| ABSTRACT | 第4-7页 |
| Chapter 1 Introduction | 第11-76页 |
| 1.1. Gastric cancer epidemiology | 第11-12页 |
| 1.2. Genetic variations and gastric cancer risk | 第12-13页 |
| 1.3. Reactive oxygen species(ROS) | 第13-19页 |
| 1.3.1. Biochemistry of reactive oxygen specics(ROS) | 第14-16页 |
| 1.3.2. Role of ROS in the development of human cancer | 第16-18页 |
| 1.3.3. Reactive oxygen species(ROS)and DNA repair | 第18-19页 |
| 1.4. Base Excision Repair(BER) | 第19-26页 |
| 1.4.1. Basic mechanisms for base excision repair(BER) | 第20-22页 |
| 1.4.2. Role of DNA glycosylases in BER | 第22-24页 |
| 1.4.3. BER in Mitochondria | 第24-26页 |
| 1.5. Genotyping of single nucleotide polymorphisms(SNPs) | 第26-42页 |
| 1.5.1. Hybridization based methods | 第27-31页 |
| 1.5.1.1. Dynamic allele-specific hybridization(DASH) | 第28页 |
| 1.5.1.2. Molecular beacons | 第28-29页 |
| 1.5.1.3. TaqMan assay | 第29-30页 |
| 1.5.1.4. SNP microarrays | 第30-31页 |
| 1.5.2. Enzyme based methods | 第31-35页 |
| 1.5.2.1. Restriction fragment length polymorphism(RFLP) | 第31-32页 |
| 1.5.2.2. Primer extension | 第32-34页 |
| 1.5.2.3. Sequenom's iPLEX SNP genotyping | 第34页 |
| 1.5.2.4. SNP detection based on magnetic nanoparticles array and dual-color single base extension | 第34-35页 |
| 1.5.3. Allele-specific ligation | 第35-38页 |
| 1.5.3.1. Pyrosequencing | 第36-37页 |
| 1.5.3.2. Illumina Infinium assay | 第37-38页 |
| 1.5.4. Single strand conformation polymorphism(SSCP) | 第38-39页 |
| 1.5.5. Temperature gradient gel electrophoresis(TGGE) | 第39-40页 |
| 1.5.6. Denaturing high performance liquid chromatography(DHPLC) | 第40-42页 |
| 1.6. Single Nucleotide Polymorphisms(SNPs) | 第42-55页 |
| 1.6.1. Apurinic/apyrimidinic endonuclease 1(APE 1) | 第42-46页 |
| 1.6.1.1. Mechanisms of action of APE1 | 第42-44页 |
| 1.6.1.2. Role of APE1 variants in carcinogenesis | 第44-45页 |
| 1.6.1.3. APE1 SNPs and cancer risk | 第45-46页 |
| 1.6.2. Nei-like 2(NEIL2) | 第46-48页 |
| 1.6.2.1. Mechanism of action of NEIL2 in DNA repair | 第47页 |
| 1.6.2.2. NETL2 SNP(rs804270) | 第47-48页 |
| 1.6.3. Mouse Double Minute 2 gene(MDM2) | 第48-51页 |
| 1.6.3.1. Mechanism of action of MDM2 | 第49-50页 |
| 1.6.3.2. MDM2 SNP(rs2279744) | 第50-51页 |
| 1.6.4. CYP2E1 | 第51-55页 |
| 1.6.4.1. C-1053C-T(RsaI)SNP(rs 2031920) | 第53-54页 |
| 1.6.4.2. CYP2E1 SNP(rs2480256) | 第54-55页 |
| Chapter 1 summary | 第55-56页 |
| REFERENCES | 第56-76页 |
| Chapter 2 Materials and Instruments | 第76-90页 |
| 2.1. Materials | 第76-80页 |
| 2.1.1. Chemicals,reagents,primers,and probes | 第76页 |
| 2.1.2. DNA Extraction | 第76-78页 |
| 2.1.3. Total RNA extraction | 第78-80页 |
| 2.2. Preparation and Characterization of Magnetic Nanomaterials | 第80-87页 |
| 2.2.1. Preparation and characterization of Fe_3O_4 magnetic nanoparticles(MNPs) | 第80-81页 |
| 2.2.2. Preparation and characterization of SiO_2@Fe_3O_4 core-shell MNPs | 第81-82页 |
| 2.2.3. Preparation and characterization of three-layer core-shell Fe_3O_4@SiO_2@Au MNPs | 第82-87页 |
| 2.3. Instruments | 第87-88页 |
| Chapter 2 summary | 第88-89页 |
| REFERENCES | 第89-90页 |
| Chapter 3 Genetic Polymorphisms and Gastric Cancer Risk in Northern Jiangsu(China)Based on Magnetic Nanomaterials Genotyping | 第90-103页 |
| 3.1. NEIL2(rs804270)SNP genotyping using single base extension(SBE)assay based on core-shellFe_3O_4@SiO_2@Au MNPs | 第90-91页 |
| 3.2. Functionalization and immobilization of Fe_3O_4@SiO_2@Au MNPs with streptavidin | 第91-93页 |
| 3.3. NEIL2 PCR and SBE genotyping reactions | 第93-98页 |
| Chapter 3 summary | 第98页 |
| REFERENCES | 第98-103页 |
| Chapter 4 Genetic Polymorphisms and Gastric Cancer Risk in Northern Jiangsu(China)Based onRT-PCR Genotyping Technique | 第103-131页 |
| 4.1. TaqMan RT-PCR SNP genotyping assay | 第103-105页 |
| 4.2. Statistical analysis | 第105-109页 |
| 4.3. Frequency distribution of genotypes among gastric cancer cases and controls | 第109-110页 |
| 4.4. Association of genotypes and gastric cancer risk | 第110-112页 |
| 4.5. NEIL2(rs804270)SNP and its association with susceptibility to gastric cancer | 第112-116页 |
| 4.6. APE1(rs2275008)and its association with susceptibility to gastric cancer | 第116-117页 |
| 4.7. CYP2E1 SNPs and their association with susceptibility to gastric cancer | 第117-119页 |
| 4.8. MDM2 SNP(rs2279744)and its association with susceptibility to gastric cancer | 第119-121页 |
| 4.9. SYBR Green Ⅰ(?)Quantitative Real-time PCR(qPCR) | 第121-122页 |
| 4.10. Differential expression of NEIL2 mRNA among NEIL2 genotypes | 第122-125页 |
| Chapter 4 summary | 第125页 |
| REFERENCES | 第125-131页 |
| Chapter 5 Conclusion and Prospective | 第131-133页 |
| Appendix | 第133-135页 |
| ACKNOWLEDGEMENTS | 第135-137页 |
