| 附表 | 第1-5页 |
| 摘要 | 第5-6页 |
| Abstract | 第6-11页 |
| 英文縮略表 | 第11-12页 |
| 第一章 引言 | 第12-18页 |
| ·志贺氏菌的生物学性状及分类 | 第12页 |
| ·志贺氏菌的毒力基因 | 第12页 |
| ·志贺氏菌病 | 第12-13页 |
| ·RNA-seq技术 | 第13-15页 |
| ·RNA-seq的原理 | 第13-14页 |
| ·RNA-Seq的应用 | 第14-15页 |
| ·细菌非编码RNA | 第15-16页 |
| ·非编码RNA的分类 | 第15页 |
| ·非编码RNA的功能 | 第15页 |
| ·非编码RNA的鉴定 | 第15-16页 |
| ·非编码RNA与细菌耐药 | 第16-17页 |
| ·本研究的目的和意义 | 第17页 |
| ·本研究的创新性 | 第17-18页 |
| 第二章 福氏志贺菌耐药株构建及总RNA提取 | 第18-22页 |
| ·实验材料 | 第18-19页 |
| ·细菌来源 | 第18页 |
| ·主要试剂 | 第18页 |
| ·主要仪器 | 第18-19页 |
| ·所需引物 | 第19页 |
| ·实验方法 | 第19-20页 |
| ·标准菌株MIC的测定 | 第19页 |
| ·耐药菌株的诱导 | 第19-20页 |
| ·菌株PCR鉴定 | 第20页 |
| ·总RNA提取 | 第20页 |
| ·实验结果 | 第20-22页 |
| ·福氏志贺菌耐药株构建 | 第20-21页 |
| ·总RNA提取 | 第21-22页 |
| 第三章 福氏志贺菌耐药株的转录组分析及sRNA差异分析 | 第22-40页 |
| ·实验材料 | 第22页 |
| ·样品来源 | 第22页 |
| ·试剂与仪器 | 第22页 |
| ·实验方法 | 第22-24页 |
| ·转录组分析 | 第22-23页 |
| ·sRNA差异分析 | 第23-24页 |
| ·实验结果 | 第24-37页 |
| ·与参考基因组比对 | 第24-25页 |
| ·测序随机性评价 | 第25页 |
| ·rRNA统计 | 第25页 |
| ·Reads在参考基因组上的分布 | 第25-26页 |
| ·基因覆盖度统计 | 第26页 |
| ·差异基因表达分析 | 第26-27页 |
| ·表达模式聚类分析 | 第27-28页 |
| ·GO功能注释 | 第28-29页 |
| ·KEGG通路 | 第29-30页 |
| ·新转录本检测 | 第30-31页 |
| ·单核甘酸变异检测 | 第31-33页 |
| ·候选sRNA | 第33-35页 |
| ·sRNA数据库比对 | 第35-36页 |
| ·sRNA靶基因分析 | 第36-37页 |
| ·讨论 | 第37-40页 |
| ·志贺氏菌病 | 第37页 |
| ·双组分系统 | 第37-38页 |
| ·主动外排泵 | 第38-39页 |
| ·sRNA分析 | 第39-40页 |
| 第四章 转录组测序中差异表达基因的RT-PCR分析 | 第40-47页 |
| ·实验材料 | 第40-42页 |
| ·样品来源 | 第40页 |
| ·主要试剂 | 第40页 |
| ·主要仪器 | 第40-41页 |
| ·所需引物 | 第41-42页 |
| ·实验方法 | 第42-43页 |
| ·实验结果 | 第43-46页 |
| ·讨论 | 第46-47页 |
| 第五章 全文结论 | 第47-49页 |
| ·结论 | 第47-48页 |
| ·展望 | 第48-49页 |
| 参考文献 | 第49-54页 |
| 附录 | 第54-59页 |
| 致谢 | 第59-60页 |
| 作者简历 | 第60页 |