| 摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 第1章 前言 | 第11-23页 |
| 1.1 蚱总科研究现状 | 第11-13页 |
| 1.1.1 蚱总科昆虫生态学 | 第11页 |
| 1.1.2 蚱总科昆虫分类与系统学 | 第11-13页 |
| 1.2 线粒体基因组 | 第13-16页 |
| 1.2.1 蛋白质编码基因 | 第14-15页 |
| 1.2.2 核糖体RNA基因 | 第15页 |
| 1.2.3 转运RNA基因 | 第15-16页 |
| 1.2.4 控制区 | 第16页 |
| 1.3 系统发育分析 | 第16-19页 |
| 1.3.1 序列比对 | 第17页 |
| 1.3.2 模型选择 | 第17-18页 |
| 1.3.3 建树方法 | 第18页 |
| 1.3.4 系统树评估 | 第18-19页 |
| 1.4 线粒体基因的性能和功效 | 第19-20页 |
| 1.5 数据划分的影响 | 第20-21页 |
| 1.6 本研究拟解决的问题 | 第21-23页 |
| 第2章 材料和方法 | 第23-31页 |
| 2.1 分类取样 | 第23-25页 |
| 2.1.1 秦岭台蚱 | 第23-24页 |
| 2.1.2 龙江柯蚱 | 第24页 |
| 2.1.3 钝叶瘤蚱 | 第24-25页 |
| 2.2 主要仪器和化学试剂 | 第25页 |
| 2.3 总DNA提取与检测 | 第25-26页 |
| 2.4 PCR引物选择、扩增及测序 | 第26-28页 |
| 2.5 序列拼接和注释 | 第28页 |
| 2.6 结构和特征分析 | 第28-29页 |
| 2.7 系统发育分析 | 第29页 |
| 2.7.1 序列比对 | 第29页 |
| 2.7.2 系统发育分析 | 第29页 |
| 2.8 数据集的PBS分析 | 第29-30页 |
| 2.9 PhyDesign系统发育信息量作图 | 第30页 |
| 2.10 PartitionFinder寻找最优数据划分 | 第30-31页 |
| 第3章 三种蚱总科昆虫线粒体基因组 | 第31-65页 |
| 3.1 秦岭台蚱线粒体基因组 | 第31-42页 |
| 3.1.1 碱基组成 | 第34-35页 |
| 3.1.2 蛋白质编码基因 | 第35-38页 |
| 3.1.3 tRNA基因及tRNA二级结构 | 第38页 |
| 3.1.4 rRNA基因及rRNA二级结构 | 第38-42页 |
| 3.1.5 D-Loop区 | 第42页 |
| 3.2 龙江柯蚱线粒体基因组 | 第42-52页 |
| 3.2.1 碱基组成 | 第43-46页 |
| 3.2.2 蛋白质编码基因 | 第46-49页 |
| 3.2.3 tRNA基因及tRNA二级结构 | 第49页 |
| 3.2.4 rRNA基因及rRNA二级结构 | 第49-52页 |
| 3.3 钝叶瘤蚱线粒体基因组 | 第52-62页 |
| 3.3.1 碱基组成 | 第55-56页 |
| 3.3.2 蛋白质编码基因 | 第56-59页 |
| 3.3.3 tRNA基因及tRNA二级结构 | 第59页 |
| 3.3.4 rRNA基因及rRNA二级结构 | 第59-62页 |
| 3.4 三种蚱总科昆虫线粒体基因组比较 | 第62-65页 |
| 第4章 蝗亚目昆虫线粒体蛋白质编码基因比较 | 第65-81页 |
| 4.1 蛋白质编码基因的碱基组成 | 第65-69页 |
| 4.2 蛋白质编码基因的氨基酸使用频率 | 第69-72页 |
| 4.3 蛋白质编码基因的密码子使用频率 | 第72页 |
| 4.4 蝗亚目昆虫蛋白质编码基因的起始密码子 | 第72-76页 |
| 4.5 蝗亚目昆虫蛋白质编码基因间遗传距离 | 第76-78页 |
| 4.6 蝗亚目昆虫蛋白质编码基因碱基替换饱和性分析 | 第78-81页 |
| 第5章 蝗亚目昆虫线粒体谱系基因组学研究 | 第81-105页 |
| 5.1 基于线粒体蛋白质编码基因的蝗亚目系统发育分析 | 第81-90页 |
| 5.1.1 为什么选择蛋白质编码基因 | 第81页 |
| 5.1.2 序列来源 | 第81-82页 |
| 5.1.3 简约法构建蝗亚目系统发育树 | 第82-85页 |
| 5.1.4 似然法构建蝗亚目系统发育树 | 第85-87页 |
| 5.1.5 贝叶斯法构建蝗亚目系统发育树 | 第87-89页 |
| 5.1.6 系统树检验 | 第89页 |
| 5.1.7 系统发育分析结果讨论 | 第89-90页 |
| 5.2 线粒体蛋白质编码基因功效和数据集划分 | 第90-99页 |
| 5.2.1 PBS分析 | 第90-94页 |
| 5.2.2 蛋白质编码基因的核苷酸序列系统发育信息量作图 | 第94-96页 |
| 5.2.3 蛋白质编码基因的氨基酸序列系统发育信息量作图 | 第96-99页 |
| 5.3 线粒体蛋白质编码基因的最优划分策略 | 第99-105页 |
| 第6章 基于线粒体16S rRNA基因的蚱总科昆虫系统发育分析 | 第105-115页 |
| 6.1 序列来源 | 第105-107页 |
| 6.2 简约法构建蚱总科系统发育树 | 第107-109页 |
| 6.3 似然法构建蚱总科系统发育树 | 第109-111页 |
| 6.4 贝叶斯法构建蚱总科系统发育树 | 第111-113页 |
| 6.5 系统树检验 | 第113页 |
| 6.6 系统发育分析结果讨论 | 第113-115页 |
| 第7章 总结 | 第115-121页 |
| 7.1 三种蚱总科昆虫线粒体基因组特征 | 第115页 |
| 7.2 蝗亚目昆虫线粒体基因排列顺序比较 | 第115-116页 |
| 7.3 蝗亚目昆虫蛋白质编码基因 | 第116页 |
| 7.4 蝗亚目昆虫系统发育关系 | 第116-117页 |
| 7.5 线粒体基因蛋白质编码基因的性能和功效 | 第117页 |
| 7.6 线粒体蛋白质编码基因数据集划分策略 | 第117-118页 |
| 7.7 蚱总科昆虫系统发育关系 | 第118页 |
| 7.8 本研究的创新之处 | 第118页 |
| 7.9 本研究的不足之处 | 第118-121页 |
| 参考文献 | 第121-137页 |
| 致谢 | 第137-139页 |
| 攻读学位期间研究成果 | 第139-140页 |
