不同生长阶段肉兔腿肌转录组特征分析
| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 符号说明 | 第9-12页 |
| 1 文献综述 | 第12-22页 |
| 1.1 肌肉的生长发育 | 第12-13页 |
| 1.1.1 成肌细胞与骨骼肌的生长发育 | 第12页 |
| 1.1.2 骨骼肌发育调控基因 | 第12-13页 |
| 1.2 家兔肉质性状育种产业发展概况 | 第13-14页 |
| 1.2.1 家兔育种与肉质选育现状 | 第13-14页 |
| 1.2.2 齐卡兔简介 | 第14页 |
| 1.3 LncRNA | 第14-19页 |
| 1.3.1 LncRNA简介 | 第14-15页 |
| 1.3.2 LncRNA分类与作用机制 | 第15-16页 |
| 1.3.3 LncRNA研究进展 | 第16-17页 |
| 1.3.4 肌肉相关lncRNA | 第17-18页 |
| 1.3.5 LncRNA的一般研究方法 | 第18-19页 |
| 1.4 环状RNA | 第19-20页 |
| 1.4.1 环状RNA简介 | 第19页 |
| 1.4.2 环状RNA生成与作用机制 | 第19-20页 |
| 1.5 转录组测序 | 第20-22页 |
| 1.5.1 转录组 | 第20-21页 |
| 1.5.2 转录组测序原理与技术优势 | 第21-22页 |
| 1.6 目的意义 | 第22页 |
| 2 材料与方法 | 第22-29页 |
| 2.1 试验样本 | 第22-23页 |
| 2.2 设备仪器、试剂和耗材 | 第23页 |
| 2.3 总RNA提取及质量鉴定 | 第23-25页 |
| 2.3.1 试验前准备 | 第23页 |
| 2.3.2 总RNA的提取 | 第23-24页 |
| 2.3.3 RNA浓度和质量检测 | 第24-25页 |
| 2.4 转录组测序与数据分析 | 第25-29页 |
| 2.4.1 测序文库构建及转录组测序 | 第25页 |
| 2.4.2 原始数据的筛选和统计 | 第25页 |
| 2.4.3 测序质量评估 | 第25-26页 |
| 2.4.4 LncRNA的鉴定与分析 | 第26-27页 |
| 2.4.5 基因表达定量分析 | 第27页 |
| 2.4.6 差异表达基因筛选及分析 | 第27-28页 |
| 2.4.7 可变剪切、SNP以及InDel分析 | 第28页 |
| 2.4.8 CircRNA的鉴定与分析 | 第28-29页 |
| 3 结果与分析 | 第29-60页 |
| 3.1 总RNA提取结果 | 第29-30页 |
| 3.2 测序质量评估 | 第30-34页 |
| 3.2.1 碱基组成 | 第30-31页 |
| 3.2.2 碱基质量值 | 第31-32页 |
| 3.2.3 Reads比对参考基因组 | 第32-34页 |
| 3.3 LncRNA的分析和鉴定 | 第34-41页 |
| 3.3.1 Reads的筛选及编码能力预测分析 | 第34-41页 |
| 3.3.3 LncRNA靶基因预测 | 第41页 |
| 3.4 编码蛋白基因的差异表达分析 | 第41-50页 |
| 3.4.1 差异表达基因的数目统计 | 第42页 |
| 3.4.2 差异表达基因聚类分析 | 第42-43页 |
| 3.4.3 差异表达基因的GO富集分析 | 第43-46页 |
| 3.4.4 差异表达基因Pathway富集分析 | 第46-50页 |
| 3.5 LncRNA与mRNA比较分析 | 第50-52页 |
| 3.6 可变剪切、SNP以及InDel的分析 | 第52-56页 |
| 3.6.1 可变剪切分析 | 第52-53页 |
| 3.6.2 SNP分析 | 第53-55页 |
| 3.6.3 Indel分析 | 第55-56页 |
| 3.7 CircRNA | 第56-60页 |
| 4 讨论 | 第60-62页 |
| 4.1 LncRNA鉴定结果的可靠性 | 第60页 |
| 4.2 LncRNA的基因组特征 | 第60-61页 |
| 4.3 mRNA差异表达及功能注释 | 第61-62页 |
| 4.4 环状RNA筛选 | 第62页 |
| 4.5 试验样品 | 第62页 |
| 5 结论与展望 | 第62-64页 |
| 5.1 结论 | 第62-63页 |
| 5.2 展望 | 第63-64页 |
| 参考文献 | 第64-69页 |
| 致谢 | 第69页 |
