| 中文摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 第一章 研究背景 | 第10-22页 |
| 1.1 杨树基因组和遗传转化体系的研究 | 第10-16页 |
| 1.1.1 杨树重要作用和分类 | 第10页 |
| 1.1.2 基因组测序技术 | 第10-12页 |
| 1.1.3 杨树基因组的测序和研究 | 第12-14页 |
| 1.1.4 杨树的遗传转化体系 | 第14-15页 |
| 1.1.5 新疆杨 | 第15-16页 |
| 1.2 长链非编码RNA | 第16-20页 |
| 1.2.1 非编码RNA | 第16-17页 |
| 1.2.2 lncRNA及对其的测序和鉴定 | 第17-18页 |
| 1.2.3 lncRNA在植物中的研究现状 | 第18-19页 |
| 1.2.4 lncRNA参与胁迫的响应 | 第19-20页 |
| 1.3 研究意义和科学问题 | 第20-22页 |
| 1.3.1 新疆杨遗传转化体系和基因组的研究 | 第21页 |
| 1.3.2 lncRNA的鉴定和对盐胁迫的响应 | 第21-22页 |
| 第二章 材料和方法 | 第22-34页 |
| 2.1 新疆杨转基因体系 | 第22-24页 |
| 2.1.1 新疆杨遗传转化过程 | 第22-23页 |
| 2.1.2 新疆杨瞬时转化实验 | 第23-24页 |
| 2.1.3 新疆杨的CRISPR/Cas9基因敲除实验 | 第24页 |
| 2.2 新疆杨基因组和进化分析 | 第24-30页 |
| 2.2.1 新疆杨基因组测序 | 第24-25页 |
| 2.2.2 新疆杨基因组组装 | 第25-26页 |
| 2.2.3 基因组大小和杂合度 | 第26页 |
| 2.2.4 重复序列注释 | 第26-27页 |
| 2.2.5 基因预测和注释结果评估 | 第27-28页 |
| 2.2.6 基因组共线性，基因家族聚类和同源基因分析 | 第28页 |
| 2.2.7 基因家族扩张和收缩 | 第28-29页 |
| 2.2.8 基因家族和 NBS 抗病基因的鉴定 | 第29-30页 |
| 2.2.9 转录组表达分析 | 第30页 |
| 2.3 长链非编码RNA | 第30-34页 |
| 2.3.1 样品处理,RNA提取和测序 | 第30页 |
| 2.3.2 lncRNA的鉴定 | 第30-32页 |
| 2.3.3 lncRNA的分类和差异分析 | 第32页 |
| 2.3.4 靶基因预测 | 第32页 |
| 2.3.5 lncRNA保守结构域预测和组织特异性 | 第32-33页 |
| 2.3.6 靶基因的功能注释和GO富集 | 第33-34页 |
| 第三章 研究结果 | 第34-67页 |
| 3.1 新疆杨遗传转化体系 | 第34-37页 |
| 3.1.1 新疆杨的转基因实验 | 第34-36页 |
| 3.1.2 新疆杨的瞬时转化体系 | 第36页 |
| 3.1.3 新疆杨CRISPR/Cas9介导的基因敲除体系 | 第36-37页 |
| 3.2 新疆杨基因组 | 第37-49页 |
| 3.2.1 新疆杨基因组的组装 | 第37-38页 |
| 3.2.2 基因组杂合度和重复序列注释 | 第38-40页 |
| 3.2.3 蛋白编码基因的预测 | 第40-41页 |
| 3.2.4 物种分化时间和基因家族的收缩及扩张 | 第41-43页 |
| 3.2.5 杨属共有的全基因组加倍事件 | 第43-44页 |
| 3.2.6 比较基因组学分析 | 第44-46页 |
| 3.2.7 基因家族的扩张和收缩 | 第46-49页 |
| 3.3 lncRNA鉴定和对盐胁迫的响应 | 第49-67页 |
| 3.3.1 钠离子和钾离子含量测定 | 第49-52页 |
| 3.3.2 新疆杨lncRNA的测序,鉴定和基本特征 | 第52-53页 |
| 3.3.3 新疆杨的lncRNA组织表达分析和对植物发育的调控 | 第53-55页 |
| 3.3.4 响应盐胁迫的lncRNA | 第55-57页 |
| 3.3.5 响应不同盐浓度的lncRNA | 第57-59页 |
| 3.3.6 组织特异性差异表达lncRNA | 第59-67页 |
| 第四章 讨论 | 第67-82页 |
| 4.1 新疆杨遗传转化体系 | 第67-70页 |
| 4.2 新疆杨基因组和毛果杨的比较分析 | 第70-72页 |
| 4.3 新疆杨基因家族的扩张和收缩 | 第72-75页 |
| 4.4 新疆杨lncRNA的测序 | 第75-76页 |
| 4.5 盐胁迫下新疆杨钠钾离子浓度的变化 | 第76页 |
| 4.6 新疆杨的lncRNA及其靶基因 | 第76-78页 |
| 4.7 新疆杨的lncRNA调控植物生长 | 第78页 |
| 4.8 新疆杨lncRNA对盐胁迫的响应 | 第78-80页 |
| 4.9 总结与展望 | 第80-82页 |
| 参考文献 | 第82-91页 |
| 在学期间的研究成果 | 第91-92页 |
| 致谢 | 第92页 |
