| 摘要 | 第5-6页 |
| ABSTRACT | 第6页 |
| 第一章 理论基础 | 第10-25页 |
| §1.1 量子化学基本理论简介 | 第10-16页 |
| §1.1.1 从头计算Hartree-Fock理论 | 第10-13页 |
| §1.1.2 几种主要的半经验分子轨道方法 | 第13-14页 |
| §1.1.3 密度泛函理论(DFT) | 第14-16页 |
| §1.2 QM/MM计算方法 | 第16-21页 |
| §1.2.1 QM-MM分区 | 第17页 |
| §1.2.2 QM和MM方法的选取 | 第17-18页 |
| §1.2.3 MM区能量表达式 | 第18页 |
| §1.2.4 QM/MM能量表达式 | 第18-19页 |
| §1.2.5 QMMM边界处理问题 | 第19-21页 |
| §1.3 基组 | 第21-23页 |
| 参考文献 | 第23-25页 |
| 第二章 计算方法 | 第25-43页 |
| §2.1 生物大分子的自由能计算方法 | 第25-31页 |
| §2.1.1 基于TST理论的自由能计算 | 第27-28页 |
| §2.1.2 基于“自由游走”(Free-walk)采样的自由能计算 | 第28-29页 |
| §2.1.3 基于段积分(Segment Integration)的自由能计算 | 第29-30页 |
| §2.1.4 自由能计算面临的两个关键问题 | 第30-31页 |
| §2.2 NEB(Nudged Elastic Band)寻找最小能量路径(MEP)方法 | 第31-38页 |
| §2.2.1 NEB方法的发展历史 | 第32-35页 |
| §2.2.2 NEB方法的实现 | 第35-38页 |
| §2.2.3 小结 | 第38页 |
| §2.3 优化方法 | 第38-41页 |
| 参考文献 | 第41-43页 |
| 第三章 ATP水解反应机制理论计算模拟和研究 | 第43-57页 |
| §3.1 研究背景和意义 | 第43-46页 |
| §3.2 研究方法 | 第46-49页 |
| §3.3 结果和讨论 | 第49-55页 |
| §3.3.1 反应物,过渡态和产物结构 | 第50页 |
| §3.3.2 反应过程中键长键角变化特点 | 第50-53页 |
| §3.3.3 反应过程中能量变化特点 | 第53-55页 |
| 参考文献 | 第55-57页 |
| 第四章 总结与展望 | 第57-58页 |
| 攻读硕士学位期间的论文目录 | 第58-59页 |
| 致谢 | 第59页 |
