| 摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 第一章 概述 | 第11-26页 |
| 1 微生物多样性研究方法 | 第11-17页 |
| 1.1 微生物多样性研究的传统方法 | 第11-12页 |
| 1.1.1 纯培养法 | 第11页 |
| 1.1.2 磷脂脂肪酸(Phospholipid fatty acids,PLFA)分析法 | 第11-12页 |
| 1.1.3 群落水平生理学指纹方法 | 第12页 |
| 1.2 基于16S rDNA的PCR扩增技术 | 第12-13页 |
| 1.3 基于分子杂交技术的分子标记法 | 第13-15页 |
| 1.3.1 荧光原位杂交(Fluorescence in situ hybridization,FISH) | 第13-14页 |
| 1.3.2 基因芯片(Microarray) | 第14-15页 |
| 1.4 高通量测序技术 | 第15-17页 |
| 2 好氧反硝化的研究进展 | 第17-20页 |
| 2.1 好氧反硝化细菌 | 第17页 |
| 2.2 好氧反硝化的影响因素 | 第17-20页 |
| 3 湖泊沉积物中原核生物的研究概况 | 第20-22页 |
| 4 滇池研究概况 | 第22-23页 |
| 5 主要研究内容及意义 | 第23-26页 |
| 5.1 研究目的及意义 | 第23-24页 |
| 5.2 研究内容 | 第24-25页 |
| 5.3 技术路线 | 第25-26页 |
| 第二章 沉积物中原核生物多样性 | 第26-52页 |
| 1 材料与方法 | 第26-30页 |
| 1.1 样品采集和采样点地理信息 | 第26页 |
| 1.2 沉积物理化因子的测定 | 第26页 |
| 1.3 环境样品DNA的提取与测序 | 第26-27页 |
| 1.4 MiSeq高通量测序平台 | 第27页 |
| 1.4.1 PCR扩增 | 第27页 |
| 1.4.2 PCR产物混样与纯化 | 第27页 |
| 1.4.3 文库构建和上机测序 | 第27页 |
| 1.5 数据分析 | 第27-30页 |
| 1.5.1 数据拼接和质控处理 | 第27-28页 |
| 1.5.2 OTU分析和物种注释 | 第28页 |
| 1.5.3 Alpha多样性分析 | 第28页 |
| 1.5.4 Beta多样性分析 | 第28页 |
| 1.5.5 原核生物类群与非生物环境因子的相关性分析 | 第28-29页 |
| 1.5.6 Anosim组间差异分析 | 第29-30页 |
| 2 结果 | 第30-45页 |
| 2.1 滇池沉积物理化因子分析 | 第30-32页 |
| 2.2 沉积物样品DNA提取结果及PCR扩增产物检测 | 第32-33页 |
| 2.3 测序质量分析 | 第33-34页 |
| 2.4 沉积物中原核生物的群落组成结构分析 | 第34-37页 |
| 2.4.1 物种注释 | 第34-35页 |
| 2.4.2 基于门(Phylum)水平的分类分析 | 第35-36页 |
| 2.4.3 基于属(Genus)水平的分类分析 | 第36-37页 |
| 2.5 沉积物样品中微生物群落Alpha多样性分析 | 第37-40页 |
| 2.5.1 稀释曲线 | 第37-39页 |
| 2.5.2 Alpha多样性指数分析 | 第39-40页 |
| 2.6 沉积物样品中原核生物多样性的差异 | 第40-43页 |
| 2.7 Anosim组间差异分析 | 第43页 |
| 2.8 原核生物群落与非生物环境因子的相关性分析 | 第43-45页 |
| 3 讨论 | 第45-50页 |
| 3.1 滇池沉积物中原核生物的多样性 | 第45-48页 |
| 3.2 滇池与云南淡水湖泊原核生物多样性的比较 | 第48-50页 |
| 3.3 滇池与富营养化淡水湖泊原核生物多样性的比较 | 第50页 |
| 4 小结 | 第50-52页 |
| 第三章 好氧反硝化细菌的分离、筛选及分子系统学鉴定 | 第52-67页 |
| 1 材料与方法 | 第52-55页 |
| 1.1 样品采集与保存 | 第52页 |
| 1.2 培养基 | 第52-53页 |
| 1.3 好氧反硝化细菌的富集与分离 | 第53页 |
| 1.4 反硝化细菌的保藏 | 第53页 |
| 1.5 16S rRNA基因序列测定 | 第53-54页 |
| 1.5.1 菌株基因组DNA提取 | 第53页 |
| 1.5.2 16S rRNA基因PCR扩增 | 第53-54页 |
| 1.6 反硝化细菌定性与定量筛选 | 第54-55页 |
| 1.6.1 反硝化细菌复筛培养基 | 第54页 |
| 1.6.2 反硝化定性检测试剂 | 第54页 |
| 1.6.3 反硝化活性检测方法 | 第54-55页 |
| 2 结果 | 第55-65页 |
| 2.1 菌株分离与反硝化活性定性检测结果 | 第55-57页 |
| 2.2 基于16S rRNA基因的分子生物学鉴定及系统发育分析 | 第57-64页 |
| 2.3 反硝化活性定量测定与菌株筛选结果 | 第64-65页 |
| 3 讨论 | 第65-66页 |
| 4 小结 | 第66-67页 |
| 第四章 两株好氧反硝化菌株的鉴定及特性研究 | 第67-86页 |
| 1 材料与方法 | 第67-70页 |
| 1.1 材料 | 第67页 |
| 1.2 菌株的鉴定 | 第67-69页 |
| 1.2.1 菌落形态 | 第67页 |
| 1.2.2 革兰氏染色与透射电镜观察细菌形态 | 第67-68页 |
| 1.2.3 生理生化鉴定 | 第68页 |
| 1.2.4 菌株的分子生物学鉴定 | 第68-69页 |
| 1.2.5 系统进化树构建 | 第69页 |
| 1.3 菌株生长曲线的绘制 | 第69页 |
| 1.4 菌株好氧反硝化特性研究 | 第69-70页 |
| 1.4.1 不同碳源对菌株反硝化活性的影响 | 第69页 |
| 1.4.2 不同C/N对菌株反硝化活性的影响 | 第69-70页 |
| 1.4.3 不同pH对菌株反硝化活性的影响 | 第70页 |
| 1.4.4 不同溶氧对菌株反硝化活性的影响 | 第70页 |
| 1.4.5 不同温度对菌株反硝化活性的影响 | 第70页 |
| 1.5 菌株对模拟高硝氮废水的反硝化能力研究 | 第70页 |
| 2 结果 | 第70-83页 |
| 2.1 菌株的形态学观察 | 第70-71页 |
| 2.2 生理生化试验结果 | 第71-72页 |
| 2.3 菌株的分子生物学鉴定 | 第72-74页 |
| 2.4 生长曲线的测定 | 第74-75页 |
| 2.5 不同碳源对菌株反硝化特性的影响 | 第75-76页 |
| 2.6 不同C/N对菌株反硝化活性的影响 | 第76-77页 |
| 2.7 不同pH对菌株反硝化活性的影响 | 第77-78页 |
| 2.8 不同溶氧对菌株反硝化活性的影响 | 第78-79页 |
| 2.9 不同温度对菌株反硝化活性的影响 | 第79-80页 |
| 2.10 菌株好氧反硝化活性初步评价 | 第80-82页 |
| 2.11 菌株对模拟高硝氮废水的脱氮效果 | 第82-83页 |
| 3 讨论 | 第83-84页 |
| 4 小结 | 第84-86页 |
| 总结与展望 | 第86-88页 |
| 1 总结 | 第86-87页 |
| 2 展望 | 第87-88页 |
| 参考文献 | 第88-100页 |
| 攻读硕士学位期间发表的学术论文 | 第100-101页 |
| 致谢 | 第101页 |
