| 摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 第一章 文献综述 | 第12-37页 |
| 1.1 真核生物的基因结构 | 第12-19页 |
| 1.1.1 真核生物中外显子-内含子的结构特征 | 第13页 |
| 1.1.2 真核生物和原核生物在基因结构上的比较 | 第13-15页 |
| 1.1.3 真核生物中外显子-内含子的进化研究 | 第15-18页 |
| 1.1.4 鉴别外显子和内含子结构的方法 | 第18-19页 |
| 1.2 真核生物无内含子基因的研究进展 | 第19-28页 |
| 1.2.1 无内含子基因的概念 | 第19页 |
| 1.2.2 无内含子基因在基因组中的比例 | 第19-20页 |
| 1.2.3 无内含子基因的功能研究 | 第20-25页 |
| 1.2.4 无内含子基因的进化研究 | 第25-28页 |
| 1.2.5 关于无内含子基因数据库的研究现状 | 第28页 |
| 1.3 物种特有基因的研究进展 | 第28-32页 |
| 1.3.1 物种特有基因的定义 | 第28-29页 |
| 1.3.2 物种特有基因的功能研究 | 第29-30页 |
| 1.3.3 物种特有基因的起源机制 | 第30-32页 |
| 1.4 生物信息学的研究进展 | 第32-37页 |
| 1.4.1 生物信息学的研究内容 | 第32-33页 |
| 1.4.2 植物基因组测序进展 | 第33-35页 |
| 1.4.3 常用的生物信息学数据库与软件 | 第35-37页 |
| 引言 | 第37-39页 |
| 第二章 禾本科植物无内含子基因的数据库构建 | 第39-62页 |
| 2.1 材料与方法 | 第39-46页 |
| 2.1.1 数据来源 | 第39-40页 |
| 2.1.2 禾本科植物中无内含子基因的鉴定 | 第40页 |
| 2.1.3 对无内含子基因的注释与信息整合 | 第40-43页 |
| 2.1.4 无内含子基因在基因组间的比较 | 第43-44页 |
| 2.1.5 数据库硬件平台的搭建 | 第44-46页 |
| 2.2 结果与分析 | 第46-60页 |
| 2.2.1 数据库简介 | 第46-47页 |
| 2.2.2 数据库功能模块划分 | 第47-57页 |
| 2.2.3 禾本科无内含子基因在基因组间的比较分析 | 第57-60页 |
| 2.3 讨论 | 第60-62页 |
| 第三章 玉米无内含子基因的功能和进化研究 | 第62-83页 |
| 3.1 材料与方法 | 第62-67页 |
| 3.1.1 无内含子基因的数据采集和处理 | 第62-63页 |
| 3.1.2 亚细胞定位预测 | 第63页 |
| 3.1.3 蛋白质相互作用(PPI)网络的构建 | 第63-64页 |
| 3.1.4 玉米无内含子基因在基因组间和基因组内的保守性 | 第64页 |
| 3.1.5 组织表达模式分析 | 第64-67页 |
| 3.1.6 统计检验 | 第67页 |
| 3.2 结果与分析 | 第67-81页 |
| 3.2.1 玉米无内含子基因的鉴定与染色体分布分析 | 第67-69页 |
| 3.2.2 玉米无内含子基因的功能分析 | 第69-75页 |
| 3.2.3 玉米无内含子基因的进化分析 | 第75-78页 |
| 3.2.4 玉米无内含子基因的组织表达模式分析 | 第78-81页 |
| 3.3 讨论 | 第81-83页 |
| 第四章 玉米特有无内含子基因对适应性进化机制的系统性分析 | 第83-91页 |
| 4.1 材料与方法 | 第84-85页 |
| 4.1.1 玉米中特有无内含子基因与进化保守的无内含子基因的数据采集 | 第84页 |
| 4.1.2 染色体分布分析 | 第84页 |
| 4.1.3 序列特征分析 | 第84页 |
| 4.1.4 功能注释分析 | 第84页 |
| 4.1.5 表达模式分析 | 第84页 |
| 4.1.6 单核苷酸多态性分析 | 第84页 |
| 4.1.7 统计检验 | 第84-85页 |
| 4.2 结果与分析 | 第85-89页 |
| 4.2.1 玉米特有无内含子基因的染色体分布分析与比较 | 第85页 |
| 4.2.2 玉米特有无内含子基因的序列特征分析与比较 | 第85-86页 |
| 4.2.3 玉米特有无内含子基因的功能注释分析与比较 | 第86-87页 |
| 4.2.4 玉米特有无内含子基因的表达模式分析与比较 | 第87-88页 |
| 4.2.5 玉米特有无内含子基因的进化速率分析与比较 | 第88-89页 |
| 4.3 讨论 | 第89-91页 |
| 结论 | 第91-92页 |
| 参考文献 | 第92-109页 |
| 附录 | 第109-117页 |
| 致谢 | 第117-118页 |
| 作者简介 | 第118-119页 |
| 博士期间发表的主要研究论文 | 第119页 |
