| 摘要 | 第5-8页 |
| Abstract | 第8-10页 |
| 第一章 文献综述 | 第16-30页 |
| 1 红毛菜科物种的生物学特性 | 第16-21页 |
| 1.1 红毛菜科物种的进化地位 | 第16-17页 |
| 1.2 红毛菜科物种的繁殖方式和生活史 | 第17-19页 |
| 1.3 红毛菜科物种的生理特征 | 第19-20页 |
| 1.4 红毛菜科物种的经济和科研价值 | 第20-21页 |
| 2 藻类基因组学研究现状 | 第21-24页 |
| 2.1 藻类基因组大小的测定方法 | 第21页 |
| 2.2 藻类基因组学研究的主要方法 | 第21-22页 |
| 2.3 藻类基因组学的研究进展 | 第22-24页 |
| 3 藻类功能基因组学研究现状 | 第24-27页 |
| 3.1 功能基因组研究的技术手段 | 第24-25页 |
| 3.2 藻类功能基因组的研究概况 | 第25-27页 |
| 4 藻类质体基因组研究进展 | 第27-28页 |
| 4.1 质体的起源与特性 | 第27页 |
| 4.2 藻类质体基因组的研究现状 | 第27-28页 |
| 4.3 红藻门物种质体基因组的研究现状 | 第28页 |
| 5 本研究的目的和意义 | 第28-30页 |
| 第二章 坛紫菜基因组特征 | 第30-50页 |
| 0 引言 | 第30页 |
| 1 流式细胞技术估测基因组大小 | 第30-32页 |
| 1.1 材料与方法 | 第30-31页 |
| 1.1.1 材料 | 第30页 |
| 1.1.2 试剂和仪器 | 第30-31页 |
| 1.1.3 原生质体和细胞核悬液的制备 | 第31页 |
| 1.1.4 流式细胞仪分析 | 第31页 |
| 1.2 结果与讨论 | 第31-32页 |
| 1.2.1 坛紫菜的细胞核和原生质体的观察 | 第31-32页 |
| 1.2.2 坛紫菜基因组大小的测定 | 第32页 |
| 2 坛紫菜基因组测序 | 第32-34页 |
| 2.1. 材料的培养 | 第32-33页 |
| 2.2 DNA的提取 | 第33页 |
| 2.3 基因组文库的构建及测序 | 第33页 |
| 2.4 数据分析 | 第33-34页 |
| 3 坛紫菜基因组拼接组装 | 第34-38页 |
| 3.1 数据的质控和拼接 | 第34-35页 |
| 3.2 坛紫菜基因组特征的初步评价 | 第35-36页 |
| 3.3 去除测序数据中外源DNA序列之后进行拼接组装 | 第36-38页 |
| 3.4 结合单分子测序数据拼接和组装 | 第38页 |
| 4 坛紫菜基因组特性分析 | 第38-44页 |
| 4.1 基因预测和功能注释 | 第38-41页 |
| 4.3 坛紫菜基因组中的重复序列 | 第41-43页 |
| 4.4 坛紫菜基因组中抗逆基因的挖掘 | 第43-44页 |
| 5 坛紫菜和条斑紫菜比较基因组分析 | 第44-46页 |
| 6 讨论 | 第46-50页 |
| 6.1 坛紫菜基因组大小 | 第47页 |
| 6.2 坛紫菜基因组特征 | 第47-48页 |
| 6.3 坛紫菜基因组拼接组装中遇到的问题 | 第48-49页 |
| 6.4 利用生物信息学手段解决复杂基因组测序的方法 | 第49-50页 |
| 第三章 基于单分子测序技术的坛紫菜转录组测序 | 第50-73页 |
| 0 引言 | 第50页 |
| 1 材料 | 第50-51页 |
| 1.1 样品来源 | 第50-51页 |
| 1.2 主要试剂及配制方法 | 第51页 |
| 2 方法 | 第51-55页 |
| 2.1 总RNA的提取和质量检测 | 第51-53页 |
| 2.2 cDNA文库的构建及测序 | 第53-55页 |
| 2.3 测序和测序数据的分析 | 第55页 |
| 3 结果 | 第55-68页 |
| 3.1 实验样品RNA制备的质量检测 | 第55-56页 |
| 3.2 cDNA文库的构建过程 | 第56-58页 |
| 3.3 测序数据的质控 | 第58-60页 |
| 3.4 数据的注释、分类和代谢途径分析 | 第60-62页 |
| 3.5 抗逆相关候选基因 | 第62-65页 |
| 3.6 可变剪接及调控因子的分析 | 第65-68页 |
| 3.7 重复序列分析 | 第68页 |
| 4 讨论 | 第68-73页 |
| 4.1 长片段转录组的优势 | 第68-69页 |
| 4.2 环境耐受相关基因和特殊的代谢途径 | 第69-70页 |
| 4.3 可变剪接的分析 | 第70-73页 |
| 第四章 海水红毛菜转录组测序与比较转录组学分析 | 第73-99页 |
| 第一节 海水红毛菜转录组测序和分析 | 第73-95页 |
| 0 引言 | 第73页 |
| 1 材料和方法 | 第73-77页 |
| 1.1 材料处理和RNA提取 | 第73-75页 |
| 1.2 主要试剂及配制方法 | 第75页 |
| 1.3 文库构建 | 第75-77页 |
| 1.3.1 总RNA的提取和质量检测 | 第75页 |
| 1.3.2 mRNA的纯化 | 第75页 |
| 1.3.3 文库的构建及测序 | 第75-76页 |
| 1.3.4 测序数据的处理及统计 | 第76-77页 |
| 2 结果 | 第77-93页 |
| 2.1 实验样品RNA制备的质量检测 | 第77-79页 |
| 2.2 测序数据质量情况汇总和转录本的拼接 | 第79-80页 |
| 2.3 数据的注释、分类和代谢途径 | 第80-84页 |
| 2.4 二十碳五烯酸合成途径和相关酶类 | 第84-89页 |
| 2.5 MAPK信号途径相关基因 | 第89-92页 |
| 2.6 海水红毛菜重复序列分析 | 第92-93页 |
| 3 讨论 | 第93-95页 |
| 3.1 红毛菜二十碳五烯酸合成途径 | 第94页 |
| 3.2 海水红毛菜响应抗逆特性的通路和基因 | 第94-95页 |
| 第二节 海水红毛菜和坛紫菜转录组的比较 | 第95-99页 |
| 0 引言 | 第95-96页 |
| 1 方法 | 第96页 |
| 1.1 数据的拼接,功能注释和重复序列的分析及比较 | 第96页 |
| 1.2 同源序列的聚类和分析 | 第96页 |
| 2 结果 | 第96-98页 |
| 2.1 测序和拼接 | 第96页 |
| 2.2 功能注释 | 第96-97页 |
| 2.3 同源序列的比较 | 第97-98页 |
| 3 讨论 | 第98-99页 |
| 第五章 海水红毛菜质体基因分析 | 第99-119页 |
| 0 引言 | 第99页 |
| 1 材料和方法 | 第99-102页 |
| 1.1 藻体材料和DNA提取 | 第99-100页 |
| 1.2 样品的鉴定 | 第100页 |
| 1.3 基因组测序、拼接、注释和分析 | 第100-101页 |
| 1.4 基因组测序、拼接、注释和分析 | 第101页 |
| 1.5 基于多基因进行红毛菜进化关系的分析 | 第101-102页 |
| 2 结果 | 第102-115页 |
| 2.1 样品鉴定 | 第102-104页 |
| 2.2 测序和质体基因组组装 | 第104页 |
| 2.3 海水红毛菜质体基因组的结构和基因内容 | 第104-107页 |
| 2.4 海水红毛菜和红藻门其它物种质体基因组比较 | 第107-111页 |
| 2.5 基于质体基因组的红毛菜目系统发生关系 | 第111-112页 |
| 2.6 红毛菜目分歧时间分析 | 第112-113页 |
| 2.7 进化选择压和分子标记的筛选 | 第113-115页 |
| 3 讨论 | 第115-119页 |
| 3.1 质体的基因组结构和基因内容 | 第115-116页 |
| 3.2 红毛菜目物种的系统进化关系 | 第116-117页 |
| 3.3 红毛菜目物种的分歧时间 | 第117-119页 |
| 第六章 结论及后续工作 | 第119-120页 |
| 1 结论 | 第119页 |
| 2 后续工作 | 第119-120页 |
| 附录 | 第120-127页 |
| 参考文献 | 第127-140页 |
| 学术成果 | 第140-141页 |
| 致谢 | 第141页 |
