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生物体系自由能的精确可靠计算

摘要第5-7页
Abstract第7-9页
第一章 绪论第16-18页
第二章 线性相互作用能法计算蛋白与配体的结合自由能第18-34页
    2.1 引言第18-20页
    2.2 方法第20-27页
        2.2.1 线性相互作用能法(LIE)第20-25页
        2.2.2 分子模拟策略第25-26页
        2.2.3 基于MM-PBSA计算的后处理第26-27页
    2.3 结果与讨论第27-33页
        2.3.1 Avidin配体结合体系第27-29页
        2.3.2 β-secretase配体结合体系第29-33页
    2.4 LIE方法局限性讨论第33-34页
第三章 蛋白质静电溶剂化自由能的有效计算方法:EE-GMFCC-CPCM第34-50页
    3.1 引言第34-36页
    3.2 方法第36-43页
        3.2.1 MFCC方法中非邻近残基近程相互作用的量子描述第36-37页
        3.2.2 可极化连续介质模型:CPCM第37-39页
        3.2.3 EE-GMFCC-CPCM方法第39-40页
        3.2.4 分子动力学模拟第40-43页
    3.3 结果与讨论第43-48页
    3.4 本章总结及方法局限性讨论第48-50页
第四章 有机小分子溶剂化自由能的多尺度计算第50-72页
    4.1 引言第50-51页
    4.2 方法第51-59页
        4.2.1 自由能计算方法第51-54页
        4.2.2 分子动力学模拟策略第54-56页
        4.2.3 偏执势的选择第56-59页
    4.3 结果与讨论第59-67页
        4.3.1 计算结果的精确性第59-64页
        4.3.2 计算结果的准确性第64-66页
        4.3.3 研究中的近似和局限第66-67页
    4.4 本章总结第67-69页
    4.5 附录:BAR+TP方法的推导第69-72页
第五章 蛋白与配体绝对结合自由能计算第72-84页
    5.1 引言第72-74页
    5.2 方法第74-79页
        5.2.1 双去耦合法第74-77页
        5.2.2 分子模拟策略第77-79页
    5.3 结果与讨论第79-82页
    5.4 本章总结第82-84页
第六章 总结与展望第84-86页
参考文献第86-116页
攻读博士学位期间发表的论文第116-117页
致谢第117页

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