| 摘要 | 第1-6页 |
| ABSTRACT | 第6-10页 |
| 第一章 文献综述 | 第10-19页 |
| ·研究历史 | 第10-11页 |
| ·染色体重排的分类 | 第11页 |
| ·染色体重排的特点 | 第11-12页 |
| ·染色体重排的测定 | 第12-14页 |
| ·比较基因组图谱 | 第13页 |
| ·基因组保守的水平 | 第13-14页 |
| ·高度保守共线性 | 第13页 |
| ·高度保守片段 | 第13页 |
| ·高度保守的基因顺序 | 第13-14页 |
| ·染色体重排速率及其影响因素 | 第14页 |
| ·染色体突变的速率 | 第14页 |
| ·染色体固定的速率 | 第14页 |
| ·染色体重排的作用 | 第14-16页 |
| ·染色体重排研究的意义 | 第16-19页 |
| ·新物种的形成 | 第16-17页 |
| ·染色体重排对成种的作用 | 第17页 |
| ·哺乳动物染色体的进化 | 第17页 |
| ·染色体重排形成隔离的机制 | 第17-19页 |
| 第二章 材料与方法 | 第19-22页 |
| ·材料 | 第19-20页 |
| ·物种选择 | 第19页 |
| ·数据来源 | 第19页 |
| ·数据的下载 | 第19-20页 |
| ·方法 | 第20-22页 |
| ·数据的分析处理以及同源共线区（HSBs）的生成 | 第20页 |
| ·数据的可视化 | 第20页 |
| ·断裂点的类型 | 第20-21页 |
| ·EBR 的获得与选择 | 第21页 |
| ·GC 含量及 CpG ratio 的计算 | 第21页 |
| ·识别基因拷贝数变异在基因组中的坐标 | 第21页 |
| ·基因拷贝数变异（CNVs），重组率以及二者同染色体重排的关系 | 第21-22页 |
| 第三章 结果与讨论 | 第22-33页 |
| ·结果 | 第22-31页 |
| ·识别并获得 EBRs | 第22-23页 |
| ·EBRs 大小以及在基因组的位置分布 | 第23-25页 |
| ·EBRs 在不同 GC 含量区域的分布 | 第25-27页 |
| ·EBRs 与染色体复制的关系 | 第27-28页 |
| ·EBRs 与 DNA 甲基化的关系 | 第28-29页 |
| ·染色体重排, 拷贝数变异与重组率的关系研究 | 第29-31页 |
| ·讨论 | 第31-33页 |
| ·关于重排区序列特征的讨论 | 第31页 |
| ·关于重排区以及拷贝数变异与重组率之间关系的讨论 | 第31-32页 |
| ·本研究的创新、不足与展望 | 第32-33页 |
| 第四章 结论 | 第33-34页 |
| 参考文献 | 第34-39页 |
| 致谢 | 第39-40页 |
| 作者简介 | 第40页 |