| 中文摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 第1章 绪论 | 第10-20页 |
| 1.1 课题研究背景 | 第10-14页 |
| 1.1.1 课题研究背景、目的和意义 | 第11-12页 |
| 1.1.2 课题研究现状及发展趋势 | 第12-14页 |
| 1.2 相关并行技术 | 第14-18页 |
| 1.2.1 多核简介 | 第14-15页 |
| 1.2.2 Open MP并行技术 | 第15-18页 |
| 1.3 本文主要的研究内容 | 第18-19页 |
| 1.4 本章小结 | 第19-20页 |
| 第2章 群体遗传多样性的研究与分析 | 第20-27页 |
| 2.1 群体遗传多样性的概述 | 第20-23页 |
| 2.1.1 群体遗传多样性的意义和应用价值 | 第20-21页 |
| 2.1.2 影响群体遗传多样性的因素 | 第21-23页 |
| 2.2 群体遗传多样性中DNA多样性的度量 | 第23-24页 |
| 2.2.1 分离位点数目 | 第23-24页 |
| 2.2.2 核苷酸水平杂合度 | 第24页 |
| 2.3 群体选择方法的流程设计 | 第24-26页 |
| 2.4 本章小结 | 第26-27页 |
| 第3章 中性理论算法的并行设计与实现 | 第27-41页 |
| 3.1 中性理论的概述 | 第27页 |
| 3.2 中性理论的相关检测方法 | 第27-31页 |
| 3.2.1 Fu和Li检测方法 | 第28-29页 |
| 3.2.2 Fay和Wu’s H检测方法 | 第29-30页 |
| 3.2.3 Tajima’s D检测方法 | 第30-31页 |
| 3.2.4 检测方法的比较和分析 | 第31页 |
| 3.3 Tajima’s D算法的并行设计与实现 | 第31-40页 |
| 3.3.1 开发环境及硬件配置 | 第31-32页 |
| 3.3.2 Tajima’s D算法的设计 | 第32-35页 |
| 3.3.3 Tajima’s D算法的并行实现与优化 | 第35-38页 |
| 3.3.4 Tajima’s D算法的串/并行对比 | 第38-40页 |
| 3.4 本章小结 | 第40-41页 |
| 第4章 连锁不平衡算法的并行设计与实现 | 第41-55页 |
| 4.1 连锁不平衡 | 第41-43页 |
| 4.1.1 影响连锁不平衡的因素 | 第41-43页 |
| 4.1.2 连锁不平衡的应用 | 第43页 |
| 4.2 LD算法的设计与实现 | 第43-47页 |
| 4.2.1 LD算法的设计 | 第44-45页 |
| 4.2.2 LD算法的实现 | 第45-47页 |
| 4.3 LD算法的并行设计与实现 | 第47-54页 |
| 4.3.1 算法的并行实现与优化 | 第47-52页 |
| 4.3.2 LD算法的串/并行对比 | 第52-54页 |
| 4.4 本章小结 | 第54-55页 |
| 第5章 推断单倍型频率算法的并行设计与实现 | 第55-67页 |
| 5.1 推断单倍型算法的比较和分析 | 第55-56页 |
| 5.1.1 Clark算法 | 第55页 |
| 5.1.2 Phase算法 | 第55-56页 |
| 5.1.3 EM算法 | 第56页 |
| 5.1.4 单倍型频率算法的比较与分析 | 第56页 |
| 5.2 基于EM算法推断单倍型频率的设计与实现 | 第56-61页 |
| 5.2.1 数据预处理与算法设计 | 第57-59页 |
| 5.2.2 算法的实现 | 第59-61页 |
| 5.3 基于EM算法推断单倍型频率的并行实现 | 第61-65页 |
| 5.3.1 算法的并行实现 | 第61-63页 |
| 5.3.2 算法的串/并行对比 | 第63-65页 |
| 5.4 单倍型块和连锁不平衡图谱分析 | 第65-66页 |
| 5.5 本章小结 | 第66-67页 |
| 结论 | 第67-69页 |
| 参考文献 | 第69-73页 |
| 致谢 | 第73-74页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 | 第74页 |