| 摘要 | 第1-8页 |
| Abstract | 第8-12页 |
| 英文缩略表 | 第12-13页 |
| 第一章 前言 | 第13-25页 |
| ·自然界中的RNA | 第13-14页 |
| ·实验方法测定分子高级结构的现状 | 第14-15页 |
| ·RNA 二级结构预测算法的研究现状 | 第15-23页 |
| ·比较分析法 | 第16页 |
| ·最小自由能法 | 第16-17页 |
| ·启发式算法 | 第17-23页 |
| ·本章小结 | 第23-25页 |
| 第二章 mergeStem 算法设计与实现 | 第25-42页 |
| ·算法设计的切入点 | 第25-26页 |
| ·茎搜索范围与结构保留范围 | 第26-28页 |
| ·最小搜索范围MSR | 第26-28页 |
| ·最小保留范围MRR | 第28页 |
| ·假结能量计算模型的改进 | 第28-34页 |
| ·假结能量计算模型的改进 | 第28-30页 |
| ·潜在因子的影响 | 第30-34页 |
| ·mergeStem 算法设计 | 第34-36页 |
| ·Seq 候选茎库L 的构建 | 第34-35页 |
| ·与结构S_i 相兼容候选茎库L_i 的建立？ | 第35页 |
| ·茎H 添加到结构S_i 上的规则 | 第35-36页 |
| ·能量模型 | 第36页 |
| ·基于Java 语言mergeStem 软件开发 | 第36-41页 |
| ·mergeStem 软件功能 | 第37页 |
| ·软件开发框架 | 第37-38页 |
| ·软件开发环境与工具 | 第38页 |
| ·mergeStem 软件开发 | 第38-41页 |
| ·mergeStem 软件运行 | 第41页 |
| ·本章小结 | 第41-42页 |
| 第三章 mergeStem 的有效性验证 | 第42-55页 |
| ·预测算法的常用评价指标 | 第42-43页 |
| ·测试数据集 | 第43-44页 |
| ·算法测试结果 | 第44-53页 |
| ·350 条不含假结的序列的测试结果 | 第44-48页 |
| ·258 条含假结的序列的测试结果 | 第48-53页 |
| ·算法运行时间 | 第53-54页 |
| ·本章小结 | 第54-55页 |
| 第四章 全文结论与讨论 | 第55-58页 |
| 参考文献 | 第58-62页 |
| 附录Ⅰ 不同算法预测tRNA-200 数据集的详细情况 | 第62-68页 |
| 附录Ⅱ 不同算法预测 5S rRNA-150 数据集的详细情况 | 第68-73页 |
| 附录Ⅲ 不同算法预测PK220 数据集的详细情况 | 第73-79页 |
| 附录Ⅳ mergeStem 软件四个模块的主要源代码 | 第79-100页 |
| 附录4.1 预备模块的代码 | 第79-85页 |
| 附录4.2 组合筛选优化模块的代码 | 第85-90页 |
| 附录4.3 输出模块的代码 | 第90-95页 |
| 附录4.4 计算能量模块的代码 | 第95-100页 |
| 致谢 | 第100-101页 |
| 作者简介 | 第101页 |
