| 前言 | 第4-6页 |
| 中文摘要 | 第6-8页 |
| Abstract | 第8-11页 |
| 第一章 绪论——植物NBS类抗病基因的研究进展 | 第16-56页 |
| 1.1 引言——植物对病原菌的防御体系 | 第16-18页 |
| 1.1.1 植物免疫系统的细胞外防御 | 第16-17页 |
| 1.1.2 植物免疫系统的细胞内防御 | 第17-18页 |
| 1.2 植物抗病基因的分类及NBS类基因的结构特征 | 第18-27页 |
| 1.2.1 植物抗病基因的鉴定及分类 | 第18-23页 |
| 1.2.2 NBS类基因的结构特征 | 第23-27页 |
| 1.3 植物NBS类抗病基因识别病原的机制 | 第27-31页 |
| 1.3.1 直接识别模式 | 第27-28页 |
| 1.3.2 间接识别模式 | 第28-29页 |
| 1.3.3 R蛋白的激活模型 | 第29-31页 |
| 1.3.4 R蛋白在细胞中的定位 | 第31页 |
| 1.4 植物NBS类抗病基因家族的起源和演化 | 第31-36页 |
| 1.4.1 植物NBS类抗病基因家族的起源和分化 | 第31-33页 |
| 1.4.2 植物NBS类抗病基因家族的演化模式及机制 | 第33-36页 |
| 1.5 本研究的背景、目的及意义 | 第36-38页 |
| 1.6 参考文献 | 第38-56页 |
| 第二章 十字花科植物中NBS类基因的演化分析 | 第56-78页 |
| 2.1 引言 | 第56-57页 |
| 2.2 材料和方法 | 第57-60页 |
| 2.2.1 数据来源 | 第57页 |
| 2.2.2 NBS编码基因的鉴定和分类 | 第57-58页 |
| 2.2.3 NBS基因在十字花科植物染色体中的定位及成簇分布情况 | 第58-59页 |
| 2.2.4 序列比对和系统演化树的构建 | 第59-60页 |
| 2.2.5 十字花科物种间的共线性分析 | 第60页 |
| 2.3 结果 | 第60-72页 |
| 2.3.1 5个十字花科物种NBS编码基因的鉴定和分类 | 第60-62页 |
| 2.3.2 NBS基因在十字花科植物基因组染色体中的不均匀分布 | 第62-63页 |
| 2.3.3 5种十字花科植物中NBS编码基因的成簇分布情况 | 第63-64页 |
| 2.3.4 十字花目nTNL基因分为CNL和RNL两类 | 第64-65页 |
| 2.3.5 TNL和nTNL类基因的不同演化模式 | 第65-69页 |
| 2.3.6 十字花科物种分化的过程中NBS基因的差异性复制和丢失 | 第69-70页 |
| 2.3.7 5个十字花科植物NBS基因位点存在/缺失多样性 | 第70-72页 |
| 2.4 讨论 | 第72-77页 |
| 2.4.1 十字花科植物TNL类基因数目比nTNL类基因多 | 第72-73页 |
| 2.4.2 十字花目nTNL基因包括RNL基因与CNL基因两个姐妹类群 | 第73-74页 |
| 2.4.3 十字花科NBS基因的近期演化以基因丢失为主 | 第74页 |
| 2.4.4 十字花科植物中TNL基因在近期演化中更易丢失 | 第74-75页 |
| 2.4.5 十字花科NBS基因“先扩张后收缩”的长期演化模式 | 第75-77页 |
| 2.5 小结 | 第77-78页 |
| 第三章 豆科植物中NBS类基因的演化分析 | 第78-108页 |
| 3.1 引言 | 第78-80页 |
| 3.2 材料和方法 | 第80-82页 |
| 3.2.1 数据来源 | 第80页 |
| 3.2.2 NBS基因的鉴定和分类 | 第80页 |
| 3.2.3 NBS基因在豆科植物染色体中的定位及成簇分布 | 第80-81页 |
| 3.2.4 序列比对和系统演化树的构建 | 第81页 |
| 3.2.5 物种内和物种间的共线性分析 | 第81页 |
| 3.2.6 NBS基因复制和基因簇的组成分析 | 第81-82页 |
| 3.2.7 豆科植物中己知功能的NBS基因的演化分析 | 第82页 |
| 3.3 结果 | 第82-98页 |
| 3.3.1 NBS基因的鉴定和分类 | 第82-84页 |
| 3.3.2 NBS基因在豆科植物基因组染色体中的分布不均匀 | 第84-85页 |
| 3.3.3 4种豆科植物中NBS编码基因的成簇分布 | 第85-88页 |
| 3.3.4 RNL类基因在系统演化关系中的分支情况 | 第88-92页 |
| 3.3.5 豆科物种分化的过程中NBS基因的差异性复制和丢失 | 第92-93页 |
| 3.3.6 NBS基因的复制形式以及它们在豆科NBS基因扩张过程中的相对贡献 | 第93-96页 |
| 3.3.7 4个豆科植物NBS基因位点的整合图谱 | 第96-98页 |
| 3.4 讨论 | 第98-107页 |
| 3.4.1 豆科植物基因组中nTNL类基因数目比TNL类基因多 | 第98-99页 |
| 3.4.2 RNL类基因在系统分化关系上是一个古老的NBS分支 | 第99页 |
| 3.4.3 差异性的基因丢失和复制是NBS基因数目演化的两类主要因素 | 第99-101页 |
| 3.4.4 部分豆科NBS基因家族呈保守的演化方式 | 第101-102页 |
| 3.4.5 豆科植物中NBS基因扩张的主要形式是局部串联重复 | 第102-103页 |
| 3.4.6 多个豆科功能NBS基因通常来源于活跃的NBS基因家族 | 第103-104页 |
| 3.4.7 大豆Rpg1-b是来源于Rsv1和另一个同源基因13g26310的重组基因 | 第104-107页 |
| 3.5 小结 | 第107-108页 |
| 第四章 被子植物NBS类基因的演化分析 | 第108-123页 |
| 4.1 引言 | 第108-109页 |
| 4.2 材料和方法 | 第109-110页 |
| 4.2.1 数据来源 | 第109页 |
| 4.2.2 NBS编码基因的鉴定 | 第109-110页 |
| 4.2.3 序列比对和系统演化树分析 | 第110页 |
| 4.3 结果 | 第110-119页 |
| 4.3.1 无油樟基因组中NBS编码基因的鉴定及分类 | 第110-111页 |
| 4.3.2 香蕉、水稻、葡萄和番茄基因组中NBS编码基因的数目 | 第111-112页 |
| 4.3.3 被子植物中RNL与CNL基因的系统演化分析 | 第112-113页 |
| 4.3.4 7个代表性被子植物中的NBS基因对其共同祖先基因的继承情况 | 第113-116页 |
| 4.3.5 被子植物在其不同演化阶段NBS基因的扩张情况 | 第116-119页 |
| 4.4 讨论 | 第119-122页 |
| 4.4.1 NBS基因在早期被子植物中的存在情况 | 第119-120页 |
| 4.4.2 RNL与CNL基因的系统演化关系 | 第120-121页 |
| 4.4.3 被子植物中nTNL和TNL基因的特异性复制现象 | 第121-122页 |
| 4.5 小结 | 第122-123页 |
| 参考文献 | 第123-130页 |
| 全文结论 | 第130-132页 |
| 致谢 | 第132-134页 |
| 攻读博士期间已发表和待发表的论文 | 第134-136页 |
| 附录A | 第136-165页 |
| 附录B | 第165-187页 |
