| 中文摘要 | 第3-5页 |
| ABSTRACT | 第5-7页 |
| 中英缩写参照表 | 第12-13页 |
| 第1章 前言 | 第13-41页 |
| 1.1 肺癌简介 | 第13-20页 |
| 1.1.1 肺癌的基本资料 | 第13页 |
| 1.1.2 肺癌的研究进展 | 第13-15页 |
| 1.1.3 高通量测序简介及其应用 | 第15-17页 |
| 1.1.4 癌基因的研究进展 | 第17-19页 |
| 1.1.5 癌基因数据库(TSGene)的介绍 | 第19-20页 |
| 1.2 MLL2与实体肿瘤 | 第20-22页 |
| 1.2.1 MLL2的结构与功能 | 第20-21页 |
| 1.2.2 MLL2与实体肿瘤 | 第21-22页 |
| 1.3 肺癌的生物信息学分析 | 第22页 |
| 1.4 基因芯片技术 | 第22-25页 |
| 1.4.1 微阵列 | 第22-24页 |
| 1.4.2 基因芯片的应用 | 第24-25页 |
| 1.5 Affymetrix的基因芯片数据 | 第25-28页 |
| 1.5.1 Affymetrix基因芯片的设计-HG-U133 | 第25-27页 |
| 1.5.2 常见的微阵列数据分析软件 | 第27-28页 |
| 1.6 基因芯片数据的处理方法 | 第28-33页 |
| 1.6.1 探针水平数据的获得 | 第28-29页 |
| 1.6.2 数据的预处理 | 第29-30页 |
| 1.6.3 差异基因表达的微阵列筛选 | 第30-33页 |
| 1.7 R/Bioconductor的使用 | 第33-39页 |
| 1.7.1 引言 | 第33-36页 |
| 1.7.2 获取基因芯片的数据 | 第36-37页 |
| 1.7.3 微阵列数据的预处理 | 第37-38页 |
| 1.7.4 筛选差异表达基因 | 第38页 |
| 1.7.5 基因富集分析 | 第38-39页 |
| 1.7.6 分析通路和生物网络 | 第39页 |
| 1.8 研究的目的，内容以及意义 | 第39-41页 |
| 1.8.1 目的及意义 | 第39页 |
| 1.8.2 主要内容 | 第39-40页 |
| 1.8.3 原创性 | 第40-41页 |
| 第2章 含MLL2基因片段真核表达载体的构建及在A549肺癌细胞中的表达验证 | 第41-49页 |
| 2.1 材料与方法 | 第41-44页 |
| 2.1.1 细胞，质粒和菌株 | 第41页 |
| 2.1.2 试剂 | 第41-42页 |
| 2.1.3 总细胞RNA | 第42页 |
| 2.1.4 引物设计 | 第42页 |
| 2.1.5 RT-PCR | 第42页 |
| 2.1.6 稳定转染株验证 | 第42-43页 |
| 2.1.7 转染 | 第43页 |
| 2.1.8 鉴定转染细胞 | 第43-44页 |
| 2.2 结果 | 第44-47页 |
| 2.2.1 总RNA纯度 | 第44页 |
| 2.2.2 PCR产物 | 第44-45页 |
| 2.2.3 验证目的质粒 | 第45页 |
| 2.2.4 转染细胞的鉴定 | 第45-47页 |
| 2.3 讨论 | 第47-49页 |
| 第3章 过表达MLL2对肺癌细胞系生物学行为的影响 | 第49-58页 |
| 3.1 材料与方法 | 第49-52页 |
| 3.1.1 材料和细胞株 | 第49页 |
| 3.1.2 方法 | 第49-52页 |
| 3.2 结果 | 第52-56页 |
| 3.2.1 FQ-PCR检测MLL2，PKR和MMP-2 基因的表达 | 第52-53页 |
| 3.2.2 MTT法检测增殖 | 第53页 |
| 3.2.3 集落形成实验 | 第53页 |
| 3.2.4 Transwell小室检测细胞迁移和侵袭力 | 第53-54页 |
| 3.2.5 粘附测试 | 第54-55页 |
| 3.2.6 Western Blot检测MLL2， MMP-2，PKR和p-PKR | 第55-56页 |
| 3.3 讨论 | 第56-58页 |
| 第4章 MLL2通过调控H3k4的去甲基化作用影响肺癌A549细胞的发展 | 第58-63页 |
| 4.1 材料和方法 | 第58-59页 |
| 4.1.1 细胞培养和转染 | 第58-59页 |
| 4.1.2 Western Blot | 第59页 |
| 4.1.3 免疫荧光 | 第59页 |
| 4.2 结果 | 第59-61页 |
| 4.2.1 Western Blot | 第59-60页 |
| 4.2.2 免疫荧光 | 第60-61页 |
| 4.3 讨论 | 第61-63页 |
| 第5章 肺癌相关基因芯片数据的分析 | 第63-79页 |
| 5.1 背景 | 第63-64页 |
| 5.2 实验数据的获取与导入 | 第64-65页 |
| 5.2.1 实验数据的选择与获取 | 第64页 |
| 5.2.2 实验数据导入Bioconductor平台 | 第64-65页 |
| 5.3 预处理前的数据质控 | 第65-72页 |
| 5.3.1 通过数据可视化实现显示芯片的质量控制 | 第65-72页 |
| 5.3.2 arrayQualityMetrics芯片质量控制 | 第72页 |
| 5.4 Bioconductor中GSE48899芯片数据的预处理 | 第72页 |
| 5.5 标准化后数据的质控 | 第72-73页 |
| 5.6 差异表达基因的检测 | 第73-75页 |
| 5.7 差异表达基因的注释与基因本体学 | 第75-76页 |
| 5.8 聚类分析 | 第76-77页 |
| 5.9 讨论 | 第77-78页 |
| 5.10 小结 | 第78-79页 |
| 第6章 全文总结 | 第79-80页 |
| 致谢 | 第80-81页 |
| 参考文献 | 第81-90页 |
| 攻读学位期间的研究成果 | 第90-91页 |
| 综述 | 第91-102页 |
| 参考文献 | 第99-102页 |
