| 摘要 | 第4-7页 |
| Abstract | 第7-9页 |
| 中英文缩略词对照表 | 第13-14页 |
| 第1篇 综述 | 第14-34页 |
| 第1章 体细胞重编程方法的起源与进展 | 第14-24页 |
| 1.1 体细胞核移植（SCNT）方法 | 第14-15页 |
| 1.2 细胞融合方法 | 第15-16页 |
| 1.3 细胞提取物介导的体细胞重编程 | 第16页 |
| 1.4 转录因子介导的iPSCs技术 | 第16-24页 |
| 1.4.1 IPS细胞在疾病模型中的应用于进展 | 第16-20页 |
| 1.4.2 IPS细胞在再生医学与药物筛选中的应用于进展 | 第20-24页 |
| 第2章 体细胞重编程的机制 | 第24-28页 |
| 2.1 基因表达的表观影响 | 第24页 |
| 2.1.1 DNA甲基化 | 第24页 |
| 2.1.2 组蛋白修饰 | 第24页 |
| 2.2 非编码RNA | 第24-25页 |
| 2.3 染色质重塑 | 第25-26页 |
| 2.4 lncRNA-染色质内环结构-干性基因调控 | 第26-28页 |
| 第3章 CRISPR-Cas9研究进展 | 第28-34页 |
| 3.1 CRISPR-Cas9在生命科学中的应用 | 第28-32页 |
| 3.1.1 CRISPR-Cas9用于清除特定基因 | 第28-30页 |
| 3.1.2 CRISPR-Cas9用于筛选基因文库 | 第30-32页 |
| 3.2 为改进方法对CRISPR-Cas9做的改造 | 第32-34页 |
| 第2篇 实验部分 | 第34-94页 |
| 第1章 仪器与材料 | 第34-42页 |
| 1.1 细胞 | 第34页 |
| 1.2 质粒 | 第34页 |
| 1.3 仪器与耗材 | 第34-35页 |
| 1.4 细胞培养试剂 | 第35-36页 |
| 1.5 试剂及主要试剂的配置： | 第36-42页 |
| 第2章 实验方法 | 第42-62页 |
| 2.1 细胞培养 | 第42页 |
| 2.2 RNA提取及c DNA合成 | 第42-44页 |
| 2.3 DNA提取 | 第44页 |
| 2.4 质粒的构建 | 第44-46页 |
| 2.4.1 Lenti-Cas9质粒 | 第44-46页 |
| 2.4.2 ES-pMD2.G质粒 | 第46页 |
| 2.5 慢病毒包装 | 第46-48页 |
| 2.6 细胞的慢病毒感染及筛选 | 第48-49页 |
| 2.7 Cas9IP方法 | 第49-53页 |
| 2.7.1 细胞的收集与固定 | 第49页 |
| 2.7.2 超声破碎细胞 | 第49页 |
| 2.7.3 Cas9-gRNA与特异性抗体的结合 | 第49-50页 |
| 2.7.4 Cas9-gRNA与Protein A/G磁珠结合与洗脱 | 第50页 |
| 2.7.5 Cas9-gRNA蛋白复合物的解交联 | 第50-51页 |
| 2.7.6 DNA的提纯 | 第51页 |
| 2.7.7 样品质量的初步验证 | 第51-53页 |
| 2.8 建立Cas9IP DNA文库 | 第53-54页 |
| 2.9 RT-Cas9IP方法 | 第54-60页 |
| 2.9.1 细胞的收集与固定 | 第54页 |
| 2.9.2 细胞内逆转录合成cDNA | 第54-55页 |
| 2.9.3 超声破碎细胞 | 第55页 |
| 2.9.4 Cas9-gRNA与特异性抗体的结合 | 第55-56页 |
| 2.9.5 Cas9-gRNA与Protein A/G磁珠结合与洗脱 | 第56页 |
| 2.9.6 Cas9-gRNA生物素-亲和素结合 | 第56-57页 |
| 2.9.7 Cas9-gRNA蛋白复合物的解交联 | 第57页 |
| 2.9.8 DNA的提纯 | 第57-58页 |
| 2.9.9 样品质量的初步验证 | 第58-60页 |
| 2.10 建立RT-Cas9IP DNA文库 | 第60-62页 |
| 第3章 实验结果与分析 | 第62-88页 |
| 3.1 细胞培养结果 | 第62页 |
| 3.2 cDNA合成结果 | 第62-63页 |
| 3.3 DNA提取结果 | 第63页 |
| 3.4 质粒的构建结果 | 第63-65页 |
| 3.5 慢病毒包装，病毒感染及筛选结果 | 第65-66页 |
| 3.6 CasIP结果 | 第66-68页 |
| 3.6.1 细胞的固定与超声破碎 | 第66页 |
| 3.6.2 抗体孵育与免疫共沉淀 | 第66-68页 |
| 3.7 DNA ChIP-seq结果 | 第68-80页 |
| 3.7.1 ChIP-seq测序总体结果 | 第68-74页 |
| 3.7.2 Sox2与Oct4基因的染色质间（inter-chromosomal）相互连接作用 | 第74-76页 |
| 3.7.3 Sox2基因在重编程中形成特异启动子—增强子染色质内环（intra-chromosomal looping）结构 | 第76-79页 |
| 3.7.4 Oct4基因在重编程中形成特异启动子-增强子染色质内环（intra-chromosomal looping）结构 | 第79-80页 |
| 3.8 RT-CasIP筛查与多能基因启动子结合的 IncRNA | 第80-88页 |
| 第4章 讨论 | 第88-92页 |
| 第5章 结论 | 第92-94页 |
| 参考文献 | 第94-106页 |
| 作者简介及在学期间所取得的科研成果 | 第106-108页 |
| 致谢 | 第108页 |
