| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-9页 |
| 第一章 绪论 | 第16-18页 |
| 第二章 线性相互作用能法计算蛋白与配体的结合自由能 | 第18-34页 |
| 2.1 引言 | 第18-20页 |
| 2.2 方法 | 第20-27页 |
| 2.2.1 线性相互作用能法(LIE) | 第20-25页 |
| 2.2.2 分子模拟策略 | 第25-26页 |
| 2.2.3 基于MM-PBSA计算的后处理 | 第26-27页 |
| 2.3 结果与讨论 | 第27-33页 |
| 2.3.1 Avidin配体结合体系 | 第27-29页 |
| 2.3.2 β-secretase配体结合体系 | 第29-33页 |
| 2.4 LIE方法局限性讨论 | 第33-34页 |
| 第三章 蛋白质静电溶剂化自由能的有效计算方法：EE-GMFCC-CPCM | 第34-50页 |
| 3.1 引言 | 第34-36页 |
| 3.2 方法 | 第36-43页 |
| 3.2.1 MFCC方法中非邻近残基近程相互作用的量子描述 | 第36-37页 |
| 3.2.2 可极化连续介质模型：CPCM | 第37-39页 |
| 3.2.3 EE-GMFCC-CPCM方法 | 第39-40页 |
| 3.2.4 分子动力学模拟 | 第40-43页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第43-48页 |
| 3.4 本章总结及方法局限性讨论 | 第48-50页 |
| 第四章 有机小分子溶剂化自由能的多尺度计算 | 第50-72页 |
| 4.1 引言 | 第50-51页 |
| 4.2 方法 | 第51-59页 |
| 4.2.1 自由能计算方法 | 第51-54页 |
| 4.2.2 分子动力学模拟策略 | 第54-56页 |
| 4.2.3 偏执势的选择 | 第56-59页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第59-67页 |
| 4.3.1 计算结果的精确性 | 第59-64页 |
| 4.3.2 计算结果的准确性 | 第64-66页 |
| 4.3.3 研究中的近似和局限 | 第66-67页 |
| 4.4 本章总结 | 第67-69页 |
| 4.5 附录：BAR+TP方法的推导 | 第69-72页 |
| 第五章 蛋白与配体绝对结合自由能计算 | 第72-84页 |
| 5.1 引言 | 第72-74页 |
| 5.2 方法 | 第74-79页 |
| 5.2.1 双去耦合法 | 第74-77页 |
| 5.2.2 分子模拟策略 | 第77-79页 |
| 5.3 结果与讨论 | 第79-82页 |
| 5.4 本章总结 | 第82-84页 |
| 第六章 总结与展望 | 第84-86页 |
| 参考文献 | 第86-116页 |
| 攻读博士学位期间发表的论文 | 第116-117页 |
| 致谢 | 第117页 |
