| 中文摘要 | 第3-4页 |
| Abstract | 第4-5页 |
| 第一章 引言 | 第10-26页 |
| 1.1 基因突变与人类疾病 | 第10-15页 |
| 1.1.1 基因突变 | 第10页 |
| 1.1.2 基因突变的研究意义 | 第10-11页 |
| 1.1.3 癌症 | 第11-14页 |
| 1.1.3.1 癌症的概述 | 第11-12页 |
| 1.1.3.2 癌症的发病现状 | 第12页 |
| 1.1.3.3 癌症基因突变研究现状 | 第12-14页 |
| 1.1.4 遗传性疾病 | 第14-15页 |
| 1.1.5 基因调控元件的突变 | 第15页 |
| 1.2 单核苷酸多态性 | 第15-16页 |
| 1.2.1 SNP概念 | 第15页 |
| 1.2.2 SNP的研究现状 | 第15-16页 |
| 1.3 基因变异的检测技术 | 第16-19页 |
| 1.3.1 单链构象多态性(SSCP) | 第16-17页 |
| 1.3.2 变性梯度凝胶电泳(DGGE) | 第17页 |
| 1.3.3 变性高效液相色谱分析(DHPLC) | 第17-18页 |
| 1.3.4 直接DNA测序法(DNAsequencing) | 第18-19页 |
| 1.3.5 基因芯片(Gene chip) | 第19页 |
| 1.4 目标序列捕获技术 | 第19-21页 |
| 1.4.1 目标序列捕获技术发展的背景 | 第19-20页 |
| 1.4.2 目标序列捕获技术概述 | 第20页 |
| 1.4.3 目标序列捕获技术的发展成果与应用 | 第20-21页 |
| 1.5 Bst DNA聚合酶大片段 | 第21-23页 |
| 1.5.1 Bst DNA聚合酶大片段概述 | 第21-22页 |
| 1.5.2 全基因组基因扩增(WGA) | 第22页 |
| 1.5.3 多重置换扩增(MDA) | 第22-23页 |
| 1.6 研究内容与意义 | 第23-26页 |
| 1.6.1 研究内容 | 第23-24页 |
| 1.6.2 研究意义 | 第24-26页 |
| 第二章 实验材料与方法 | 第26-48页 |
| 2.1 实验材料 | 第26-31页 |
| 2.1.1 样品与探针 | 第26页 |
| 2.1.2 菌株 | 第26页 |
| 2.1.3 主要试剂与耗材 | 第26-27页 |
| 2.1.3.1 试剂 | 第26-27页 |
| 2.1.3.2 试剂盒 | 第27页 |
| 2.1.3.3 耗材 | 第27页 |
| 2.1.4 主要试剂的配制 | 第27-30页 |
| 2.1.5 仪器与设备 | 第30-31页 |
| 2.2 实验方法 | 第31-48页 |
| 2.2.1 基因组DNA提取 | 第31-32页 |
| 2.2.1.1 从FFPE组织样本提取DNA | 第31页 |
| 2.2.1.2 提取冰冻组织样本gDNA | 第31-32页 |
| 2.2.2 gDNA片段化 | 第32-33页 |
| 2.2.2.1 DNase I消化法 | 第32页 |
| 2.2.2.2 超声破gDNA | 第32-33页 |
| 2.2.2.3 目标DNA片段胶回收 | 第33页 |
| 2.2.3 构建DNA文库 | 第33-38页 |
| 2.2.3.1 建库流程图 | 第34页 |
| 2.2.3.2 DNA末端修复反应 | 第34-35页 |
| 2.2.3.3 Adaptor连接 | 第35页 |
| 2.2.3.4 DNA片段的选择回收 | 第35-36页 |
| 2.2.3.5 DNA片段的纯化 | 第36-37页 |
| 2.2.3.6 PCR扩增 | 第37页 |
| 2.2.3.7 PCR产物的纯化 | 第37-38页 |
| 2.2.3.8 文库质控——毛细管电泳 | 第38页 |
| 2.2.4 Bst DNA聚合酶大片段表达、纯化 | 第38-40页 |
| 2.2.4.1 Bst DNA聚合酶大片段的表达 | 第38页 |
| 2.2.4.2 菌体裂解 | 第38-39页 |
| 2.2.4.3 Bst DNA聚合酶大片段的纯化 | 第39页 |
| 2.2.4.4 SDS-PAGE凝胶电泳 | 第39页 |
| 2.2.4.5 Bst DNA聚合酶大片段的长期保存 | 第39页 |
| 2.2.4.6 酶活性检测与最适温度探索 | 第39-40页 |
| 2.2.5 实验样品准备 | 第40-43页 |
| 2.2.5.1 文库扩增 | 第40-42页 |
| 2.2.5.2 异丙醇沉淀 | 第42页 |
| 2.2.5.3 HM (HF) DNA样品的扩增 | 第42-43页 |
| 2.2.5.4 样品标记染色 | 第43页 |
| 2.2.6 探针群扩增与处理 | 第43-44页 |
| 2.2.7 芯片制备与验证(玻璃粉为探针固定物) | 第44-46页 |
| 2.2.7.1 玻璃粉的清洗与探针固定 | 第44页 |
| 2.2.7.2 验证探针结合度 | 第44-45页 |
| 2.2.7.3 杂交 | 第45页 |
| 2.2.7.4 特异性杂交洗脱与验证 | 第45-46页 |
| 2.2.8 芯片制备与验证(玻片为探针固定物) | 第46-48页 |
| 2.2.8.1 手工点样制备手工芯片 | 第46页 |
| 2.2.8.2 杂交实验组芯片与扫描 | 第46-47页 |
| 2.2.8.3 杂交验证组芯片与扫描 | 第47-48页 |
| 第三章 结果与讨论 | 第48-70页 |
| 3.1 基因组提取效果与讨论 | 第48-49页 |
| 3.1.1 从FFPE切片组织提取DNA | 第48-49页 |
| 3.1.2 从冰冻组织中提取基因组 | 第49页 |
| 3.2 gDNA片段化结果与评价 | 第49-52页 |
| 3.2.1 DNase I消化法 | 第49-51页 |
| 3.2.2 超声破碎法破碎DNA | 第51-52页 |
| 3.3 构建DNA文库 | 第52-56页 |
| 3.3.1 胶回收片段文库质量分析 | 第52-54页 |
| 3.3.2 选择回收DNA建库结果与分析 | 第54-56页 |
| 3.4 Bst DNA聚合酶大片段表达与纯化 | 第56-59页 |
| 3.4.1 SDS-PAGE结果 | 第56页 |
| 3.4.2 酶活性检测与最适温度探索 | 第56-57页 |
| 3.4.3 同商品酶比较活性与扩增效率 | 第57-59页 |
| 3.5 实验样品准备 | 第59-62页 |
| 3.5.1 文库PCR扩增 | 第59-60页 |
| 3.5.2 HM或(HF)样品扩增与超声破碎 | 第60-61页 |
| 3.5.3 Cy3 (Cy5)标记效果与评价 | 第61-62页 |
| 3.6 探针群Bst DNA聚合酶大片段扩增 | 第62-64页 |
| 3.7 验证玻璃粉介质与探针结合度 | 第64-66页 |
| 3.7.1 Bst DNA聚合酶大片段扩增 | 第64页 |
| 3.7.2 探针分离电泳结果 | 第64-65页 |
| 3.7.3 杂交扫描 | 第65-66页 |
| 3.8 以玻片为固定介质探索序列捕获 | 第66-70页 |
| 3.8.1 对照组探针群扩增与处理 | 第66-67页 |
| 3.8.2 手工点样制备手工芯片 | 第67-68页 |
| 3.8.3 样品杂交与扫描 | 第68-69页 |
| 3.8.4 验证芯片杂交与扫描 | 第69-70页 |
| 结论与展望 | 第70-72页 |
| 参考文献 | 第72-79页 |
| 致谢 | 第79-80页 |
| 附录 | 第80-84页 |
| 个人简历、在学期间的研究成果及发布的学术论文 | 第84页 |