60页 |
| ·本章总结 | 第60-62页 |
| 第3章 基于四级结构旋转对称特征的空间分布相似性 | 第62-98页 |
| ·现有四级结构的对称特征计算 | 第62-63页 |
| ·四级结构空间分布对称特征检测 | 第63-90页 |
| ·基本概念与思路 | 第63-68页 |
| ·概念简介 | 第63-66页 |
| ·基本思考 | 第66-68页 |
| ·对称主轴的存在性判定与原子主要分布方向 | 第68-69页 |
| ·四级结构的子结构分类 | 第69-71页 |
| ·基本结构簇的对称特征检测 | 第71-88页 |
| ·C_n循环对称 | 第73-79页 |
| ·D_n二面体对称 | 第79-83页 |
| ·正多面体对称 | 第83-88页 |
| ·复合结构簇的对称特征检测 | 第88-90页 |
| ·复合结构簇的C_n循环对称 | 第88-89页 |
| ·复合结构簇的D_n二面体对称 | 第89-90页 |
| ·基于对称特征的四级结构相似性 | 第90-93页 |
| ·四级结构的全局对称特征量 | 第90-93页 |
| ·全局C_n循环对称 | 第90-91页 |
| ·全局D_n二面体对称 | 第91-92页 |
| ·全局正多面体对称 | 第92-93页 |
| ·四级结构的相似性度量 | 第93页 |
| ·实验结果与讨论 | 第93-96页 |
| ·本章总结 | 第96-98页 |
| 第4章 笼型结构蛋白质的自动识别 | 第98-114页 |
| ·问题的提出 | 第98-99页 |
| ·蛋白质的空穴与笼型结构 | 第99-100页 |
| ·蛋白质的空穴与笼型结构蛋白质的自动识别 | 第100-111页 |
| ·现有蛋白质分子的表面计算与空穴获取 | 第101页 |
| ·蛋白质分子离散模型的构建 | 第101-103页 |
| ·基于数字拓扑技术的笼型结构蛋白质检测 | 第103-111页 |
| ·封闭笼型结构的判定 | 第104-107页 |
| ·开口笼型结构的检测 | 第107-111页 |
| ·实现与结果 | 第111-113页 |
| ·本章总结 | 第113-114页 |
| 第5章 总结与展望 | 第114-117页 |
| ·本文工作总结 | 第114-115页 |
| ·未来研究展望 | 第115-117页 |
| 参考文献 | 第117-126页 |
| 攻读博士学位期间的主要成果 | 第126-127页 |
| 致谢 | 第127-129页 |
| 附件 彩图汇总 | 第129-130页 |
