| 摘要 | 第1-7页 |
| ABSTRACT | 第7-14页 |
| 第一章 文献综述 | 第14-34页 |
| ·松材线虫和拟松材线虫概况 | 第14-17页 |
| ·松材线虫和拟松材线虫分类地位及形态特征 | 第14页 |
| ·松材线虫和拟松材线虫的生活史 | 第14-15页 |
| ·松材线虫致病机理 | 第15-16页 |
| ·松材线虫的致病性分化 | 第16-17页 |
| ·松材线虫和拟松材线虫的危害 | 第17-18页 |
| ·松材线虫和拟松材线虫与伴生真菌的关系 | 第18-19页 |
| ·病木中松材线虫伴生真菌种类 | 第18页 |
| ·伴生真菌维持松材线虫侵染循环 | 第18页 |
| ·伴生真菌为松材线虫和拟松材线虫提供食料 | 第18-19页 |
| ·伴生真菌调控松材线虫繁殖和种群结构 | 第19页 |
| ·伴生细菌与松材线虫的关系 | 第19-21页 |
| ·松材线虫与细菌伴生是生态现象 | 第19页 |
| ·松材线虫伴生细菌种类 | 第19-20页 |
| ·伴生细菌可能参与松材线虫致病 | 第20-21页 |
| ·松材线虫和伴生细菌相互促进繁殖 | 第21页 |
| ·松材线虫可能从伴生细菌获得功能基因 | 第21页 |
| ·其他种类线虫与细菌的共生关系 | 第21-24页 |
| ·昆虫病原线虫与细菌共生关系 | 第21-23页 |
| ·植物病原线虫与细菌共生关系 | 第23-24页 |
| ·微生物多样性研究进展 | 第24-29页 |
| ·16SrDNA 技术 | 第24-26页 |
| ·宏基因组技术 | 第26-29页 |
| ·微生物群落代谢途径重建 | 第29-30页 |
| ·科学问题的提出 | 第30-31页 |
| ·研究的目的和意义 | 第31-34页 |
| 第二章 松材线虫-伴生细菌Fosmid 文库构建及特征分析 | 第34-46页 |
| ·材料与方法 | 第34-40页 |
| ·松材线虫培养及收集 | 第34页 |
| ·松材线虫伴生细菌富集及DNA 提取 | 第34-35页 |
| ·松材线虫伴生细菌Fosmid 文库构建 | 第35-39页 |
| ·克隆插入片段大小检测 | 第39-40页 |
| ·克隆稳定性检测 | 第40页 |
| ·末端测序 | 第40页 |
| ·结果与分析 | 第40-43页 |
| ·松材线虫-伴生细菌富集和DNA 提取 | 第40-41页 |
| ·Fosmid 文库构建 | 第41页 |
| ·Fosmid 文库插入片段大小检测 | 第41-42页 |
| ·松材线虫伴生细菌Fosmid 文库稳定性检测 | 第42页 |
| ·末端测序分析 | 第42-43页 |
| ·讨论 | 第43-46页 |
| 第三章 松材线虫伴生细菌多样性的宏基因组分析 | 第46-58页 |
| ·材料方法 | 第46-50页 |
| ·松材线虫培养及收集 | 第46页 |
| ·松材线虫和伴生细菌总DNA 提取 | 第46-47页 |
| ·16SrDNA 基因文库构建 | 第47-49页 |
| ·测序结果手工处理 | 第49页 |
| ·分类和丰度分析 | 第49-50页 |
| ·构建系统发育树 | 第50页 |
| ·454 测序结果物种分析 | 第50页 |
| ·核酸序列登陆号 | 第50页 |
| ·结果 | 第50-55页 |
| ·16SrDNA 基因文库分析伴生细菌多样性 | 第50-52页 |
| ·454 测序分析伴生细菌多样性 | 第52页 |
| ·两种方法细菌多样性比较 | 第52-55页 |
| ·讨论 | 第55-58页 |
| 第四章 不同地理种群、致病类群松材线虫伴生细菌多样性分析 | 第58-73页 |
| ·材料和方法 | 第58-60页 |
| ·松材线虫样品来源 | 第58-59页 |
| ·无菌松材线虫获得 | 第59页 |
| ·无菌松材线虫和带菌松材线虫种群数量比较 | 第59页 |
| ·松材线虫伴生细菌培养法分离 | 第59页 |
| ·松材线虫和伴生细菌DNA 提取 | 第59页 |
| ·16SrDNA 基因克隆和文库构建 | 第59页 |
| ·16SrDNA 基因序列分析和构建系统发育进化树 | 第59页 |
| ·文库间微生物群落结构差异比较 | 第59-60页 |
| ·数据统计分析 | 第60页 |
| ·核酸序列登陆号 | 第60页 |
| ·结果分析 | 第60-71页 |
| ·无菌松材线虫和野生型松材线虫繁殖数量比较 | 第60-61页 |
| ·5 个种群松材线虫可培养细菌多样性 | 第61页 |
| ·5 个种群松材线虫16SrDNA 基因文库细菌多样性 | 第61-67页 |
| ·M 型松材线虫和R 型松材线虫伴生细菌多样性比较 | 第67-69页 |
| ·入侵种群和土著种群松材线虫伴生细菌多样性比较 | 第69-70页 |
| ·土著种群 R 型和M 型松材线虫伴生细菌多样性比较 | 第70-71页 |
| ·讨论 | 第71-73页 |
| 第五章 松材线虫伴生细菌宏基因组代谢途径分析 | 第73-91页 |
| ·材料与方法 | 第73-75页 |
| ·松材线虫伴生细菌富集及DNA 提取 | 第73页 |
| ·松材线虫伴生细菌DNA 宏基因组测序 | 第73-74页 |
| ·伴生细菌宏基因组序列拼装、物种分类和基因功能注释 | 第74页 |
| ·伴生细菌宏基因组KEGG 代谢途径注释 | 第74-75页 |
| ·结果分析 | 第75-89页 |
| ·宏基因组序列拼装及基因预测 | 第75页 |
| ·Contig 物种分类 | 第75-78页 |
| ·ORF 的COG（Cluster of Orthologous Groups of proteins）功能注释 | 第78页 |
| ·KEGG 分析ORF 参与代谢途径 | 第78-89页 |
| ·讨论 | 第89-91页 |
| 第六章 拟松材线虫伴生细菌多样性分析 | 第91-101页 |
| ·材料与方法 | 第91-92页 |
| ·拟松材线虫样品来源 | 第91页 |
| ·拟松材线虫伴生细菌分离培养 | 第91页 |
| ·可培养细菌代谢特征 | 第91-92页 |
| ·无菌拟松材线虫获得 | 第92页 |
| ·无菌拟松材线虫和带菌拟松材线虫种群繁殖数量比较 | 第92页 |
| ·拟松材线虫和伴生细菌DNA 提取 | 第92页 |
| ·PCR 扩增16SrDNA 基因和克隆文库构建 | 第92页 |
| ·16SrDNA 测序分析 | 第92页 |
| ·统计分析 | 第92页 |
| ·核酸序列登陆 | 第92页 |
| ·结果分析 | 第92-99页 |
| ·无菌拟松材线虫和带菌拟松材线虫种群数量比较 | 第92-93页 |
| ·拟松材线虫可培养伴生细菌多样性 | 第93-94页 |
| ·拟松材线虫伴生细菌16SrDNA 基因文库细菌多样性 | 第94-96页 |
| ·可培养细菌的代谢特性 | 第96-99页 |
| ·讨论 | 第99-101页 |
| 第七章 拟松材线虫伴生细菌宏基因组代谢途径分析 | 第101-114页 |
| ·材料与方法 | 第101-102页 |
| ·拟松材线虫来源与培养 | 第101页 |
| ·拟松材线虫伴生细菌富集及DNA 提取 | 第101页 |
| ·拟松材线虫伴生细菌DNA 宏基因组测序 | 第101页 |
| ·拟松材线虫DNA 提取 | 第101页 |
| ·拟松材线虫基因组测序 | 第101页 |
| ·伴生细菌宏基因组序列拼装、物种分类和基因功能注释 | 第101页 |
| ·KEGG 代谢途径注释 | 第101-102页 |
| ·结果与分析 | 第102-112页 |
| ·宏基因组序列拼装及基因预测 | 第102页 |
| ·Contig 物种分类 | 第102-105页 |
| ·伴生细菌宏基因组ORF 的COG 功能注释 | 第105页 |
| ·KEGG 分析ORF 参与代谢通路 | 第105-112页 |
| ·讨论 | 第112-114页 |
| 第八章 结论 | 第114-115页 |
| 参考文献 | 第115-125页 |
| 致谢 | 第125-126页 |
| 作者简介 | 第126页 |
| 在读期间发表和撰写的论文 | 第126页 |
