| 摘要 | 第1-9页 |
| ABSTRACT | 第9-13页 |
| 缩略语表 | 第13-14页 |
| 第一章 RNase H 研究进展 | 第14-47页 |
| ·核糖核酸酶 | 第14页 |
| ·RNase H | 第14-46页 |
| ·RNase H 的一级结构 | 第14-17页 |
| ·RNase H 的空间结构 | 第17-18页 |
| ·RNase H 的催化机制 | 第18-19页 |
| ·RNase H 的底物识别机制 | 第19-21页 |
| ·RNase H 的功能 | 第21-27页 |
| ·DNA 滞后链中 RNA 引物的切除 | 第22-24页 |
| ·DNA 修复 | 第24-25页 |
| ·RNase H 在转录中的功能 | 第25页 |
| ·逆转录酶 RNase H 结构域的功能 | 第25-26页 |
| ·RNase H 与人类 Aicardi-Goutières 综合症 (AGS) | 第26-27页 |
| ·RNase H 基因组合的多样性 | 第27-29页 |
| ·RNase H 基因是否为必需基因？ | 第29-30页 |
| ·RNase HII 与 RNase HIII 之间的差异 | 第30-32页 |
| ·真核生物的 RNase H1 | 第32-34页 |
| ·真核生物的 RNase H2 | 第34-36页 |
| ·RNase H 的底物特异性 | 第36-37页 |
| ·PCNA 与 RNase HII/H2 间的相互作用 | 第37-41页 |
| ·RNase H 家族中的特例 | 第41-42页 |
| ·RNase H 的应用 | 第42-46页 |
| ·研究病毒的致病机理及抗病毒的药物 | 第42-43页 |
| ·SNP 分型检测中的应用 | 第43-46页 |
| ·小结 | 第46-47页 |
| 第二章 肺炎衣原体 RNase H 的功能研究 | 第47-79页 |
| ·引言 | 第48-49页 |
| ·创新点 | 第49页 |
| ·实验材料与方法 | 第49-58页 |
| ·实验材料 | 第49-50页 |
| ·CpRNase H 蛋白的表达与纯化 | 第50-51页 |
| ·CpRNase H 酶促活性分析 | 第51-52页 |
| ·CpRNase H 体内功能互补实验 | 第52-55页 |
| ·大肠杆菌 rnh 突变菌株的构建 | 第52-55页 |
| ·Mn~（2+）对突变株细胞生长的影响 | 第55页 |
| ·等离子发射光谱测定大肠杆菌突变株胞内 Mn~（2+）含量 | 第55-56页 |
| ·细菌基因组的碱敏感性分析 | 第56页 |
| ·Real-time PCR 分析突变株基因表达情况 | 第56-57页 |
| ·大肠杆菌细胞裂解液的制备和 RNase H 活性测定 | 第57-58页 |
| ·结果与分析 | 第58-74页 |
| ·CpRNase HIII 能够水解 DNA-rN1-DNA/DNA 底物 | 第58-61页 |
| ·金属离子波动影响 CpRNase H 切割 DNA-rN1-DNA/DNA 底物的活性 | 第61-63页 |
| ·CpRNase H 切割 RNA/DNA 杂合链底物及冈崎片段底物不受离子波动影响 | 第63-66页 |
| ·Mn~（2+）影响活体内 CpRNase H 的活性 | 第66-69页 |
| ·rnh 突变株基因组的碱敏感性分析 | 第69-71页 |
| ·CpRNase H 基因在大肠杆菌 rnh 突变株中稳定表达 | 第71-73页 |
| ·大肠杆菌 rnh 突变株胞内 Mn~（2+）浓度分析 | 第73-74页 |
| ·讨论 | 第74-78页 |
| ·小结 | 第78-79页 |
| 第三章 肺炎衣原体 RNase HIII 的底物识别机制 | 第79-100页 |
| ·引言 | 第80-83页 |
| ·创新点 | 第83页 |
| ·实验材料与方法 | 第83-87页 |
| ·实验材料 | 第83-84页 |
| ·野生型 CpRNase HIII 及其突变体蛋白的制备 | 第84-85页 |
| ·底物制备及体外生化活性鉴定 | 第85页 |
| ·凝胶阻滞实验 (Electrophoretic mobility shift assays，EMSA) | 第85-86页 |
| ·圆二色谱分析 (Circular dichroism spectra，CD) | 第86页 |
| ·分子动力学模拟 (Molecular dynamics simulations，MD) | 第86-87页 |
| ·同源模建与分子对接 | 第86页 |
| ·分子动力学模拟 | 第86-87页 |
| ·结果与分析 | 第87-97页 |
| ·CpRNase HIII 的“GKG”基序在底物识别中的作用 | 第87-88页 |
| ·CpRNase HIII 中缺少能够与 ra 相互作用的酪氨酸 (Y) | 第88-91页 |
| ·CpRNase HIII 的 Ser94 参与单个核糖核苷酸的识别 | 第91-95页 |
| ·DNA-rN1-DNA/DNA 底物中的错配影响 CpRNase HIII 活性 | 第95-96页 |
| ·错配干扰了 CpRNase HIII 中 Ser94 的功能 | 第96-97页 |
| ·讨论 | 第97-98页 |
| ·小结 | 第98-100页 |
| 第四章 总结与展望 | 第100-102页 |
| 参考文献 | 第102-116页 |
| 附录一 常规实验操作 | 第116-120页 |
| 附录二 常见培养基和试剂配方 | 第120-122页 |
| 附录三 大肠杆菌 DY329 菌株介绍 | 第122-123页 |
| 致谢 | 第123-124页 |
| 攻读学位期间发表学术论文 | 第124-127页 |
| 附件 | 第127页 |
