| 致谢 | 第1-4页 |
| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5-9页 |
| 第一章 前言 | 第9-22页 |
| 1 杨树概述 | 第9页 |
| 2 DNA 分子标记 | 第9-16页 |
| ·SNP 标记的研究进展 | 第10-11页 |
| ·二代测序技术及 RAD-seq | 第11-16页 |
| ·二代测序技术 | 第11页 |
| ·二代测序数据分析的生物信息学软件 | 第11-12页 |
| ·二代测序技术的应用 | 第12-13页 |
| ·RAD-seq 测序策略 | 第13-16页 |
| 3 作图群体和遗传图谱的构建 | 第16-18页 |
| ·遗传连锁图谱构建的原理 | 第16页 |
| ·作图策略 | 第16-17页 |
| ·作图群体的构建 | 第17-18页 |
| ·作图群体的选择 | 第17-18页 |
| ·作图群体大小 | 第18页 |
| ·作图软件 | 第18页 |
| 4 林木遗传连锁图谱研究概况 | 第18-20页 |
| ·概况 | 第18-19页 |
| ·林木遗传图谱研究中存在的问题 | 第19-20页 |
| 5 杨树遗传连锁图谱的构建研究进展 | 第20-21页 |
| 6 本研究的目的与研究内容 | 第21-22页 |
| 第二章 美洲黑杨×小叶杨遗传连锁图谱构建 | 第22-53页 |
| 1 材料 | 第22-24页 |
| ·作图群体的确立 | 第22-24页 |
| ·杂交亲本选择 | 第22-23页 |
| ·人工杂交 | 第23-24页 |
| ·试验材料选择 | 第24页 |
| 2 研究方法 | 第24-33页 |
| ·基因组 DNA 提取与纯化 | 第24-25页 |
| ·DNA 浓度和纯度检测 | 第25页 |
| ·模拟酶切位点进行选酶 | 第25-26页 |
| ·RAD 文库构建 | 第26-28页 |
| ·RAD 序列分析、SNP 识别及基因型分型 | 第28-30页 |
| ·RAD 序列分离及质量控制 | 第28页 |
| ·测序数据比对到参考基因组 | 第28-29页 |
| ·SNP 识别及基因型分型 | 第29-30页 |
| ·SNP 验证 | 第30-32页 |
| ·基因组 DNA 提取 | 第30页 |
| ·引物设计及 PCR 分析 | 第30-32页 |
| ·美洲黑杨×小叶杨遗传连锁图谱构建 | 第32-33页 |
| ·分子标记分离分析 | 第32页 |
| ·图谱构建 | 第32页 |
| ·基因组长度估计和图谱覆盖度估计 | 第32-33页 |
| 3 结果与分析 | 第33-50页 |
| ·选择合适的酶构建 RAD 文库 | 第33-34页 |
| ·RAD 序列分析 | 第34-35页 |
| ·测序数据比对到参考基因组 | 第35页 |
| ·SNP 识别及基因型分型 | 第35-36页 |
| ·SNP 验证 | 第36-37页 |
| ·美洲黑杨×小叶杨遗传连锁图谱构建 | 第37-50页 |
| ·标记分离分析 | 第37页 |
| ·图谱构建 | 第37-46页 |
| ·连锁图谱上的标记分析 | 第46-48页 |
| ·遗传图谱与物理图谱的比较 | 第48-50页 |
| 4. 结论与讨论 | 第50-53页 |
| ·图谱特征 | 第50页 |
| ·基因组长度估计和图谱覆盖度估计 | 第50-51页 |
| ·利用 RAD 策略开发 SNP 标记 | 第51-52页 |
| ·遗传图谱与物理图谱的共线性比较 | 第52-53页 |
| 第三章 两种作图软件的作图效率分析 | 第53-72页 |
| 1 材料与方法 | 第53-54页 |
| ·图谱构建 | 第53-54页 |
| ·利用 FsLinkageMap 2.0 构建图谱 | 第53-54页 |
| ·利用 JoinMap 4.0 构建图谱 | 第54页 |
| ·回归作图法 | 第54页 |
| ·极大似然函数作图法 | 第54页 |
| 2 结果与分析 | 第54-70页 |
| ·两种作图软件所构图谱的连锁群数目 | 第54-65页 |
| ·两种作图软件所构图谱的标记数目与顺序 | 第65-68页 |
| ·两种作图软件所构遗传图谱与物理图谱的比较 | 第68-70页 |
| 3 讨论 | 第70-72页 |
| ·两种作图软件所构图谱的比较 | 第70-71页 |
| ·JoinMap4.0 不同作图函数的比较 | 第71-72页 |
| 第四章 结论与展望 | 第72-74页 |
| 1 研究结论 | 第72-73页 |
| 2 存在问题与展望 | 第73-74页 |
| 参考文献 | 第74-79页 |
| 附录1 Perl 程序 | 第79-83页 |
| 附录2 连锁相信息 | 第83-99页 |