小菜蛾和腰带长体茧蜂基因的选择性剪接分析
| 摘要 | 第7-9页 |
| ABSTRACT | 第9-10页 |
| 缩略词中英文对照 | 第11-12页 |
| 第一章 文献综述 | 第12-24页 |
| 1 转录组测序技术 | 第12-15页 |
| 1.1 第一代测序技术 | 第12页 |
| 1.2 第二代测序技术 | 第12-14页 |
| 1.3 第三代测序技术 | 第14页 |
| 1.4 测序文件存储格式 | 第14-15页 |
| 2 转录组拼接 | 第15-18页 |
| 2.1 Read前处理 | 第15-16页 |
| 2.2 Read比对 | 第16-17页 |
| 2.3 执行拼接 | 第17-18页 |
| 2.4 过滤低质量序列 | 第18页 |
| 2.5 拼接质量评估 | 第18页 |
| 3 基因表达量分析 | 第18-20页 |
| 3.1 表达量定量 | 第18-20页 |
| 3.2 表达量归一化 | 第20页 |
| 3.3 差异显著性检验 | 第20页 |
| 4 选择性剪接研究现状 | 第20-23页 |
| 5 研究目的和意义 | 第23-24页 |
| 第二章 昆虫基因选择性剪接的预测流程构建 | 第24-38页 |
| 1 数据与方法 | 第25-33页 |
| 1.1 数据及软件 | 第25-26页 |
| 1.2 RNA-Seq read前处理 | 第26-28页 |
| 1.3 Read比对 | 第28-29页 |
| 1.4 转录组拼接 | 第29-30页 |
| 1.5 拼接质量评估 | 第30-31页 |
| 1.6 选择性剪接基因的筛选 | 第31-32页 |
| 1.7 表达量差异分析 | 第32-33页 |
| 2 结果与分析 | 第33-36页 |
| 2.1 选择性剪接基因预测分析流程 | 第33-34页 |
| 2.2 拼接策略比较 | 第34-36页 |
| 3 讨论 | 第36-38页 |
| 第三章 小菜蛾选择性剪接基因的注释与分析 | 第38-64页 |
| 1 数据与方法 | 第38-46页 |
| 1.1 数据及软件 | 第38-40页 |
| 1.2 RNA-Seq read前处理 | 第40-41页 |
| 1.3 转录组拼接 | 第41-42页 |
| 1.4 选择性剪接基因的筛选 | 第42页 |
| 1.5 选择性剪接基因拼接质量评估 | 第42页 |
| 1.6 小菜蛾基因总体特征分析 | 第42页 |
| 1.7 抗药性相关选择性剪接基因的发现 | 第42-45页 |
| 1.8 转录本表达量差异分析 | 第45页 |
| 1.9 信号通路构建 | 第45-46页 |
| 2 结果与分析 | 第46-62页 |
| 2.1 Read过滤和质量评估 | 第46-50页 |
| 2.2 Read比对 | 第50页 |
| 2.3 转录组拼接 | 第50-51页 |
| 2.4 选择性剪接基因特征分析 | 第51-55页 |
| 2.5 选择性剪接基因拼接质量评估 | 第55页 |
| 2.6 抗药性相关基因 | 第55-56页 |
| 2.7 抗药性品系与敏感品系转录本表达量差异分析 | 第56-60页 |
| 2.8 不同龄期转录本表达量的差异分析 | 第60页 |
| 2.9 信号通路构建结果 | 第60-62页 |
| 3 讨论 | 第62-64页 |
| 第四章 腰带长体茧蜂选择性剪接基因的注释与分析 | 第64-78页 |
| 1 数据与方法 | 第64-66页 |
| 1.1 数据及软件 | 第64-65页 |
| 1.2 RNA-Seq read前处理 | 第65页 |
| 1.3 转录组拼接 | 第65页 |
| 1.4 选择性剪接基因的筛选 | 第65页 |
| 1.5 转录本表达量差异分析 | 第65页 |
| 1.6 信号通路构建 | 第65-66页 |
| 2 结果与分析 | 第66-76页 |
| 2.1 Read的比对结果 | 第66页 |
| 2.2 转录组拼接结果 | 第66-67页 |
| 2.3 选择性剪接基因特征分析 | 第67-70页 |
| 2.4 雌虫与雄虫转录本表达量差异分析 | 第70-74页 |
| 2.5 信号通路构建 | 第74-76页 |
| 3 讨论 | 第76-78页 |
| 第五章 全文总结 | 第78-80页 |
| 参考文献 | 第80-86页 |
| 攻读硕士学位期间学术论文发表情况 | 第86-88页 |
| 致谢 | 第88页 |
