| 摘要 | 第1-6页 |
| Abstract | 第6-10页 |
| 第1章 绪论 | 第10-14页 |
| ·高性能计算在理论化学计算中的应用背景 | 第10页 |
| ·并行计算概述 | 第10-12页 |
| ·并行结构分析 | 第10-12页 |
| ·集群技术的特点 | 第12页 |
| ·研究内容及作者的主要工作 | 第12-14页 |
| 第2章 高性能计算的并行分析和作业提交系统 | 第14-27页 |
| ·并行计算 | 第14页 |
| ·并行计算的优势 | 第14页 |
| ·并行计算的各种架构的对比 | 第14-15页 |
| ·共享存储体系结构分析 | 第14-15页 |
| ·分布式存储体系结构 | 第15页 |
| ·实现并行计算的常见方法 | 第15-16页 |
| ·多线程程序 | 第15页 |
| ·基于OpenMP的并行程序 | 第15页 |
| ·基于消息传递的并行程序 | 第15-16页 |
| ·作业提交系统 | 第16-27页 |
| ·PBS的主要部件 | 第16-17页 |
| ·Openpbs的常用术语 | 第17-19页 |
| ·作业调度系统 | 第19-27页 |
| 第3章 理论化学计算软件GAUSSIAN在计算平台的性能分析 | 第27-42页 |
| ·理论化学计算软件GAUSSIAN简介 | 第27页 |
| ·GAUSSIAN软件的主要组成模块论述 | 第27-28页 |
| ·GAUSSIAN软件的并行方式 | 第28页 |
| ·GAUSSIAN软件在集群计算平台测试分析 | 第28-37页 |
| ·集群环境搭建和程序的配置 | 第28-31页 |
| ·集群环境中程序的测试过程 | 第31-33页 |
| ·在集群系统上并行应用性能测试 | 第33-37页 |
| ·GAUSSIAN软件采用不同并行方式的性能差别 | 第37页 |
| ·两路节点内并行测试 | 第37页 |
| ·Linda跨节点并行计算测试 | 第37页 |
| ·GAUSSIAN软件对内存的需求分析 | 第37-38页 |
| ·GAUSSIAN软件对磁盘系统I/O性能分析 | 第38页 |
| ·GAUSSIAN软件对集群系统的网络能力技术分析 | 第38页 |
| ·GAUSSIAN软件在作业调度系统使用的脚本分析 | 第38-42页 |
| 第4章 理论化学计算在高性能计算平台上的实例分析 | 第42-50页 |
| ·人类胞外信号调节激酶1的理论研究 | 第42页 |
| ·计算方法 | 第42-44页 |
| ·理论模型的搭建 | 第42-43页 |
| ·分子对接研究 | 第43页 |
| ·抑制剂的改良与评测 | 第43-44页 |
| ·结果与讨论 | 第44-49页 |
| ·hERK1三维结构建立 | 第44-46页 |
| ·分子对接研究 | 第46-47页 |
| ·抑制剂的改良 | 第47-49页 |
| ·结论 | 第49-50页 |
| 第5章 总结与展望 | 第50-52页 |
| ·总结 | 第50页 |
| ·高性能计算的发展与理论化学计算的展望 | 第50-52页 |
| 参考文献 | 第52-54页 |
| 作者简介及在学期间所取得的科研成果 | 第54-55页 |
| 致谢 | 第55页 |
