| 摘要 | 第1-11页 |
| Abstract | 第11-13页 |
| 第一章 综述 | 第13-24页 |
| 引言 | 第13-14页 |
| 1. 草菇概述 | 第14-16页 |
| ·草菇的形态特征 | 第14页 |
| ·草菇的发育过程 | 第14页 |
| ·草菇的生活条件 | 第14-15页 |
| ·草菇生产中存在的问题 | 第15-16页 |
| 2. 表达谱研究 | 第16-19页 |
| ·基因差异表达技术概述 | 第16-19页 |
| ·m RNA 差异现示技术 | 第16-17页 |
| ·代表性差异分析(representational difference analysis, RDA) | 第17页 |
| ·抑制性消减杂交(suppression subtractive hybridization, SSH) | 第17页 |
| ·基因表达连续性分析(serial analysis of gene expression, SAGE) | 第17-18页 |
| ·DNA 微阵列技术(DNA Microarray) | 第18页 |
| ·数字化全基因组表达谱测序（DGE） | 第18-19页 |
| 3. 测序技术研究进展 | 第19-20页 |
| ·第一代测序技术 | 第19页 |
| ·第二代测序技术 | 第19-20页 |
| ·第三代测序技术 | 第20页 |
| 4. 表达谱数据分析方法 | 第20-23页 |
| ·聚类分析方法 | 第21-22页 |
| ·简单聚类 | 第21页 |
| ·层次聚类法 | 第21-22页 |
| ·K 平均聚类 | 第22页 |
| ·GO 功能分类方法 | 第22-23页 |
| ·pathway 显著性富集分析 | 第23页 |
| 5. 本研究的目的和意义 | 第23-24页 |
| 第二章 草菇试验菌株的构建及鉴定 | 第24-35页 |
| 1. 草菇试验菌株的构建 | 第24-25页 |
| ·实验材料 | 第24页 |
| ·供试菌株 | 第24页 |
| ·培养基 | 第24页 |
| ·实验仪器设备 | 第24页 |
| ·实验方法 | 第24-25页 |
| ·草菇单孢菌株PYd15，PYd21 配对 | 第24页 |
| ·草菇杂交菌株PYd15×PYd21 的纯化 | 第24-25页 |
| ·结果与分析 | 第25页 |
| ·单孢菌株配对结果 | 第25页 |
| ·杂交菌株的纯化 | 第25页 |
| 2. 草菇菌株DNA 提取 | 第25-28页 |
| ·实验材料 | 第25页 |
| ·供试菌株 | 第25页 |
| ·实验设备 | 第25页 |
| ·培养基 | 第25页 |
| ·实验药品 | 第25页 |
| ·实验方法 | 第25-27页 |
| ·草菇杂交菌株PYd15×PYd21 活化 | 第25页 |
| ·菌丝的收集 | 第25-26页 |
| ·草菇菌丝DNA 的提取 | 第26-27页 |
| ·结果与分析 | 第27-28页 |
| ·草菇菌丝的收集分析 | 第27页 |
| ·草菇菌丝DNA 的提取结果 | 第27-28页 |
| 3. RAPD 分子标记验证实验 | 第28-31页 |
| ·实验材料 | 第28页 |
| ·供试材料 | 第28页 |
| ·实验设备 | 第28页 |
| ·实验药品 | 第28页 |
| ·实验方法 | 第28-29页 |
| ·RAPD 引物的选择 | 第28页 |
| ·PCR 扩增反应的体系和程序 | 第28-29页 |
| ·电泳检测 | 第29页 |
| ·结果与分析 | 第29-31页 |
| 4. 出菇验证实验 | 第31-34页 |
| ·实验材料 | 第31-32页 |
| ·供试菌株 | 第31页 |
| ·培养基 | 第31-32页 |
| ·栽培地点及工艺 | 第32页 |
| ·废棉发酵料栽培草菇 | 第32-33页 |
| ·建堆发酵 | 第32页 |
| ·上架消毒灭菌 | 第32页 |
| ·播种 | 第32页 |
| ·发菌管理 | 第32页 |
| ·出菇管理 | 第32-33页 |
| ·出菇结果与分析 | 第33-34页 |
| ·草菇单孢菌株PYd21 出菇结果 | 第33页 |
| ·草菇单孢菌株Pyd15 出菇结果 | 第33页 |
| ·草菇杂交菌株PYd15×PYd21 出菇结果 | 第33-34页 |
| 5. 小结 | 第34-35页 |
| 第三章 草菇总RNA 提取 | 第35-49页 |
| 1. 草菇总RNA 提取技术优化 | 第35-45页 |
| ·实验材料 | 第35页 |
| ·实验前准备工作 | 第35-36页 |
| ·实验设备 | 第36页 |
| ·提取方法 | 第36-43页 |
| ·TaKaRa（大连宝生物公司）RNAisoTM Plus 提取实验 | 第36-38页 |
| ·实验试剂及耗材 | 第36页 |
| ·操作步骤 | 第36-37页 |
| ·RNA 质量检测实验 | 第37-38页 |
| ·结果分析 | 第38页 |
| ·TRIZOL Reagent (invitrogen 公司) 提取实验 | 第38-40页 |
| ·实验试剂与耗材 | 第38页 |
| ·操作步骤 | 第38-40页 |
| ·RNA 质量检测实验 | 第40页 |
| ·结果与分析 | 第40页 |
| ·CTAB 法草菇总RNA 提取实验 | 第40-43页 |
| ·实验试剂与耗材 | 第40-41页 |
| ·操作步骤 | 第41-42页 |
| ·RNA 质量检测实验 | 第42页 |
| ·结果与分析 | 第42-43页 |
| ·分析与讨论 | 第43页 |
| ·pBIOZOL 公司植物总RNA 与CTAB 法对比实验 | 第43-45页 |
| ·主要试剂和材料 | 第43页 |
| ·提取方法 | 第43页 |
| ·总RNA 质量检测 | 第43页 |
| ·结果分析 | 第43-44页 |
| ·小结 | 第44-45页 |
| 2. 草菇不同发育时期子实体菌柄总RNA 提取 | 第45-49页 |
| ·实验材料 | 第45页 |
| ·出菇实验 | 第45页 |
| ·采样方法及样品 | 第45页 |
| ·提取方法 | 第45页 |
| ·总RNA 质量检测 | 第45-46页 |
| ·结果与分析 | 第46-49页 |
| 第四章 数字化全基因组表达谱测序 | 第49-59页 |
| ·实验材料 | 第49页 |
| ·实验流程 | 第49-52页 |
| ·信息分析流程 | 第52-53页 |
| ·测序质量评估 | 第53-54页 |
| ·测序饱和度分析 | 第54-55页 |
| ·Clean tag 拷贝数分布统计 | 第55-56页 |
| ·测序数据生物信息学分析 | 第56-59页 |
| ·基因表达注释 | 第56页 |
| ·差异表达基因的筛选 | 第56-57页 |
| ·差异基因表达模式聚类分析 | 第57-58页 |
| ·Gene Ontology 功能显著性富集分析 | 第58-59页 |
| ·Pathway 显著性富集分析 | 第59页 |
| 第五章 测序数据的后续分析 | 第59-95页 |
| ·草菇不同发育时期转录本分析 | 第59-62页 |
| ·差异基因的表达分析 | 第62-64页 |
| ·生长发育相关蛋白在不同时期的表达情况分析 | 第64-66页 |
| ·差异基因显著富集的GO 功能分类分析 | 第66-71页 |
| ·纽扣期和蛋形期（NbvsDb）显著差异的GO 条目分析 | 第66-69页 |
| ·蛋形期和伸长期（DbvsSb）显著差异的GO 条目分析 | 第69-70页 |
| ·伸长期与成熟期（SbvsCb）显著差异的GO 条目分析 | 第70-71页 |
| ·差异基因显著富集的Pathway 分析 | 第71-92页 |
| ·DNA 复制 | 第71-76页 |
| ·纽扣期和蛋形期比较（NbvsDb） | 第71-73页 |
| ·蛋形期和伸长期比较（DbvsSb） | 第73-75页 |
| ·伸长期和成熟期比较（SbvsCb） | 第75页 |
| ·分析 | 第75-76页 |
| ·Ribosome | 第76-87页 |
| ·蛋形期和伸长期比较（DbvsSb） | 第76-79页 |
| ·纽扣期和伸长期比较（NbvsSb） | 第79-82页 |
| ·纽扣期与成熟期比较（NbvsCb） | 第82-84页 |
| ·蛋形期与成熟期比较（DbvsCb） | 第84-86页 |
| ·分析 | 第86-87页 |
| ·Cell Cycle | 第87-91页 |
| ·蛋形期和伸长期比较（DbvsSb） | 第87-89页 |
| ·分析 | 第89-91页 |
| ·不同发育时期特有转录本分析 | 第91-92页 |
| ·讨论 | 第92-95页 |
| 参考文献 | 第95-99页 |
| 致谢 | 第99页 |
