| 摘要 | 第5-6页 |
| ABSTRACT | 第6-7页 |
| 縮略词组 | 第10-11页 |
| 第一章 绪论 | 第11-21页 |
| 1.1 蛋白质翻译后修饰(PTM) | 第11-12页 |
| 1.2 蛋白质翻译后修饰相互影响机制 | 第12-14页 |
| 1.3 蛋白质硫化、硝基化和磷酸化修饰 | 第14-17页 |
| 1.3.1 蛋白质硫化修饰 | 第14-15页 |
| 1.3.2 蛋白质硝基化修饰 | 第15-17页 |
| 1.3.3 蛋白质磷酸化修饰 | 第17页 |
| 1.4 生物信息学 | 第17-19页 |
| 1.5 基因组功能研究 | 第19-21页 |
| 1.5.1 Gene Ontology | 第19-20页 |
| 1.5.2 KEGG | 第20-21页 |
| 第二章 研究意义与方案设计 | 第21-23页 |
| 2.1 研究意义和需要解决的问题 | 第21页 |
| 2.2 研究方案设计 | 第21-23页 |
| 第三章 材料与方法 | 第23-36页 |
| 3.1 数据的收集与整理 | 第23-24页 |
| 3.2 GPS 2.2算法 | 第24-28页 |
| 3.2.1 打分策略 | 第24-26页 |
| 3.2.2 性能提高 | 第26-28页 |
| 3.2.2.1 motif长度的筛选(MLS) | 第26-27页 |
| 3.2.2.2 位置权重的训练(WT) | 第27页 |
| 3.2.2.3 氨基酸替换打分矩阵的突变(MaM) | 第27-28页 |
| 3.3 预测性能和稳定性检验 | 第28-31页 |
| 3.3.1 预测性能检验 | 第28-29页 |
| 3.3.2 稳定性检验 | 第29-31页 |
| 3.4 在线数据库和本地软件包的开发 | 第31页 |
| 3.5 显著性统计分析 | 第31-33页 |
| 3.5.1 超几何分布统计分析方法 | 第32页 |
| 3.5.2 Yates卡方检验统计比较方法 | 第32-33页 |
| 3.6 蛋白质相互作用数据库 | 第33-36页 |
| 第四章 结果与讨论 | 第36-55页 |
| 4.1 结果 | 第36-50页 |
| 4.1.1 酪氨酸硫化修饰的位点预测工具GPS-TSP | 第36-38页 |
| 4.1.2 软件性能评估和比较 | 第38-39页 |
| 4.1.3 WebLogo序列分析和DOSS 1.0数据库的构建 | 第39-40页 |
| 4.1.4 系统性的分析酪氨酸硫化和硝基化修饰功能的差别 | 第40-42页 |
| 4.1.5 系统性的分析酪氨酸硫化、硝基化和磷酸化修饰之间的原位相互影响 | 第42-50页 |
| 4.1.5.1 硫化-硝基化倾向不发生,硫化-磷酸化和硝基化-磷酸化倾向发生原位相互影响 | 第42-44页 |
| 4.1.5.2 硫化-磷酸化和硝基化-磷酸化原位相互影响倾向作用于不同的生物学途径和功能 | 第44页 |
| 4.1.5.3 原位相互影响与蛋白质的一级序列、二级结构、三维空间和细胞亚定位的关系 | 第44-46页 |
| 4.1.5.4 酪氨酸修饰原位相互影响显著分布于磷酸化网络中相互作用较紧密区域 | 第46-48页 |
| 4.1.5.5 酪氨酸修饰原位相互影响与多种遗传疾病和癌症有关 | 第48-50页 |
| 4.2 讨论 | 第50-55页 |
| 参考文献 | 第55-62页 |
| 致谢 | 第62-63页 |
