一株固氮细菌的全基因组分析与其WrbA基因功能的研究
| 摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 第一章 绪论 | 第10-15页 |
| 1.1 生物固氮 | 第10-11页 |
| 1.2 克雷伯氏菌 | 第11页 |
| 1.3 桉树 | 第11-12页 |
| 1.4 WrbA基因 | 第12页 |
| 1.5 细菌的粘附性 | 第12-13页 |
| 1.6 本实验室之前的研究 | 第13-14页 |
| 1.7 研究的目的与意义 | 第14页 |
| 1.8 实验流程 | 第14-15页 |
| 第二章 材料与方法 | 第15-42页 |
| 2.1 实验材料 | 第15-18页 |
| 2.1.1 实验菌株与质粒 | 第15-16页 |
| 2.1.2 引物 | 第16页 |
| 2.1.3 抗生素及其他培养基添加试剂 | 第16-17页 |
| 2.1.4 培养基 | 第17-18页 |
| 2.2 实验仪器 | 第18-19页 |
| 2.3 实验试剂及耗材 | 第19页 |
| 2.4 全基因组测序及生物信息学分析 | 第19-24页 |
| 2.4.1 菌株的活化与验证 | 第19-20页 |
| 2.4.2 细菌基因组DNA的提取 | 第20-22页 |
| 2.4.3 DNA的电泳检测 | 第22-23页 |
| 2.4.4 细菌基因组的全基因组测序 | 第23页 |
| 2.4.5 测序结果的生物信息学分析 | 第23-24页 |
| 2.5 突变菌株MA的功能互补 | 第24-32页 |
| 2.5.1 突变菌株MA的活化与验证 | 第24-25页 |
| 2.5.2 突变菌株MA的功能互补菌株构建流程 | 第25页 |
| 2.5.3 引物的设计 | 第25-26页 |
| 2.5.4 聚合酶链式反应(PCR) | 第26-27页 |
| 2.5.5 PCR产物的回收 | 第27-28页 |
| 2.5.6 质粒的提取 | 第28-29页 |
| 2.5.7 中间载体的构建与保存 | 第29-32页 |
| 2.5.8 互补质粒的构建与保存 | 第32页 |
| 2.5.9 双亲本接合 | 第32页 |
| 2.6 蛋白表达菌株的构建 | 第32-36页 |
| 2.6.1 蛋白表达菌株构建流程 | 第32页 |
| 2.6.2 蛋白表达菌株的构建 | 第32-34页 |
| 2.6.3 蛋白质电泳验证 | 第34-36页 |
| 2.7 粗蛋白酶活性的测定 | 第36-40页 |
| 2.7.1 粗蛋白的提取 | 第36-37页 |
| 2.7.2 酶活的测定 | 第37-40页 |
| 2.8 细菌zeta电位的测量 | 第40-42页 |
| 2.8.1 测量仪器及参数 | 第40页 |
| 2.8.2 菌液的预处理 | 第40页 |
| 2.8.3 Zeta电位的测定流程 | 第40-42页 |
| 第三章 生物信息学分析与预测结果 | 第42-67页 |
| 3.1 全基因组测序结果与分析 | 第42-51页 |
| 3.1.1 全基因组测序概况 | 第42-43页 |
| 3.1.2 基因组组分分析 | 第43-44页 |
| 3.1.3 蛋白质组分分析 | 第44-45页 |
| 3.1.4 菌种确认结果 | 第45-51页 |
| 3.2 突变基因比对结果 | 第51-59页 |
| 3.2.1 突变基因确认 | 第51页 |
| 3.2.2 多序列比对结果 | 第51-58页 |
| 3.2.3 WrbA系统发育树构建结果 | 第58-59页 |
| 3.3 WrbA基因分析结果 | 第59-67页 |
| 3.3.1 等电点、分子质量预测 | 第59页 |
| 3.3.2 蛋白质分子式及不稳定指数预测 | 第59-60页 |
| 3.3.3 信号肽预测 | 第60-61页 |
| 3.3.4 蛋白质亚细胞定位 | 第61页 |
| 3.3.5 磷酸化位点预测 | 第61-62页 |
| 3.3.6 功能位点预测 | 第62-63页 |
| 3.3.7 蛋白质疏水性预测 | 第63页 |
| 3.3.8 无序化特征预测 | 第63-64页 |
| 3.3.9 蛋白质二级结构预测 | 第64-65页 |
| 3.3.10 蛋白质三级结构预测 | 第65-66页 |
| 3.3.11 总结 | 第66-67页 |
| 第四章 MA互补菌株的构建结果 | 第67-72页 |
| 4.1 MA活化与验证结果 | 第67页 |
| 4.2 互补片段的PCR扩增 | 第67-68页 |
| 4.3 中间载体的构建 | 第68页 |
| 4.4 互补质粒的构建 | 第68-70页 |
| 4.4.1 PCR验证 | 第69-70页 |
| 4.5 双亲本接合结果 | 第70-71页 |
| 4.6 结论 | 第71-72页 |
| 第五章 WrbA蛋白表达菌株的构建结果 | 第72-75页 |
| 5.1 WrbA基因的PCR扩增 | 第72页 |
| 5.2 中间载体的构建 | 第72-73页 |
| 5.3 蛋白表达菌株构建 | 第73-75页 |
| 5.3.1 转化结果 | 第73页 |
| 5.3.2 蛋白电泳结果 | 第73-75页 |
| 第六章 酶活性测量结果 | 第75-80页 |
| 6.1 粗蛋白浓度测定结果 | 第75-76页 |
| 6.1.1 标准蛋白曲线 | 第75页 |
| 6.1.2 粗蛋白浓度测定 | 第75-76页 |
| 6.2 NAD(P)H自发氧化测定结果 | 第76页 |
| 6.3 粗蛋白酶活性测量结果 | 第76-77页 |
| 6.4 色氨酸对酶活性的影响 | 第77-78页 |
| 6.5 讨论 | 第78-80页 |
| 第七章 菌体表面电位的测定结果 | 第80-81页 |
| 7.1 Zeta电位测量结果 | 第80页 |
| 7.2 讨论 | 第80-81页 |
| 第八章 全文总结 | 第81-82页 |
| 参考文献 | 第82-89页 |
| 附录 | 第89-90页 |
| 攻读硕士学位期间发表论文情况 | 第90-91页 |
| 致谢 | 第91-92页 |
