| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 缩略语 | 第13-14页 |
| 第一章 前言 | 第14-21页 |
| 1 条纹斑竹鲨的研究进展 | 第14页 |
| 2 肝再生的研究进展 | 第14-15页 |
| 3 转录组测序研究进展 | 第15页 |
| 3.1 有参考基因组的转录组测序 | 第15页 |
| 3.2 无参考基因组的转录组测序 | 第15页 |
| 4 micro RNA研究进展 | 第15-19页 |
| 4.1 micro RNA的生物合成和作用机制 | 第15-16页 |
| 4.2 micro RNA的检测方法 | 第16-18页 |
| 4.3 micro RNA的鉴定 | 第18页 |
| 4.4 micro RNA靶基因的预测与鉴定 | 第18-19页 |
| 5 实验方案设计 | 第19-21页 |
| 5.1 实验目的与意义 | 第19页 |
| 5.2 实验内容 | 第19-20页 |
| 5.3 实验流程图 | 第20-21页 |
| 第二章 鲨鱼肝脏 1/3 部分切除再生模型建立 | 第21-22页 |
| 1 材料与试剂 | 第21页 |
| 1.1 材料 | 第21页 |
| 1.2 试剂 | 第21页 |
| 2 方法 | 第21-22页 |
| 2.1 鲨鱼饲养 | 第21页 |
| 2.2 鲨鱼肝脏 1/3 部分切除再生模型建立 | 第21-22页 |
| 第三章 条纹斑竹鲨转录本测序 | 第22-28页 |
| 1 材料与数据库 | 第22页 |
| 2 方法 | 第22-24页 |
| 2.1 c DNA文库构建 | 第22页 |
| 2.2 转录组数据处理基本信息分析 | 第22-24页 |
| 3 结果 | 第24-27页 |
| 3.1 Illumina测序和de novo组装结果 | 第24-25页 |
| 3.2 Unigene的功能注释 | 第25-26页 |
| 3.3 Unigene差异表达分析和功能富集析 | 第26-27页 |
| 4 讨论 | 第27-28页 |
| 第四章 条纹斑竹鲨micro RNA测序 | 第28-36页 |
| 1 材料和数据库 | 第28页 |
| 2 方法 | 第28-31页 |
| 2.1 小RNA库构建及高通量测序 | 第28-29页 |
| 2.2 基本数据分析 | 第29-30页 |
| 2.3 已知micro RNA鉴定与novel micro RNA预测 | 第30页 |
| 2.4 micro RNA高级生物信息学分析 | 第30-31页 |
| 3 结果 | 第31-33页 |
| 3.1 基本信息分析结果 | 第31页 |
| 3.2 已知micro RNA鉴定与novel micro RNA预测 | 第31-32页 |
| 3.3 micro RNA基因簇分析 | 第32页 |
| 3.4 micro RNA差异表达分析和功能富集析 | 第32-33页 |
| 4 讨论 | 第33-36页 |
| 第五章 条纹斑竹鲨差异micro RNA和基因Real-time PCR验证 | 第36-47页 |
| 1 材料与试剂 | 第36-37页 |
| 1.1 材料与仪器 | 第36页 |
| 1.2 试剂 | 第36页 |
| 1.3 试剂配置 | 第36-37页 |
| 2 方法 | 第37-40页 |
| 2.1 micro RNA和Unigene选择 | 第37页 |
| 2.2 Real - Time PCR引物设计 | 第37-38页 |
| 2.3 正常肝组织和再生肝组织中总RNA的提取 | 第38-39页 |
| 2.4 反转录反应 | 第39页 |
| 2.5 肝再生不同时期micro RNA Real-time PC R分析 | 第39-40页 |
| 2.6 Real-time PCR数据处理方法 | 第40页 |
| 3 结果 | 第40-45页 |
| 3.1 总RNA检测结果 | 第40-41页 |
| 3.2 micro RNA和Unigene的Real- time PCR分析结果 | 第41-45页 |
| 4 讨论 | 第45-47页 |
| 第六章 靶基因 3’UTR及突变序列克隆和载体构建 | 第47-56页 |
| 1 材料与试剂 | 第47页 |
| 1.1 菌株 | 第47页 |
| 1.2 载体 | 第47页 |
| 1.3 试剂 | 第47页 |
| 2 实验方法 | 第47-51页 |
| 2.1 构建GSTP、ICA和PRDX 3’UTR | 第47-48页 |
| 2.2 重叠PCR反应引物设计 | 第48-49页 |
| 2.3 候选靶基因 3’UTR突变序列的PC R扩增 | 第49页 |
| 2.4 构建重组载体 | 第49-50页 |
| 2.5 重组质粒的PCR及双酶切鉴定 | 第50-51页 |
| 3 结果 | 第51-55页 |
| 3.1 目的片段PCR获得 | 第51-53页 |
| 3.2 重组质粒的鉴定 | 第53-55页 |
| 3.3 序列测定 | 第55页 |
| 4 讨论 | 第55-56页 |
| 第七章 条纹斑竹鲨差异micro RNA靶基因验证 | 第56-61页 |
| 1 材料与试剂 | 第56页 |
| 1.1 细胞株 | 第56页 |
| 1.2 试剂 | 第56页 |
| 2 方法 | 第56-57页 |
| 2.1 质粒的提取 | 第56页 |
| 2.2 细胞转染 | 第56-57页 |
| 3 结果 | 第57-59页 |
| 3.1 质粒浓度测定 | 第57-58页 |
| 3.2 荧光信号值及数据处理 | 第58-59页 |
| 4 讨论 | 第59-61页 |
| 结论 | 第61-62页 |
| 参考文献 | 第62-67页 |
| 致谢 | 第67页 |
